Temat: EMSA - Prolib Integro

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: In vitro DNA binding of purified CcpA protein from Lactococcus lactis IL1403
Autorzy:: Kowalczyk, Magdalena
Borcz, Barbara
Płochocka, Danuta
Bardowski, Jacek
Tematy:: EMSA
DNA binding
carbon catabolite repression
CcpA
competition EMSA; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1041113.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: During this study His-tagged CcpA protein purified under native conditions to obtain a biologically active protein was used for molecular analysis of CcpA-dependent regulation. Using electrophoretic mobility shift assays it was demonstrated that CcpA of L. lactis can bind DNA in the absence of the HPr-Ser-P corepressor and exhibits DNA-binding affinity for nucleotide sequences lacking cre sites. However, purified HPr-Ser-P protein from Bacillus subtilis was shown to slightly increase the DNA-binding capacity of the CcpA protein. It was also observed that CcpA bound to the cre box forms an apparently more stable complex than that resulting from unspecific binding. Competition gel retardation assay performed on DNA sequences from two PEP:PTS regions demonstrated that the ybhE, bglS, rheB, yebE, ptcB and yecA genes situated in these regions are most probably directly regulated by CcpA.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: Analysis of the interaction of human transcription factor Yin Yang 1 with AAV P5-60 promoter element in a model system
Analiza oddziaływania ludzkiego czynnika transkrypcyjnego Yin Yang 1 z fragmentem promotora P5-60 wirusa AAV w układzie modelowym
Autorzy:: Miłek, Piotr
Opis:: Yin Yang 1 jest multifukcjonalnym białkiem odpowiedzialnym zarówno za aktywację, jak i represję transkrypcji w obrębie wielu promotorów komórkowych i wirusowych. Jako czynnik transkrypcyjny reguluje on procesy embriogenezy, wzrostu i różnicowania komórek oraz naprawy DNA. Zaburzenia strukturalne i funkcjonalne Yin Yang 1 stanowią podstawę wielu patologicznych procesów w komórce, m.in. kancerogenezy. Oddziaływanie YY1 z promotorem P5 wirusa AAV w obrębie rejonu P5-60 jest szeroko badanym zagadnieniem. Ze względu na brak naturalnie występującej drugiej sekwencji konsensusowej dla białka w dotychczasowych układach eksperymentalnych, postanowiono przeanalizować interakcję Yin Yang 1 z wydłużonym fragmentem promotora P5-60 AAV (P5-60ex).W ramach pracy przeprowadzono ekspresję rekombinowanego białka YY1, a następnie zweryfikowano poprawność jego struktury oraz aktywność. Wykorzystując pomiary anizotropii fluorescencji oraz test opóźnionej migracji w żelu sprawdzono zdolność wiązania się dwóch cząsteczek białka do sekwencji P5-60ex. Aby zbadać ewentualną rearanżację struktury promotora na skutek interakcji z YY1 zastosowano zjawisko FRET. Dodatkowo zweryfikowano wpływ stężenia jonów cynku na siłę wiązania białko-DNA.Wyniki doświadczeń jednoznacznie pokazują możliwość oddziaływania fragmentu P5-60ex z dwiema cząsteczkami YY1. Nie udało się jednak określić szczegółowych parametrów wiązania dla tego kompleksu. Dodatkowo, wiązanie Yin Yang 1 nie prowadzi do zagięcia P5-60ex. Zaobserwowano, że siła wiązania białka do DNA zależy od stężenia jonów Zn2+, co może mieć związek z tendencją do dimeryzacji YY1 i wpływać na proces kancerogenezy.
Yin Yang 1 is a multifunctional protein responsible for both transcriptional activation and repression within many cellular and viral promoters. As a transcription factor, YY1 regulates embryogenesis, cell growth and differentiation, as well as DNA repair processes. Structural and functional abnormalities of Yin Yang 1 are the basis of several pathological changes in cell including carcinogenesis.Interaction of YY1 with AAV P5-60 promoter element is a widely examined issue. Due to the lack of the second consensus sequence for the protein in experimental systems by far, we decided to analyze the interaction of Yin Yang 1 with extended fragment of P5-60 promoter element (P5-60ex).In this research, overexpression of recombinant Yin Yang 1 protein and verification of its structural and functional properties were performed. Using fluorescence anisotropy measurements and electrophoretic mobility shift assay, binding of two protein molecules with P5-60ex sequence was examined. To determine possible bending of promoter through protein assembly, the FRET phenomenon was involved. Additionally, an influence of zinc ions concentration on protein-DNA binding strength was tested.Obtained results clearly show the interaction of P5-60 promoter element with two Yin Yang 1 molecules. However, we did not manage to define detailed binding parameters of the complex. Yin Yang 1 do not bend AAV P5 promoter through interaction. It was noticed that the protein-DNA complex affinity was increased by higher concentration of free Zn2+ ions, which can be correlated with YY1 dimerization tendency and the processes of carcinogenesis.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Analysis of ship accidents based on European statistical surveys
Autorzy:: Zalewski, Paweł
Posacka, Katarzyna
Tematy:: maritime safety
ship accidents
contributing factors
human factor
IMO
EMSA; Pokaż więcej
Wydawca:: Akademia Morska w Szczecinie. Wydawnictwo AMSz
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/2175555.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: The International Maritime Organization (IMO) introduces, adopts, and implements new instruments, such as conventions, resolutions, and guidelines, to prevent and minimize the number and severity of accidents involving ships at sea. The results of international maritime safety requirements introduced in recent years are presented in this paper. The impact of these regulations on ship safety improvement in European marine waters was determined via an analysis of accidents over a seven-year period of 2014–2020. The analysis was based on the classification of accidents by their severity, by the type of ship involved, and by the identified causes or contributing factors. Evident, still existing “weak points” of maritime safety monitoring are emphasized, such as low reporting of incidents and superficial identification of contributing factors. It is worth noting that the technological development of marine electronic systems introduced both positive effects and novel threats to the safety of navigation. An example is an uncritical overreliance on technology and information provided via electronic means and sensors. In this context the usage of integrated, digitized bridge systems in contemporary maritime vessels and future remote control systems was stressed.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) and microscale thermophoresis (MST) methods to measure interactions between tRNAs and their modifying enzymes
Autorzy:: Glatt, Sebastian
Rawski, Michał
Chramiec-Głąbik, Andrzej
Lin, Ting-Yu
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Oddziaływanie białka YY1 z DNA o sekwencji specyficznej dla czynnika transkrypcyjnego NF1. Badania w układzie in vitro
Interaction of the YY1 protein with the DNA sequence specific for the NF1 transcription factor. Research in an in vitro system
Autorzy:: Lichańska, Katarzyna
Opis:: The Yin Yang 1 protein is a transcription factor whose fragment belongs to the structures that are natively disordered. YY1 is involved in basic processes of embryogenesis as well as tissue formation of an adult body. YY1 is also a negative regulator of the p53 factor and viral genes responsible for the transition between latency and the lytic cycle. YY1 can play the roles of both the activator and the repressor of transcription, which makes the mechanisms of its operation the subject of many studies.. The following work attempts to prove the existence of a specific interaction between the YY1 protein and the sequence recognized by the NF1 factor. The possibility of the YY1 protein binding site within a sequence recognized specifically by the NF1 factor could be an explanation of the DNA folding process that would occur as a result of YY1 dimerization.The first part of the research was the expression, purification and verification of the structure and activity of the YY1 protein and the DBD1 variant containing only the DNA binding domain. As the next step the DNA sequence was hybridized to create a double-stranded, tagged fragment that specifically interacts with NF1. Subsequently by measuring the anisotropy and fluorescence lifetime, an attempt was made to examine and opportunity of the existence of protein-DNA interaction and to determine the specificity of such an interaction. Electrophoretic mobility shift assay tests were also performed to observe the formation of protein-DNA complexes.The results of the experiments confirm the existence of a specific interaction of the YY1 protein with the sequence recognized by the factor NF1, suggesting also the possibility of aggregation of such complexes. The mechanism of interaction appears to be more complicated, and the results suggest the possibility of an additional YY1 binding site.
Białko Yin Yang 1 jest czynnikiem transkrypcyjnym, który w swojej strukturze zawiera rejony natywnie nieuporządkowane. YY1 jest zaangażowane w procesy embriogenezy, jak i tworzenia tkanek dorosłego organizmu. Badany czynnik jest także negatywnym regulatorem białka p53 oraz genów wirusowych odpowiadających za przejście między latencją a cyklem litycznym. YY1 może pełnić role zarówno aktywatora jak i represora transkrypcji, co sprawia, że mechanizmy jego działania są przedmiotem wielu badań. W niniejszej pracy podjęto próby wykazania możliwości istnienia specyficznego oddziaływania między białkiem YY1 i sekwencją rozpoznawaną przez czynnik NF1. Możliwość występowania miejsca wiązania białka YY1 w obrębie sekwencji rozpoznawanej specyficznie przez czynnik NF1 mogłaby być wyjaśnieniem procesu zaginania DNA, które zachodziłoby w wyniku dimeryzacji YY1. Pierwszą częścią pracy była ekspresja, oczyszczanie oraz weryfikacja struktury i aktywności białka YY1 i wariantu DBD, zawierającego jedynie domenę wiążącą DNA. W kolejnym kroku przeprowadzono hybrydyzację sekwencji DNA w celu utworzenia dwuniciowego, znakowanego fragmentu specyficznie oddziałującego z NF1. Następnie poprzez pomiary anizotropii oraz czasu życia fluorescencji podjęto próbę zbadania możliwości istnienia oddziaływania białko – DNA i określenia specyficzności takiego odziaływania. Wykonano też testy opóźnionej migracji w żelu w celu zaobserwowania tworzenia kompleksów białko – DNA. Wyniki eksperymentów potwierdzają istnienie specyficznego oddziaływania białka YY1 z sekwencją rozpoznawaną przez czynnik NF1, sugerując też możliwość agregacji takich kompleksów. Mechanizm oddziaływania wydaje się być bardziej skomplikowany, a wyniki sugerują możliwość istnienia dodatkowego miejsca wiązania YY1.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Distributed Situation Awareness in pilotage operations: implications and challenges
Autorzy:: Sharma, A.
Nazir, S.
Tematy:: Situation Awareness (SA)
pilotage operation
Distributed Situation Awareness (DSA)
European Maritime Safety Agency (EMSA)
piloting vessels
Automatic Identification System (AIS)
safety at sea
captain-pilot interaction; Pokaż więcej
Wydawca:: Uniwersytet Morski w Gdyni. Wydział Nawigacyjny
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/117589.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Pilotage is considered as the most critical leg of navigation and a complex operation in maritime domain. In this paper, we argue that Distributed Situation Awareness (DSA) is an important construct in pilotage as the information required to carry out operations is distributed between agents and artefacts. We identify the central themes from the theory of DSA which are useful in describing modern day complex socio-technical systems. Further, based on the central themes, we propose guidelines for evaluating bridge teams involved in pilotage operations.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "EMSA" wg kryterium: Temat