Temat: DGGE - Prolib Integro

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Qualitative analysis of bacterial biocenoses in two sequencing batch reactors treating reject water under different technological conditions
Autorzy:: Karło, A.
Ziembińska-Buczyńska, A.
Cema, G.
Surmacz-Górska, J.
Tematy:: anammox
CANON
nitrification
PCR-DGGE
RT-PCR-DGGE
nitryfikacja; Pokaż więcej
Wydawca:: Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/363132.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Complete nitrogen removal over nitrite (CANON) was used to treat reject water with ammonia concentrations ranging from 70 to 154mg·L-1. Two experimental sequential batch reactors, SBR_A and SBR_B, differed in the time of the reject water inflow (6h40min vs 40min), process temperature (25 vs 29°C), and the number of aeration periods per day (3 vs 6, respectively). Nitrogen removal efficiency was higher in SBR_B (50-90%) than in SBR_A (40-80%). Analysis of total (PCR-DGGE) and active (RT-PCR-DGGE) bacteria revealed that the biodiversity of the bacterial biocenoses, expressed as the Shannon-Wiener Biodiversity Index, was higher in SBR_B (2.75-3.10) than in SBR_A (1.80-2.75).
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: Application of culture dependent methods and culture-independent methods (DGGE analysis) to study Lactic acid bacteria ecology of Ivorian fermented fish Adjuevan
Autorzy:: Clementine, K. A.
Nguessan, K. F.
Thomas, D. A.
Dje, M. K.
Montet, D.
Tematy:: Adjuevan
Fermented fish
PCR-DGGE
Ivory Coast; Pokaż więcej
Wydawca:: Fundacja na Rzecz Młodych Naukowców
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/115772.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: The occurrence of lactic acid bacteria flora (LAB) was investigated on Ivorian fermented fish Adjuevan products produced with sea fish at different salt concentration (10, 15, 20, 25, 30%) according two traditional methods. LAB biodiversity was investigated using traditional culture-dependent method and culture-independent method (DGGE). LAB isolates were Lactobacillus fermentum 54%, Leuconostoc lactis subsp lactis 27%, Pediococcus pentosaceus 19% according method 1 and Pediococcus pentosaceus 61%, Lactococcus garviae 32%, Streptococcus diffi cilis 7% for method 2. The results of culture-independent method using DGGE patterns and sequencing of DNA bands revealed a higher number of lactic acid bacteria species even if the identification of several lactic acid bacteria species were not possible by traditional microbiological procedures. LAB were Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus, Lactobacillus helveticus, Leuconostoc lactis, Lactococcus raffi nolactis. Microflora was influence by salt percentage and more by the method of fermentation used. The molecular method DGGE which used three primers Lac1, Lac2GC and Lac3 to study LAB biodiversity directly in the fermented fish matrix, have allowed us to get a more complete picture of the dominant lactic acid bacteria diversity in these fermented product Adjuevan.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Screening for Mollicutes microorganisms in perinatal calf mortality cases in Polish dairy herds
Autorzy:: Szacawa, E.
Jawor, P.
Dudek, K.
Bednarek, D.
Stefaniak, T.
Tematy:: perinatal mortality
stillborn calves
Mollicutes
serology
PCR/DGGE; Pokaż więcej
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/2087695.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Qualitative variability in microbial community of constructed wetlands used for purifying wastewater contaminated with pharmaceutical substances
Autorzy:: Nowrotek, Monika
Ziembińska-Buczyńska, Aleksandra
Miksch, Korneliusz
Tematy:: bacterial biodiversity
constructed wetlands
pharmaceutical substances
PCR-DGGE; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1038946.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Pharmaceutical substances and their residues are increasingly present in the environment. Therefore, attempts at their removal are made by using different processes. Increasingly important among these processes are those modeled on natural phenomena which occur in wetland ecosystems, called technical scale constructed wetlands. Microbial degradation is an important process in these constructed wetlands. The biodegradation of chemicals often involves a complex series of biochemical reactions and usually varies with the microorganisms involved. The objectives of this study were to determine the impact of sulfamethoxazole and diclofenac on ammonia oxidizing bacteria and other parameters of wastewater in the microcosm of down-flow constructed wetlands. The Spearman correlation coefficient attained negative values in the case of comparison of the Shannon biodiversity index and the parameters of purified wastewater. This dependence was pronounced. In the case of pharmaceutical substances dosed with wastewater, the Spearman correlation coefficient assumed positive values. The highest value assumed by the Spearman correlation coefficient (0.9) was for the removal of diclofenac and Shannon index values for the planted columns, with a very high relationship. For unplanted columns, this value equaled 0.6. For sulfamethoxazole, the value for planted columns was 0.7, and for unplanted -0.7. The presence of plants did not have an impact on the Shannon biodiversity index.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Dynamika sezonowych zmian bioróżnorodności bakterii w jeziorach przymorskich: Łebsko i Sarbsko
Dynamics of Seasonal Changes in Bacterial Biodiversity in Coastal Lakes: Łebsko and Sarbsko
Autorzy:: Jureczko, M.
Ziembińska-Buczyńska, A.
Glińska-Lewczuk, K.
Burandt, P.
Kobus, S.
Lew, S.
Obolewski, K.
Tematy:: bakterie
bioróżnorodność
estuaria
PCR-DGGE
bacteria
biodiversity
estuaries; Pokaż więcej
Wydawca:: Politechnika Koszalińska. Wydawnictwo Uczelniane
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1813789.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Polskie pobrzeże jest bogate w jeziora słonawe o charakterze estuariów. Należą do nich jeziora Niziny Gardnieńsko-Łebskiej. Każdy z tych akwenów ma własną specyfikę hydrologiczno-ekologiczną, co skutkuje faktem, że wiedza na temat tych dynamicznych ekosystemów wodnych jest niepełna i wymaga rozszerzenia. W ramach eksperymentu badano bioróżnorodność bakteryjną w jeziorach Łebsko i Sarbsko w różnych porach roku. Materiał do badań stanowił materiał bakteriologiczny, pochodzący z przefiltrowania próbek wody tych jezior. W celu zbadania różnorodności biologicznej wykorzystano łańcuchową reakcję polimerazy – PCR (ang. Polymerase Chain Reaction), połączoną z elektroforezą w gradiencie czynnika denaturującego – DGGE (ang. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Markerem molekularnym wykorzystanym w badaniach był fragmentu genu kodującego 16S rRNA. Różnorodność biologiczną badano ze względu na gradient zasoleniowy oraz inne zmiany fizyko-chemiczne i biologiczne, wywoływane następującymi po sobie porami roku, oraz występującymi w obrębie zbiornika w zależności od głębokości. Efekty eksperymentu udokumentowano w postaci zdjęć w świetle ultrafioletowym rozdziału w gradiencie czynnika denaturującego produktów PCR, na podstawie których wykonano analizę densytometryczną, obliczono współczynnik podobieństwa Dice’a, indeks bioróżnorodności Shannona oraz utworzono dendrogramy na podstawie algorytmu najbliższego sąsiada. Badania wykazały, że bioróżnorodność zbiorowiska w trakcie trwania eksperymentu nie była stała i wahała się od stosunkowo ubogiej do przeciętnie bogatej genotypowo. Najniższe wartości indeksu Shannona obserwowano latem, co miało związek z fluktuacjami zasolenia i wysoką temperaturą. O tej porze roku zaobserwowano także spadek współczynnika podobieństwa Dice’a w jeziorze Łebsko. Sytuacja taka nie miała miejsca w jeziorze Sarbsko. W projekcie wykazano, iż jezioro Sarbsko ma bardziej stałą różnorodność bakteryjną, na co wskazują mniejsze fluktuacje wartości indeksu bioróżnorodności Shannona. Zaobserwowano nieznaczną zmianę struktury genotypowej w cyklu sezonowym w jeziorze Sarbsko, co obrazują dendrogramy, na których widać stopniowe różnicowanie się zbiorowisk bakterii. Temperatura w różnych porach roku również wpłynęła na różnorodność biologiczną bakterii. Ponadto zaobserwowano związek między bioróżnorodnością i stężeniem tlenu. Podczas eksperymentu nie było zmian w poziomie pH, więc parametr ten nie miał wpływu na bakterie.
The Polish shore of the Baltic Sea is rich in brackish lakes of estuarine character. One of them are lakes of the Gardnieńsko-Łebska Lowland. Each of these reservoirs has its own hydrological and ecological specificity, which results in the fact that knowledge about these dynamic water ecosystems is incomplete and requires further researches. The aim of this work was to study seasonal changes in bacterial diversity in coastal brackish lakes: Sarbsko and Łebsko. Biodiversity was studied for salinity gradient, as well as physicochemical and biological changes (caused by seasons and depth of the reservoir from which the test material was taken). To monitor the genotypic variation of individual microorganisms and estimate biodiversity of the bacterial community in the settlement and to estimate the genotype complexity of the samples PCR-DGGE method (polymerase chain reaction, combined with denaturing gradient gel electrophoresis) was used. The molecular marker used in the studies was a fragment of the 16S rRNA gene. The effects of the experiment were documented in the form of photos in the ultraviolet light of the PCR-DGGE products, on the basis of which densitometric analysis was performed, Dice similarity coefficient and Shannon biodiversity index was calculated, and dendrograms were created based on the nearest neighbor algorithm. The research showed that the biodiversity of the community during the experiment was not constant and ranged from relatively poor to average genotypically rich. The lowest values of the Shannon index were observed in the summer, which was related to salinity fluctuations and high temperature. In the summer, a decrease in the similarity of Dice in the Łebsko lake was also observed. Such a situation did not take place in Sarbsko. The project showed that Sarbsko has a more stable bacterial diversity, which is indicated by smaller fluctuations in the Shannon biodiversity index. It was observed that bacteria genotypic structure has changed slightly in seasonal cycle in tha Sarbsko lake, as dendrograms show. Temperature through the seasons also influence the bacterial biodiversity. What is more relation between biodiversity and oxygen concentration had been noticed. During the experiment there were no changes in pH level and this parameter has not got influence on bacteria.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Chemical and microbial properties of sandy mine soils afforested with Scots pine and silver birch
Autorzy:: Niklińska, Maria
Śliwińska, Ewa
Chodak, Marcin
Opis:: The objective of this study was to compare chemical and microbial properties of sandy mine soils under young Scots pine, silver birch, and mixed pine-birch forest stands. The measured properties included the contents of organic C (C_{org}) and total N (Nt), the C_{org}-to-N_{t} ratio, pH, microbial biomass, basal respiration, and activities of dehydrogenase, acid phosphomonoesterase, and urease. Community level physiological profiles (CLPPs) of soil bacteria were determined with Biolog® test and genetic profiles with the DGGE method. Scots pine and silver birch did not affect the C_{org} and N_{t} contents in the studied mine soils. The soil under birch contained larger and more active microbial biomass than the soil under pine. Under the mixed stand, most of the microbial properties were intermediate between the pine and the birch stand. The DGGE profiling indicated different composition of soil bacteria under the birch stand compared to the other stands. Differences in CLPPs were less pronounced, probably due to functional redundancy of soil bacteria.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Microbial biodiversity in arable soils is affected by agricultural practices
Autorzy:: Wolińska, Agnieszka
Górniak, Dorota
Zielenkiewicz, Urszula
Goryluk-Salmonowicz, Agata
Kuźniar, Agnieszka
Stępniewska, Zofia
Błaszczyk, Mieczysław
Tematy:: dgge
16s rrna gene
simpson diversity
bacterial communities
arable soils; Pokaż więcej
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Instytut Agrofizyki PAN
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/972735.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: The aim of the study was to examine the differences in microbial community structure as a result of agricultural practices. Sixteen samples of cultivated and the same number of non-cultivated soils were selected. Gel bands were identified using the GelCompar software to create the presence-absence matrix, where each band represented a bacterial operational taxonomic unit. The data were used for principal-component analysis and additionally, the Shannon-Weaver index of general diversity, Simpson index of dominance and Simpson index of diversity were calculated. Denaturing gradient gel electrophoresis profiles clearly indicated differentiation of tested samples into two clusters: cultivated and non-cultivated soils. Greater numbers of dominant operational taxonomic units (65) in non-cultivated soils were noted compared to cultivated soils (47 operational taxonomic units). This implies that there was a reduction of dominant bacterial operational taxonomic units by nearly 30% in cultivated soils. Simpson dominance index expressing the number of species weighted by their abundance amounted to 1.22 in cultivated soils, whereas a 3-fold higher value (3.38) was observed in non-cultivated soils. Land-use practices seemed to be a important factors affected on biodiversity, because more than soil type determined the clustering into groups.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Substrate influence on the structure of methanogenic Archaea communities during anaerobic digestion
Autorzy:: Dąbrowska, D.
Bułkowska, K.
Ciesielski, S.
Tematy:: anaerobic digestion
Archaea community structure
biogas
PCR-DGGE
fermentacja metanowa
biogaz; Pokaż więcej
Wydawca:: Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/363216.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: This study compares the diversity of methanogenic Archaeal communities that developed during biogas production in reactors fed with different substrates. Reactor I was fed with silages of maize and of alfalfa and timothy; and Reactor II was fed with these silages plus pig slurry and glycerol as co substrates. The Archaeal community structure was studied using polymerase chain reaction––denaturing gradient gel electrophoresis based on the 16S rRNA gene. In both reactors, Methanosphaerula palustris was most abundant, and species belonging to Methanolinea, Methanoculleus, and Methanotorris were present. Only Reactor I, where the ammonia concentration was lower, had species belonging to Methanospirillum and Methanosarcina. Thus, it appears that addition of pig slurry increased the ammonia concentration, which inhibited the growth of Methanospirillum and Methanosarcina.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Effects of the Secondary Metabolite Producing Pseudomonas fluorescens CHA0 on Soil Protozoa and Bacteria
Autorzy:: Winding, Anne
Oberender, Jana
Tematy:: Effects, BCA, secondary metabolite, Pseudomonas fluorescens CHA0, soil, protozoa, bacteria, PCR-DGGE; Pokaż więcej
Wydawca:: Uniwersytet Jagielloński. Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/763449.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Bacteria producing secondary metabolites with antagonistic effects on fungal pathogens have received attention during the last decades as an alternative to chemical pesticides. They, however, might also have effects on indigenous soil organisms like bacteria and protozoa, the latter ones being among the most important grazers of bacteria in soil. The present study reports on the effect of the potential biocontrol agent Pseudomonas fluorescens CHA0 and its genetically modified derivative CHA0/pME3424 on indigenous soil bacteria and protozoa in a soil system. CHA0/pME3424 overproduces two of the secondary metabolites produced by CHA0: the polyketide antibiotics pyoluteorin (Plt) and 2,4-diacetylphloroglucinol (DAPG). P. fluorescens CHA0/gfp1 and CHA0/pME3424 both negatively affected the abundance of soil bacteria and protozoa and the genetic community structure of Kinetoplastida studied by PCR-DGGE. The negative effects were detectable after 14 days but were decreasing and are expected to be temporary. The overproducer of secondary metabolites did not differ in effect from the wild type. The soil respiration and bacterial genetic community structure were not significantly affected. The study shows the soil bacteria and protozoa to be temporary affected by bacteria producing secondary metabolites, which can have implications for nutrient-cycling in soil and environmental risks of biocontrol agents.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 10.

Tytuł:: Nowoczesne metody badania bioróżnorodności biocenoz bakteryjnych w środowisku
Modern techniques used for biodiversity analysis in bacterial environmental communities
Autorzy:: Karło, A.
Ziembińska, A.
Tematy:: osad czynny
FISH
DGGE
cytometria przepływowa
bioróżnorodność bakterii
activated sludge
flow cytometry
bacterial biodiversity; Pokaż więcej
Wydawca:: Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego. Zakład Wydawniczy CHEMPRESS-SITPChem
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/142224.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: W analizach biocenoz bakteryjnych coraz powszechniej wykorzystywane są techniki biologii molekularnej. Wśród nich można wyróżnić metodę FISH – fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ oraz jej modyfikacje (RING-FISH, Clone-FISH, CARDFISH i MAR-FISH). W artykule opisano też technikę elektroforezy w gradiencie denaturacji (DGGE), bazującą na bakteryjnym markerze molekularnym 16S rRNA oraz cystometrię przepływową. Ze względu na dużą przewagę tych metod nad klasycznymi metodami mikrobiologicznymi, wynikającą między innymi z możliwości analizowania próbek pobieranych bezpośrednio ze środowiska, są one stosowane w biotechnologii środowiskowej, np. w badaniach bakteryjnej biocenozy osadu czynnego, biorącej udział w biologicznym oczyszczaniu ścieków. Możliwe jest również użycie kilku metod, których rezultaty są komplementarne i pozwalają na stworzenie całościowego obrazu badanej biocenozy.
Molecular techniques are very popular in microbial laboratories. Among them FISH- fluorescent in situ hybridization (with modifications like: CARD-FISH, MAR-FISH, RING-FISH, Clone- FISH), DGGE – denaturing gradient gel electrophoresis based on 16S rRNA molecular marker and flow cytometry, are the most popular. These analytical methods are commonly use in bacterial biodiversity research. The analysis can be performed directly on the environmental sample, so these procedures are simpler and faster that traditional ones. Therefore, molecular techniques can be used in aqueous bacterial biocenosis research, such as activated sludge, which takes part in biological wastewater treatment. It is also possible to use a set of molecular methods in order to obtain complimentary results to present total bacterial biocenosis picture.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "DGGE" wg kryterium: Temat