Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "Baster, Zbigniew" wg kryterium: Autor


Tytuł:
Interakcja taliny i integryny $\beta1$ w procesie ruchliwości komórek nowotworowych
Interplay between talin and $\beta1$-integrin in cancer cells motility
Autorzy:
Baster, Zbigniew
Współwytwórcy:
Rajfur, Zenon
Opis:
Cancer is the second most common cause of death after cardiovascular diseases. Although benign tumors have very high survival rate, cancer malignancy strongly increases mortality. The presented thesis concentrates on the interplay between talin and $\beta1$ integrin (adhesion related proteins, also strongly connected with cell migration and cancer development) in mediation of cancer cells physiology and motility, especially in regulating cell adhesion, positioning, and invasion. For the purpose of the study, software capable to deconvolve multiple microscopy images in a single session was developed (Publication I); BatchDeconvolution is a Fiji plugin that bridges PSF Generator and DeconvolutionLab2 (BIG, EPFL), programs serving for calculations of the Point Spread Function and performing image deconvolution, respectively. BatchDeconvolution expands functionalities of these software, providing an environment that allows to enhance multi-position, multi-channel time-lapse image files in a sequential, automated manner. This approach allowed to process a vast amount of microscopy images collected during in vitro studies presented in the following sections. There are two isoforms of talin protein: talin1 and talin2. While talin1 has been extensively studied, there is still not much known about the biological role of talin2. It shares some functions with its sister variant, but the literature describes only a limited redundancy. The presented study concentrates on the molecular mechanism by which specifically talin2 mediates secretion and trafficking of matrix metallopeptidase 9 (MMP9), an enzyme important for extracellular matrix degradation and invadopodia maturation in initial stages of cancer invasion. The study was conducted in MDA-MB-231breast cancer cell line. The absence of talin2 caused inhibition of a process of MMP9 vesicles docking to the ventral membrane, consequently rerouting them towards lysosomal degradation. Furthermore, S339C mutation of talin2, specific for reducing talin2-$\beta1$ integrin interaction, gave similar results as the ablation of talin2. Due to a higher recycling rate, talin2-depleted cells started to exhibit enlarged vesicles containing MMP9, what suggests an overflow of the protein degradation process (Publication II). Talin-$\beta1$ integrin interaction is also a factor in colon cancer tumorigenesis and colon cancer cells adhesion. In Publication III, included in the thesis, a role of cyanidino-3-Oglucoside (C3G) was examined in the context of mediating talin1- and talin2-$\beta1$ integrin interaction, tumor development, and colon cancer cells adhesion. C3G is a natural dye found in many red and blue vegetables and fruits. It shows many health beneficial properties including anti-oxidative, anti-inflammation, and anti-diabetic ones. Moreover, several reports connect it with an anti-carcinogenic activity. The presented study shows that the C3G binding pocket is located at the interface between talin and integrin. The presence of the compound increases affinity between the two proteins, leading to stimulation of colon cancer cells adhesion. In result, it hinders tumorigenesis. The new knowledge of the functions of talin1 and talin2 proteins allows a better understanding of the regulation of cancer metastasis. Furthermore, even though talin2 was discovered over 20 years ago, its role in cell biology and adhesion is still understudied. The presented research sheds some light on that aspect. Finally, the description of molecular mechanisms driving protein interactions in cancer development may help in designing new anti-cancer therapies.
Choroby nowotworowe są drugą, po chorobach układu krążenia, najczęstszą przyczyną zgonów na świecie. Chociaż łagodne zmiany nowotworowe cechują się wysoką przeżywalnością, złośliwe guzy często powiązane są z wysoką śmiertelnością pacjentów. Przedstawiona rozprawa koncentruje się badaniu jak oddziaływanie taliny z integryną $\beta1$ (białek związanych z adhezją, powiązanych również z migracją komórek oraz rozwojem nowotworów) wpływa na ruchliwość komórek nowotworowych, a w szczególności na ich adhezję, pozycjonowanie oraz inwazyjność. Na potrzeby zaprezentowanych badań opracowano oprogramowanie umożliwiające dekonwolucję wielu obrazów mikroskopowych (Publikacja I); BatchDeconvolution to wtyczka do programu Fiji, która łączy ze sobą moduły PSF Generator oraz DeconvolutionLab2 (BIG, EPFL), programy służące odpowiednio do wyznaczania Funkcji Rozmycia Punktu (ang. Point Spread Function, PSF) oraz dekonwolucji obrazów. BatchDeconvolution rozszerza w ten sposób funkcjonalność powyższego oprogramowania, zapewniając środowisko umożliwiające sekwencyjne, zautomatyzowane wyostrzenie wielopozycyjnych, wielokanałowych, poklatkowych plików graficznych. Takie podejście pozwoliło na przetworzenie dużej ilości obrazów mikroskopowych zebranych podczas badań in vitro przedstawionych w dalszych częściach pracy. Istnieją dwie izoformy białka taliny: talina1 i talina2. Talina1 jest szeroko badana, natomiast niewiele wiadomo o biologicznej roli taliny2. Mimo tego, że posiada ona wiele funkcji wspólnych z jej siostrzanym białkiem, jednak literatura wskazuje, że białka te wykazują swoistą aktywność w komórkach i nie są względem siebie redundantne. Zaprezentowane badania skupiają się na mechanizmie molekularnym, za pomocą którego swoiście talina2 reguluje sekrecję i transport wewnątrzkomórkowy metalopeptydazy macierzowej 9 (MMP9), enzymu biorącego udział w degradacji macierzy zewnątrzkomórkowej i dojrzewania inwadopodiów w początkowych stadiach inwazji nowotworowej. Badania prowadzono na linii komórkowej raka piersi. Usunięcie taliny2 z komórek spowodowało zahamowanie dokowania pęcherzyków z MMP9 do błony podstawnej, a w konsekwencji skierowanie ich do degradacji w lizosomach. Co więcej, mutacja reszty aminokwasowej w talinie2 odpowiedzialnej za charakter oddziaływania talina2-integryna $\beta1$, dała podobne wyniki jak ablacja taliny2. Ze względu na wzmożony recykling MMP9, komórki pozbawione taliny2 zaczęły gromadzić metalopeptydazę w przerośniętych pęcherzykach wewnątrzkomórkowych, co sugeruje przekroczenie maksymalnej wydajności procesu degradacji białek w komórce (Publikacja II). Interakcja taliny z integryną $\beta1$ odgrywa rolę również w tworzeniu się guzów i adhezji nowotworów jelita grubego. Publikacja III, zawarta w tej rozprawie, opisuje rolę cyjanidyno-3-O-glukozydu (C3G) w kontekście regulacji oddziaływania taliny1 i taliny2 z integryną $\beta1$, procesu nowotworzenia oraz adhezji komórek raka jelita grubego. C3G jest naturalnym barwnikiem występującym w wielu czerwonych i niebieskich warzywach i owocach. Wykazuje on wiele korzystnych dla zdrowia właściwości, m.in. przeciwutleniające, przeciwzapalne czy przeciwcukrzycowe. Ponadto, kilka doniesień łączy C3G z działaniem przeciwnowotworowym. Z badań przedstawionych w niniejszej pracy wynika, że na granicy białek w kompleksie taliny i integryny tworzy się kieszeń wiążąca dla C3G. Obecność tego związku zwiększa powinowactwo między tymi białkami, prowadząc do zwiększenia adhezji w komórkach raka jelita grubego, co skutkuje w zahamowanie powstawania guzów. Poszerzenie wiedzy na temat funkcji białek taliny1 i taliny2 umożliwia lepsze zrozumienie regulacji procesu powstawania i przerzutowania nowotworów. Co więcej, mimo że talina2 została odkryta ponad 20 lat temu, jej rola w biologii i adhezji komórek jest nadal słabo zbadana. Przedstawione badania pozwalają poszerzyć naszą wiedzę na ten temat. Ponadto, poznanie mechanizmów molekularnych odpowiedzialnych za interakcję białek biorących udział w rozwoju nowotworów może pomóc w opracowywaniu nowych terapii przeciwnowotworowych.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Książka
Tytuł:
BatchDeconvolution : a Fiji plugin for increasing deconvolution workflow
Autorzy:
Rajfur, Zenon
Baster, Zbigniew
Opis:
Deconvolution microscopy is a very useful, software-based technique allowing to deblur microscopy images and increase both lateral and axial resolutions. It can be used along with many of fluorescence microscopy imaging techniques. By increasing axial resolution, it also enables three-dimensional imaging using a basic wide-field fluorescence microscope. Unfortunately, commercially available deconvolution software is expensive, while freely available programs have limited capabilities of a batch file processing. In this work we present BatchDeconvolution, a Fiji plugin that bridges two programs that we used subsequently in an image deconvolution pipeline: PSF Generator and DeconvolutionLab2, both from Biomedical Imaging Group, EPFL. Our software provides a simple way to perform a batch processing of multiple microscopy files with minimal working time required from the user.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Artykuł
Autorzy:
Russell, Lindsay
Rajfur, Zenon
Baster, Zbigniew
Opis:
Cancer is the second most common cause of death in the world, representing one of the main economic burdens in health care and research. The effort of research has mainly focused on limiting the growth of a localized tumor, but most recently, there has been more attention focused on restricting the spreading of the cancer via invasion and metastasis. The signaling pathways behind these two processes share many molecules with physiological pathways regulating cell adhesion and migration, and, moreover, adhesion and migration processes themselves underlie tumor potential for invasion. In this work, we reviewed the latest literature about cancer development and invasion and their regulation by cell migration- and adhesion-related proteins, with a specific focus on talins and integrins. We also summarized the most recent developments and approaches to anti-cancer therapies, concentrating on cell migration-related therapies.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Artykuł
Tytuł:
Substrate stiffness mediates formation of novel cytoskeletal structures in fibroblasts during cell–microspheres interaction
Autorzy:
Szczypior, Maksymilian
Rajfur, Zenon
Adamczyk, Olga
Baster, Zbigniew
Opis:
It is well known that living cells interact mechanically with their microenvironment. Many basic cell functions, like migration, proliferation, gene expression, and differentiation, are influenced by external forces exerted on the cell. That is why it is extremely important to study how mechanical properties of the culture substrate influence the cellular molecular regulatory pathways. Optical microscopy is one of the most common experimental method used to visualize and study cellular processes. Confocal microscopy allows to observe changes in the 3D organization of the cytoskeleton in response to a precise mechanical stimulus applied with, for example, a bead trapped with optical tweezers. Optical tweezers-based method (OT) is a microrheological technique which employs a focused laser beam and polystyrene or latex beads to study mechanical properties of biological systems. Latex beads, functionalized with a specific protein, can interact with proteins located on the surface of the cellular membrane. Such interaction can significantly affect the cell’s behavior. In this work, we demonstrate that beads alone, placed on the cell surface, significantly change the architecture of actin, microtubule, and intermediate filaments. We also show that the observed molecular response to such stimulus depends on the duration of the cell–bead interaction. Application of cytoskeletal drugs: cytochalasin D, jasplakinolide, and docetaxel, abrogates remodeling effects of the cytoskeleton. More important, when cells are plated on elastic substrates, which mimic the mechanical properties of physiological cellular environment, we observe formation of novel, “cup-like” structures formed by the microtubule cytoskeleton upon interaction with latex beads. These results provide new insights into the function of the microtubule cytoskeleton. Based on these results, we conclude that rigidity of the substrate significantly affects the cellular processes related to every component of the cytoskeleton, especially their architecture
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Artykuł
Tytuł:
Increasing AFM colloidal probe accuracy by optical tweezers
Autorzy:
Rajfur, Zenon
Witko, Tomasz
Sofińska, Kamila
Barbasz, Jakub
Baster, Zbigniew
Opis:
A precise determination of the cantilever spring constant is the critical point of all colloidal probe experiments. Existing methods are based on approximations considering only cantilever geometry and do not take into account properties of any object or substance attached to the cantilever. Neglecting the influence of the colloidal sphere on the cantilever characteristics introduces significant uncertainty in a spring constant determination and affects all further considerations. In this work we propose a new method of spring constant calibration for ‘colloidal probe’ type cantilevers based on the direct measurement of force constant. The Optical Tweezers based calibration method will help to increase the accuracy and repeatability of the AFM colloidal probe experiments.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Artykuł
Tytuł:
Hypothetical in silico model of the early-stage intermediate in protein folding
Autorzy:
Kalinowska, Barbara
Baster, Zbigniew
Alejster, Paweł
Sałapa, Kinga
Roterman-Konieczna, Irena
Opis:
This paper presents a method for determining the structure of the early stage (ES) intermediate in the multistage protein folding process. ES structure is modeled on the basis of a limited conformational subspace of the Ramachandran plot. The model distinguishes seven structural motifs corresponding to seven local probability maxima within the limited conformational subspace. Three of these are assigned to well-defined secondary structures, while the remaining four are found to represent various types of random coils. The presented heuristic approach also provides insight into the reasons behind incorrect predictions occurring when the folding process depends on external factors (e.g., ligands, ions or other proteins) rather than on the characteristics of the backbone itself. The accuracy of the presented method is estimated at around 48%.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Artykuł

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies