Temat: intermolecular structure

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Pb, Zn and Cd complexes with neutral ligands as cations in the synthesis of polymers based on [W(CN)6bpy]n-
Kompleksy Pb, Zn i Cd z ligandami neutralnymi jako kationy w syntezie polimerów na bazie [W(CN)6bpy]n-
Autorzy:: Milczarek, Patryk
Opis:: Niniejsza praca jest poświęcona tematyce polimerów koordynacyjnych, opartych na jonach [W(CN)6(bpy)]n-. Do syntezy zastosowano kompleksy Pb(II), Zn(II) i Cd(II) z ligandami neutralnymi typu Zasady Schiffa, powstałymi w reakcji kondensacji związków karbonylowych z związkami aminowymi (Etap I). Otrzymane związki z etapu I, łączono następnie z substratami zawierającymi jony [W(CN)6(bpy)]n- (Etap II). Otrzymano w sumie 15 związków z etapu I i 12 związków z etapu II. Dla każdego produktu wykonano analizę elementarną, oraz zarejestrowano widma absorpcyjne w zakresie podczerwieni (IR). Otrzymano również monokryształy i w wyniku pomiaru dyfrakcyjnego poznano 3 nowe struktury związków koordynacyjnych Pb(II) i Zn(II), które można przedstawić następującymi wzorami: [Pb(ZS1)(NCS)2] (1), [Pb(ZS2)(NO3)2] (2) i [Zn(ZS1)*(ZS1)]*MeOH (3) oraz dwie struktury, oparte na jonach [W(CN)6(bpy)]2-: [Cd(ZS2)(MeOH)][W(CN)6(bpy)] (4) oraz [Pb(ZS1)][W(CN)6(bpy)] (5). Związek (4) powstał w formie polimeru koordynacyjnego typu 1D, o strukturze zdeformowanej drabiny. W tej strukturze jon [W(CN)6(bpy)]2- utworzył mostki cyjanowe do trzech kationowych jednostek kadmowych. Struktura (5) przedstawia związek koordynacyjny typu związku jonowego. W pracy przedstawiono opisy uzyskanych struktur krystalicznych, uwzględniając w tym, długości utworzonych wiązań chemicznych, kąty pomiędzy wiązaniami oraz charakterystykę odziaływań międzycząsteczkowych obecnych w sieci krystalicznej.
This paper is devoted to coordination polymers based on [W(CN)6(bpy)]n- ions. Pb(II), Zn(II) and Cd(II) complexes with neutral ligands of the Schiff base type, formed in the condensation reaction of carbonyl compounds with amino compounds (Stage I), were used for the synthesis. The obtained compounds from step I were then combined with substrates containing [W(CN)6(bpy)]n- ions (Step II). A total of 15 Step I compounds and 12 Step II compounds were obtained. For each product, an elemental analysis was performed and absorption spectra in the infrared (IR) range were recorded. Single crystals were also obtained and, as a result of diffraction measurement, 3 new structures of coordination compounds Pb(II) and Zn(II) were identified, which can be represented by the following formulas: [Pb(ZS1)(NCS)2] (1), [Pb(ZS2)(NO3 )2] (2) and [Zn(ZS1)*(ZS1)]*MeOH (3) and two structures based on the ions [W(CN)6(bpy)]2-: [Cd(ZS2)(MeOH) ][W(CN)6(bpy)] (4) and [Pb(ZS1)][W(CN)6(bpy)] (5). Compound (4) was formed in the form of a 1D coordination polymer with a deformed structure ladders. In this structure, the [W(CN)6(bpy)]2- ion formed cyanide bridges to three cadmium cation units. Structure (5) represents an ionic type coordination compound. The paper presents descriptions of the obtained crystal structures, including the lengths of the formed chemical bonds, the angles between the bonds and the characteristics of the intermolecular interactions present in the crystal lattice.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: Badanie struktury krystalicznej pochodnych piperazyny - potencjalnych ligandów receptora histaminowego H3
The crystal structure analysis of piperazine derivatives - putative ligands of the histamine H3 receptor
Autorzy:: Lachowszczak-Paczka, Patrycja
Opis:: Histamina pełni w organizmie istotne funkcje fizjologiczne dzięki pobudzaniu receptorów histaminowych. Jeden z nich – H3R, jest potencjalnym miejscem docelowym działania terapeutyków w leczeniu niektórych zaburzeń neuropsychiatrycznych oraz otyłości. Spośród znacznej liczby pochodnych arylopiperazyny, zaprojektowanych i otrzymanych na Wydziale Farmaceutycznym CM UJ jako ligandy receptora histaminowego H3, wybrano czternaście związków. Podzielono je na kilka grup pod względem podobieństwa strukturalnego i jednoczesnej znacznej różnicy w aktywności biologicznej. W wyniku prowadzonych krystalizacji udało się otrzymać monokryształy dobrej jakości dla czterech pochodnych: KSK3, KSK6, KSK13 i KSK29. Pozwoliło to na przeprowadzenie eksperymentu dyfrakcji promieni rentgenowskich i zbadanie ich struktury krystalicznej.Niniejsza praca, w głównej części zawiera opis otrzymanych struktur. W poszukiwaniu zależności struktura-aktywność, omówiono m.in. aspekty związane z konformacją łańcuchów alifatycznych oraz parametry geometryczne pierścieni piperazynowych i pirydynowych. Scharakteryzowano także zaobserwowane oddziaływania, takie jak wiązania wodorowe i oddziaływania typu CH–π, mające wpływ na stabilność struktury. Interpretując początkowe dane stwierdzono, że istotna pod względem aktywności wobec receptora H3 jest obecność w cząsteczce dwóch układów aromatycznych. Pierwszego będącego podstawnikiem piperazyny w regionie podstawowym i drugiego w miejscu regionu arbitralnego (zgodnie z literaturowym modelem farmakoforowym). Odległość pomiędzy centroidami pierścieni aromatycznych i wzajemne ułożenie ich płaszczyzn, mogą mieć istotny wpływ na powinowactwo do receptora. Niestety, obecność w strukturze krystalicznej jonów szczawianowych, znacznie zmieniających konformację łącznika alifatycznego, powoduje, że potwierdzenie tej tezy wymaga przeprowadzenia badań strukturalnych dla cząsteczek obojętnych lub soli ze znacznie mniejszym przeciwjonem (np. chlorowodorków). Analiza struktur krystalicznych pozwoliła również ustalić, że kluczowym aspektem aktywności biologicznej analizowanych pochodnych jest wytworzenie kationu o sumarycznym ładunku +2, powstającym na skutek protonacji dwóch atomów azotu, znajdujących się względem siebie w odległości około 7 Å. Na zwiększenie aktywności biologicznej wpływ może mieć także wzajemne ułożenie płaszczyzn P1 (uśredniona płaszczyzna dla pierścienia pirydyny) i P3 (płaszczyzna wyznaczona dla atomów N1, C3 i C5 pierścienia piperazyny) pod kątem z zakresu 20-30°. Podsumowując, cel pracy magisterskiej polegający na określeniu zależności pomiędzy strukturą i aktywnością został osiągnięty. Udało się uzyskać kryształy i określić ich strukturę dla czterech związków. Kontynuacja badań w obranym kierunku może pozwolić na potwierdzenie dokonanych obserwacji i rozszerzenie ich o inne aspekty, w celu zastosowania dokonanych obserwacji strukturalnych jako zasad w racjonalnym projektowaniu leków przeciwhistaminowych działających na receptor H3.
Histamine plays important physiological functions in the body by stimulating histamine receptors. One of them – H3R, is a potential target in the treatment of certain neuropsychiatric disorders and obesity.Fourteen arylpiperazine derivatives were selected from among a large number of compounds designed as H3R ligands, and obtained at the Faculty of Pharmacy of the Jagiellonian University, Collegium Medicum. They were divided into groups in terms of structural similarity, expressing at the same time a significant difference in biological activity. As a result of several crystallizations, good quality single crystals were obtained for four derivatives: KSK3, KSK6, KSK13 and KSK29. It allowed conducting X-ray diffraction experiments and studying the crystal structures.The main part of this work contains a description of the obtained structures. In the search for the structure-activity relationship, the following topics were discussed: aspects related to the aliphatic chains' conformation or parameters of piperazine and pyridine rings mutual geometry. The hydrogen bonding and CH–π interactions influencing structure stability were also characterized.Based on the initial structures of selected compounds, the presence of two aromatic systems in the molecule is important for the compound’s activity toward H3R. The first one is a substituent of the piperazine in the main region of the molecule and the second is in place of the arbitrary region (according to the pharmacophore model given in the literature). The distance between the centroids of the aromatic rings and their mutual spatial orientation can have an important effect on the ligands' affinity. However, the presence of oxalate ions in the structure significantly changes the conformation of the aliphatic linker. Thus, the confirmation of the above statement requires further structural studies performed for neutral molecules or salts with a much smaller counterion (e.g. hydrochlorides). The analysis of the crystal structures allowed establishing that the key aspect of the biological activity is a total charge of +2 of the molecule, resulting from the protonation of two nitrogen atoms, approximately 7 Å apart from each other. The increase in biological activity is also related to the mutual arrangement of two plains: P1 (the average plane for the pyridine ring) and P3 (the plane defined for the N1, C3 and C5 atoms of the piperazine ring). The optimal plain-to-plain angle is in the range of 20-30° for the active compounds.Concluding, the aim of the thesis related to the search for the structure-activity relationship has been achieved. It was possible to obtain crystals and determine the structure of four compounds. Continuation of research for an increased number of structural data may lead to confirmation of the observations already made and extend them to other aspects, to apply the defined structural rules in the rational design of antihistamines acting on the H3 receptor.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "intermolecular structure" wg kryterium: Temat