Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "CAS" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Dostawca treści
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-10 z 136
Tytuł:
Edycja genów z wykorzystaniem techniki CRISPR-Cas9
Gene editing using the CRISPR-Cas9 techniques
Autorzy:
Gąsienica, Monika
Opis:
System CRISPR/Cas w przypadku bakterii i Archea, chroni je przed zakażeniem przez bakteriofagi i w literaturze określany jest jako “system odpornościowy” lub „system obronny” bakterii. System CRISPR składa się z palindromicznych sekwencji powtórzeniowych, pomiędzy którymi znajdują się sekwencje pochodzenia bakteriofagowego lub plazmidowego, zwane łącznikami i działa w sposób podobny do eukariotycznej interferencji RNA. Jednocześnie system ten znalazł zastosowanie w biologii molekularnej, głównie w inżynierii genetycznej jako najnowsza i najbardziej innowacyjna metoda edycji genów. Celem poniższej pracy jest przedstawienie ogólnego schematu mechanizmu działania systemu CRISPR/Cas9, jego budowy i funkcji poszczególnych elementów. Poruszonym tematem są również metody naprawy DNA typu NHEJ i HDR, a także charakterystyka poszczególnych rodzajów CRISPR/Cas. Przedstawiona została również metoda dostarczenia kompleksu CRISPR/Cas do komórki, która jest wykorzystywana w badaniach laboratoryjnych.
The CRISPR/Cas system protects bacteria and Archea against infection by bacteriophages and is referred to in the literature as the "immune system" or "defense system" of bacteria. The CRISPR system consists of palindromic repetitive sequences between which are bacteriophage or plasmid sequences called linkers, and works in a manner similar to eukaryotic RNA interference. At the same time, this system has found application in molecular biology, mainly in genetic engineering as the latest and most innovative method of gene editing. The purpose of the following work is to present a general diagram of the mechanism of operation of the CRISPR/Cas9 system, its structure and functions of individual elements. The subject of the discussion are also NHEJ and HDR DNA repair methods, as well as the characteristics of individual types of CRISPR/Cas. A method of delivering the CRISPR/Cas complex to a cell, which is used in laboratory tests, was also presented.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Development of plasmids to modify the CRISPR - Cas System in Porphyromonas gingivalis W83
Opracowanie plazmidów do modyfikacji systemu CRISPR – Cas w Porphyromonas gingivalis W83
Autorzy:
Lelek, Joanna
Opis:
The aim of the experiment was to develop the plasmids to modify CRISPR-Cas System in bacteria P.gingivalis. CRISPR-Cas System allows bacteria to distinguish between self and exogenous nucleic acid. The plasmids were constructed based on vector pT-COW inserting different variants of proto-S6 element (artificial and wild). Bacteria E.coli (Invitrogen), was used to amplify the obtained plasmids. Plasmid DNA was isolated and sequenced. As a result of the cloning the expected constructs were received.
Celem doświadczenia było opracowanie plazmidów do modyfikacji systemu CRISPR-Cas u bakterii P.gingivalis. System CRISPR-Cas umożliwia bakteriom rozróżnianie między własnym a egzogennym kwasem nukleinowym. Plazmidy skonstruowano w oparciu o wektor pT-COW, wstawiając różne warianty elementu proto-S6 (sztuczne i dzikie). Do namnożenia uzyskanego plazmidu użyto bakterii E.coli (Invitrogen) a wyizolowane plazmidowe DNA zsekwencjonowano. W wyniku klonowania uzyskano oczekiwane konstrukty.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Precyzyjna edycja genomu z wykorzystaniem systemu CRISPR/Cas
Precise genome editing with CRISPR/Cas system
Autorzy:
Czarnek, Maria
Opis:
The ability to modify genome in a precise and efficient fashion is needed tounderstand how genotype affects different biological processes and disease. Recently,genome engineering tool based on CRISPR/Cas (clustered regularly interspaced shortpalindromic repeats/CRISPR associated) – procaryotic adaptive immune system – hasbeen developed. CRISPR/Cas utilizes small RNA molecules (crRNA and tracrRNA) toguide Cas9 nuclease to specific genomic loci. Cas9 can induce the formation of targeteddouble strand breaks in mammalian chromosomes. Subsequent indel formation via nonhomologousend-joining (NHEJ) repair mechanism often leads to nonsense orframeshift mutations. It may lead to nonsense-mediated degradation of mRNA orpremature termination of translation.The aim of this project was to generate MC38CEA cell lines with mutations in Adamlocus by using CRISPR/Cas system. To that end plasmids coding for crRNA targeting13 distinct sites in Adam17 gene were constructed. The ability to introduce mutation inmammalian genome was demonstrated in an easy-to-transfect murine neuroblastomacell line, namely Neuro-2a. Plasmids coding for the most active crRNA: 17.1, 17.F and17.C (targeting exon 1, 2 and 3 of Adam17 gene, respectively) were used to transfectMC38CEA cells. Moreover, to introduce large deletions, cells were transfectedsimultaneously with plasmids coding for 17.1 and 17.F crRNA. The cells were seededinto 96-well plates, on average one cell per a well, in order to obtain single cell-derivedclones. Mutations in genomic DNA were analysed by digestion with mismatch-sensitivenuclease CELI (indel mutations); large deletions were detected by PCR. ADAM17protein level was verified by Western blotting analysis. In ADAM17-knockout clonesmutations in Adam17 gene were confirmed by DNA sequencing. Mutations in potentialoff-target sites were analysed by digestion with mismatch-sensitive nuclease CELI.
Zdolność do modyfikacji genomu w precyzyjny i wydajny sposób jest niezbędnado zrozumienia jaki wpływ na procesy biologiczne i stany chorobowe ma konkretnygenotyp. W ostatnich latach techniki edycji genomu poszerzyły się o narzędziawywodzące się z mechanizmu obrony wielu prokariotów przed obcymi kwasaminukleinowymi – o system CRISPR/Cas (ang. clustered regularly interspaced shortpalindromic repeats/CRISPR associated). System ten wykorzystuje małe cząsteczkiRNA (crRNA i tracrRNA) do nakierowywania nukleazy Cas9 na komplementarną docrRNA sekwencję. Cas9 może być wykorzystana do wprowadzenia dwuniciowychpęknięć DNA w wybranych miejscach w genomie komórek zwierzęcych. Naprawatakich pęknięć poprzez mechanizm niehomologicznego łączenia końców możeskutkować wprowadzeniem niewielkich insercji lub delecji w sekwencji kodującejbiałko, przez co dochodzi do przesunięcia ramki odczytu. Może to prowadzić dodegradacji transkryptu w procesie degradacji transkryptów niosących przedwczesnykodon stop lub do syntezy krótszego, niefunkcjonalnego białka.Celem pracy było wykorzystanie systemu CRISPR/Cas do wyprowadzenia liniikomórek MC38CEA niosących mutacje w locus Adam17. W tym celu stworzonowektory kodujące crRNA targetujące 13 miejsc w obrębie genu Adam17. Abyzweryfikować zdolność systemu do wprowadzania mutacji do genomu komórekssaczych, wektorami tymi stransfekowano komórki mysiego nerwiaka, Neuro-2A.Plazmidy kodujące najbardziej aktywne crRNA: 17.1, 17.F oraz 17.C (targetująceodpowiednio egzon 1, 2 i 3 mysiego genu Adam17) wykorzystano do transfekcjikomórek MC38CEA. Ponadto, w celu wprowadzenia dużych delecji, komórkistransfekowano jednocześnie plazmidami kodującymi crRNA 17.1 i 17.F. Uzyskanopojedyncze klony komórek MC38CEA wysiewając je na płytki 96-dołkowe, średnio pojednej komórce na dołek. Mutacje w genomowym DNA były analizowane testemwykrywania niedopasowania sekwencji opartym o aktywność nukleazy CELI (mutacjetypu indel) lub przy pomocy reakcji PCR (duże delecje). Poziom białka ADAM17 wklonach niosących mutację w locus Adam17 zbadano przy pomocy analizy Westernblotting. W przypadku klonów pozbawionych ekspresji białka ADAM17 występowanie mutacji potwierdzono poprzez sekwencjonowanie targetowanego obszaru DNA. Wwyselekcjonowanych klonach testem wykrywania niedopasowań sekwencji w oparciu oaktywność CELI zanalizowano występowanie niepożądanych mutacji w miejscach osekwencji zbliżonej do targetowanego regionu DNA.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Multiple knockout - a new strategy of study gene functions
Wielokrotny nokaut – nowa strategia badania funkcji genów
Autorzy:
Stawowy, Jan
Opis:
W pracy przedstawiono studium literaturowe dotyczące zastosowania wielokrotnego nokautu w badaniu funkcji genów in vivo. Nokaut pozwala na inaktywację wybranego genu, a następnie - metodą porównawczą – na określenie pełnionej przez jego produkty funkcji w organizmie. Ze względu na występujące często wspólne działanie wielu genów, pełne poznanie ich działania możliwe jest dopiero przy zastosowaniu wielokrotnego nokautu. W pracy omówiono badania nad receptor interacting protein (RIP), rodziną białek TAM, białkami specyficznymi dla linii rozrodczej (Tnp-2, Acr, Hist1a1h, Hist1h1t), insulinopodobnym czynnikiem wzrostu (IGF), Slam family receptors oraz rodziną białek synuklein.Dane z przeprowadzonych eksperymentów zebrane w pracy pokazują jak wielki wpływ na organizm ma wspólne działanie genów oraz pozwalają na poznanie funkcji tych genów w żywym organizmie. Przedstawione badania potwierdzają użyteczność wielokrotnego nokautu jako nowej, skutecznej metody badania funkcji genów.
This work presents a review of literature regarding the use of multiple knock-out strategy in analysing the function of genes in vivo. Knock-out enables the inactivation of a chosen gene, which products can then be further analysed using the comparison method to identify their function in an organism. Considering how often genes interact synergistically, recognising their full function is possible only by the means of multiple knock-out model. This work discusses studies concerning receptor interacting protein (RIP), TAM protein family, germline specific proteins (Tnp-2, Acr, Hist1a1h, Hist1h1t), insulin-like growth factor (IGD), Slam family receptors and synuclein protein family.Data gathered in this study show the influence that synergistically acting genes have on an organisms. Presented studies confirm the usefulness of multiple knock-out strategy as a new, effective method of analysing genes function.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Projektowanie układu CRISPR/Cas9 do indukowania dwóch dwuniciowych przecięć DNA w zadanym regionie chromosomu 3 komórek ludzkich
Design of the CRISPR/Cas9 system to induce two DNA double - strand cuts in a given region of chromosome 3 in human cells
Autorzy:
Foryszewska, Katarzyna
Opis:
Zastosowanie systemu CRISPR/Cas9 stawia przed naukowcami szereg wyzwań. Jednym z nich jest zaprojektowanie optymalnej sekwencji kierującej RNA. Bez względu na problem badawczy, powinna ona cechować się niskim prawdopodobieństwem modyfikacji DNA poza ustalonym celem, a jednocześnie efektywnie wiązać i ciąć unikatową w skali genomu sekwencję docelową. Na przestrzeni ostatnich lat, pojawiło się wiele wiele narzędzi, usprawniających proces selekcji guide-RNA. W danym przypadku, jego wyboru dokonano za pomocą gotowego oprogramowania CRISPOR, Bioconductor, jak i napisanego w tym celu programu w Pythonie. Położenie sekwencji docelowej, w zadanym obszarze chromosomu 3, dostosowano względem wyznaczonej, drugiej sekwencji oraz regionu repetytywnego, w celu umożliwienia systemowi indukcji dwóch cięć po obu stronach nici, a następnie ich wyznakowania. Dokonano analizy genomu pod kątem występowania sekwencji off-target dla wybranego guide-RNA.
The use of the CRISPR/Cas9 system poses a number of challenges for scientists. One of them is to design the optimal RNA targeting sequence. Regardless of the research problem, this sequence should have a low probability of off-target DNA modification, while effectively binding and cutting the target sequence, unique on the scale of the genome. Over recent years, many tools have been created to improve the guide-RNA selection process. In this case, the selection was made using CRISPOR, Bioconductor software and a Python program, which was written for this purpose. The location of the target sequence, in a given region of chromosome 3, was adjusted to the pre-designated second sequence and the repetitive region, in order to enable the system to induce two cleavages on both sides of the strand and then label them. The genome was analyzed for the presence of off-target sequences for the chosen guide-RNA.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
CRISPR/Cas9 technology in creating mouse models for spermatogenesis research
Technologia CRISPR/Cas9 w tworzeniu mysich modeli do badań nad spermatogenezą
Autorzy:
Bartosiewicz, Cezary
Opis:
Niniejsza praca przedstawia możliwości wykorzystania technologii CRISPR/Cas9 w badaniach spermatogenezy z użyciem modeli mysich. Technologia CRISPR/Cas9 jest potężnym narzędziem inżynierii genetycznej i obecnie domyślną metodą modyfikacji genetycznych. Dzięki możliwości namierzenia niemal każdej sekwencji w genomie technologia CRISPR/Cas9 jest chętnie wybierana do tworzenia modeli zwierząt laboratoryjnych w tym myszy. Bezpłodność jest obecnie obiektem dużego zainteresowania naukowców. Spermatogeneza to niezwykle skomplikowany proces, gdzie zaburzenie w funkcjonowaniu jednego genu może doprowadzić do jej nieprawidłowego przebiegu. W poznaniu przyczyn zaburzeń spermatogenezy pomagają badania modeli mysich. W pracy przedstawiono badania nad Cdc14a, Izumo1, Spata16, Zfy, Golga4, Zmym3, oraz Akap4.Konkluzją wyników przedstawionych badań jest ogromna użyteczność technologii CRISPR/Cas9 w badaniu spermatogenezy, która umożliwia tanie, szybki i proste tworzenie modeli mysich.
This thesis presents the feasibility of using CRISPR/Cas9 technology to study spermatogenesis using mouse models. CRISPR/Cas9 technology is a powerful genetic engineering tool and currently the default method for genetic modification. With the ability to target almost any sequence in the genome, CRISPR/Cas9 technology is eagerly chosen to create lab animal models including mice. Infertility is currently of great interest to scientists. Spermatogenesis is an extremely complicated process, where a disruption in the functioning of a single gene can lead to its abnormal course. Studies on mouse models are helpful in understanding the causes of spermatogenesis disorders. This paper presents studies on Cdc14a, Izumo1, Spata16, Zfy, Golga4, Zmym3, and Akap4.To conclude CRISPR/Cas9 technology is extremely useful in studying spermatogenesis and that it provides a cheap, fast, and simple way to create mouse models.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Wyświetlanie 1-10 z 136

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies