Temat: PCR - Prolib Integro

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Investigation of flanking regions of mfpA gene encoding fibrynolytic protease from Microbacterium sp. strain JK6B using Inverse PCR method
Badanie otoczenia genu mfpA fibrynolitycznej proteazy bakteryjnej Microbacterium sp. szczepu JK6B z zastosowaniem metody Inverse PCR
Autorzy:: Kaźmierska, Katarzyna
Opis:: Inverse PCR to metoda amplifikacji in vitro niescharakteryzowanych regionów flankujących znaną sekwencję DNA. Opiera się ona na klasycznej łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR) , z wyjątkiem, że używane startery są zorientowane w kierunku przeciwnym niż ma to miejsce w reakcji PCR. Matrycą w reakcji PCR jest uprzednio strawione odpowiednimi restryktazami badane DNA, a następnie zligowane do kolistych produktów. W niniejszej pracy podjęto próbę zbadania otoczenia genu mfpA fibrynolitycznej proteazy bakteryjnej Microbacterium sp. szczepu JK6B z zastosowaniem metody Inverse PCR.
Inverse PCR is a method for in vitro amplification of uncharacterized regions flanking known sequence of DNA. This method is based on classic polymerase chain reaction, but it uses primers that are oriented in the opposite direction of usual orientation. The template for the reverse primers is digested with proper restriction enzymes investigated DNA, that is then ligated upon itself. In this paper I tried to characterize stretches of DNA upstream and downstream of mfpA gene encoding fibrynolytic protease form Microbacterium sp. strain JK6B using Inverse PCR method.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: Detekcja Borrelia burgdorferi we krwi pacjentów przy zastosowaniu techniki PCR w czasie rzeczywistym oraz jej odpowiednika w wersji NESTED - porównanie metod.
Detection of Borrelia burgdorferi on patients blood samples using real-time PCR and its countertype in NESTED version - comparison of methods.
Autorzy:: Ufir, Krzysztof
Opis:: Lyme borreliosis is multisystem infectious disease transmitted by ticks belonging to the genus Ixodes, infected with spirochete - Borrelia burgdorferi. Currently, diagnosis of Lyme borreliosis is based on medical history including the examination of the bite of the tick and symptoms e.g. erythema migrants, flu- like symptoms and positive results of serological tests.Knowing the unique nucleic acid sequence of the bacteria it is possible to use molecular methods, such as PCR (Polymerase Chain Reaction) for the determination of the presence of microorganisms in the blood samples. Real-time PCR is a type of the PCR analysis that involves the use of specialized probes and intercalating dyes of the DNA helix which, when added to the reaction mixture allows ongoing monitoring of the growth of the product during the reaction period. To increase sensitivity of this reaction, NESTED real- time PCR can be used that has two- stage amplification phase. This paper attempts to quantitatively compare presence of B. Burgdorferi using real-time PCR and NESTED real- time PCR analysis. This also involved optimization of the assays that is further described within paper. 111 blood samples were tested. Real-time PCR analysis revealed 2% success detection of the bacteria, whereas NESTED real- time PCR showed 46% positive detections.
Borelioza jest wieloukładową chorobą zakaźną przenoszoną przez kleszcze z rodzaju Ixodes zakażone krętkiem Borrelia burgdorferi. Obecnie diagnostyka boreliozy odbywa się w oparciu o wywiad dotyczący ukąszenia przez kleszcza, wystąpienie objawów takich jak rumień wędrujący lub symptomy grypopodobne oraz dodatnie wyniki badań serologicznych.Dzięki znajomości unikalnych sekwencji zawartych w kwasach nukleinowych bakterii, możliwe jest zastosowanie metod biologii molekularnej, takich jak PCR (łańcuchowa reakcja polimerazy) do oznaczania obecności mikroorganizmów we krwi. Odmianą klasycznej PCR jest PCR w czasie rzeczywistym. Polega na zastosowaniu specjalistycznych sond i barwników interkalujących z helisą DNA, które po dodaniu do mieszaniny reakcyjnej umożliwiają bieżące monitorowanie przyrostu produktu w czasie trwania reakcji. Aby zwiększyć czułość rekcji stosuje się odmianę NESTED PCR (zagnieżdżony PCR) polegającą na wykonaniu dwustopniowej amplifikacji. W niniejszej pracy podjęto próbę jakościowego oznaczenia B. Burgdorfei przy zastosowaniu metody PCR w czasie rzeczywistym i jej odpowiednika w wersji NESTED, jak również optymalizacji warunków przebiegu tych reakcji. Przebadano 111 próbek krwi. W przypadku reakcji PCR w czasie rzeczywistym, pozytywny wynik uzyskano w 2% przypadków, metoda NESTED dała pozytywny wynik w 46%.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: In situ detection of DNA and mRNA of human cytomegalovirus to distinguish different forms of viral infection in leukocytes
Autorzy:: Zawilinska, Barbara
Bulek, Katarzyna
Kopec, Jolanta
Kosz-Vnenchak, Magdalena
Tematy:: in situ PCR
PCR
antigenemia pp65
cytomegalovirus
in situ RT-PCR; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1041199.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: In situ PCR and in situ reverse transcription PCR (RT-PCR) were applied to discriminate between latent and productive infection of human cytomegalovirus (HCMV) in leukocytes. We investigated 28 samples, in which viral pp65 antigen was detected only in the cytoplasm of leukocytes. Additionally we assayed 12 specimens lacking pp65 antigen. Using nested PCR (nPCR), viral DNA was detected in 27 samples. In six samples the results of nPCR were unreadable due to the presence of polymerase inhibitors. By application of in situ PCR, we were able to confirm the presence of viral DNA in the nucleus and/or cytoplasm. Productive infection was recognized in 20 samples in which transcripts for late viral genes were detected. Among the 20 samples negative by in situ RT-PCR, we recognized phagocytosis of viral particles in eight and the latent form of HCMV infection in five.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: In situ detection of DNA and mRNA of human cytomegalovirus to distinguish different forms of viral infection in leukocytes
Autorzy:: Kopeć, Jolanta
Bulek, Katarzyna
Zawilińska, Barbara
Kosz-Vnenchak, Magdalena
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: PCR and real-time PCR assays to detect fungi of Alternaria alternata species
Autorzy:: Kordalewska, Milena
Brillowska-Dąbrowska, Anna
Jagielski, Tomasz
Dworecka-Kaszak, Bożena
Tematy:: Alternaria alternata
detection
identification
PCR
real-time PCR; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1038891.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Fungi of the Alternaria genus are mostly associated with allergic diseases. However, with a growing number of immunocompromised patients, these fungi, with A. alternata being the most prevalent one, are increasingly recognized as etiological agents of infections (phaeohyphomycoses) in humans. Nowadays, identification of Alternaria spp. requires their pure culture and is solely based on morphological criteria. Clinically, Alternaria infections may be indistinguishable from other fungal diseases. Therefore, a diagnostic result is often delayed or even not achieved at all. In this paper we present easy to perform and interpret PCR and real-time PCR assays enabling detection of A. alternata species. On the basis of alignment of β-tubulin gene sequences, A. alternata-specific primers were designed. DNA from fungal isolates, extracted in a two-step procedure, were used in PCR and real-time PCR assays followed by electrophoresis or melting temperature analysis, respectively. The assays specificity was confirmed, since positive results were obtained for all A. alternata isolates, and no positive results were obtained neither for other molds, dermatophytes, yeast-like fungi, nor human DNA. The assays developed here enable fast and unambiguous identification of A. alternata pathogens.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Genotypic analysis of Candida non-albicans fungi isolated from intensive care units patients
Analiza genotypowa grzybów Candida nie-albicans izolowanych od chorych oddziału intensywnej terapii
Autorzy:: Wojtusiak, Marta
Opis:: Częstość występowania infekcji grzybiczych u krytycznie chorych wzrosła w ostatnich dekadach. Oddział Intensywnej Terapii jest oddziałem najbardziej narażonym na występowanie zakażeń szpitalnych, które są przyczyną powikłań i zagrażają życiu pacjentów. Związane jest to przede wszystkim z intensywną antybiotykoterapią, częstym wywoływaniem immunosupresji i licznymi zabiegami ułatwiającymi przenoszenie grzybów do głębokich tkanek. Głównym czynnikiem etiologicznym zakażeń grzybami u pacjentów leczonych w OIT są grzyby z rodzaju Candida, w tym gatunek C. albicans. Obserwuje się jednak rosnący udział gatunków non – albicans, takich jak C. glabrata, C. krusei czy C. tropicalis.Coraz częściej, w diagnostyce zakażeń grzybiczych wykorzystuje się metody molekularne oparte na reakcji PCR.Celem pracy była analiza genotypów 31 szczepów Candida spp. (C. glabrata – 15 szczepów, C. krusei – 9 szczepów, C. tropicalis – 7 szczepów) izolowanych od pacjentów hospitalizowanych w OAiIT oraz określenie ich genetycznego pokrewieństwa. W badaniach zastosowano metodę PCR – RAPD z wykorzystaniem primerów: HP1247, OPE-3 i OPE-18. Primer HP1247 wykazał największą siłę dyskryminacyjną w genotypowaniu szczepów C. krusei i C. tropicalis, natomiast do typowania genetycznego szczepów C. glabrata najlepszy był primer OPE-3. Wykazano duże zróżnicowanie wewnątrzgatunkowe badanych szczepów oraz dowiedziono, że większość zakażeń grzybiczych w OIT ma podłoże endogenne.
The incidence of fungal infections in critically ill patients is growing in last decades. An Intensive Care Unit is a hospital department the most exposed to nosocomial infections, that are the reason of complications and health hazard. It’s mainly associated with greater use of broad spectrum antibiotics, immunosupression therapy and invasive monitoring, nutrition which facilitate deep penetration of fungi. The Candida is the main pathogen causing nosocomial fungal infections among patients hospitalized in ICU, especially C. albicans. However, there is a growing share of the species non – albicans, such as C. glabrata, C. krusei or C. tropicalis.Increasingly, the diagnosis of fungal infections used molecular methods based on PCR.The aim of the study was molecular typing of 31 clinical isolates of Candida spp. (C. glabrata – 15 strains, C. krusei – 9 strains, C. tropicalis – 7 strains) obtained from patients hospitalized in the ICU and to determine their genetic relatedness. In studies PCR – RAPD method with primers HP1247, OPE-3 and OPE-18 was used. HP1247 primer showed the highest discriminatory power for differentiation of C. krusei and C. tropicalis strains, although in the molecular typing of C. glabrata the best was OPE-3 primer.It has been shown high diversity and intraspecific tested strains, demonstrated that the majority of fungal infections in the ICU is the endogenous substrate.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Poczucie samotności wychowanków domów dziecka wywodzących się z rodzin o niskim statusie socjoekonomicznym
A sense of loneliness of institutionalized children brought up in a childrens home coming from families of low socio-economic status
Autorzy:: Kanarek, Sylwia
Opis:: The main subject of this thesis loneliness institutionalized children coming from families of low socio-economic status.The present work consists of three chapters. Chapter 1 of this work is a theoretical representation of the problem, based on the literature. The information contained in this section were aimed at bringing basic concepts, which are home child care and educational system, educational environment or solitude. Reference was also the biological and psychological needs of the child and opportunities to meet them, as well as negative aspects in the education of the children's homes. Chapter 2 provides a methodology of its own. Chapter III is devoted to the analysis and interpretation of research of its own. Complementing this work is a summary bibliography and appendices including PCR questionnaire sheets, SAGS scale and instructions to complete it.
Przedmiotem niniejszej pracy jest poczucie samotności wychowanków domów dziecka wywodzących się z rodzin o niskim statusie społeczno-ekonomicznym.Prezentowana praca składa się z 3 rozdziałów. Rozdział I tej pracy, jest teoretycznym przedstawieniem problemu, opartym na literaturze przedmiotu. Zawarte informacje w tym rozdziale miały za zadanie przybliżenie podstawowych pojęć, jakimi są dom dziecka, system opiekuńczo-wychowawczy, środowisko wychowawcze czy samotność. Odniesiono się również na potrzeby biopsychicznych dziecka i możliwości ich zaspokajania, jak i negatywne aspekty w wychowaniu w domach dziecka. Rozdział II stanowi metodologia badań własnych. Rozdział III jest poświęcony analizie i interpretacji badań własnych. Dopełnieniem niniejszej pracy stanowi zestawienie bibliograficzne oraz załączniki zawierające arkusze kwestionariusza PCR, skali SAGS oraz instrukcji jej uzupełnienia.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Molecular detection, typing, and virulence potential of Salmonella Serotypes isolated from poultry feeds
Autorzy:: Shahbazi, G.
Shayegh, J.
Ghazaei, C.
Ghazani, M.H.M.
Hanifian, S.
Tematy:: Salmonella
feed
BOXAIR-PCR
Rep- PCR
drug resistance
biofilm; Pokaż więcej
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czasopisma i Monografie PAN
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/16647581.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Salmonella contamination in poultry feed is one of the main issues in poultry industry and public health. The aim of the present study was molecular detection and typing of Salmonella serotypes isolated from poultry feeds. Moreover, we determined the antibiotic resistance pattern and the ability of biofilm formation in the serotypes. To this end, eighty feed samples were collected from aviculture depots. Salmonella serotypes were identified by culture and PCR methods. For serological identification, a slide agglutination test was used. BOXAIR and rep-PCR methods were applied to evaluate the diversity of serotypes. The disc diffusion method was performed to evaluate the antibiotic susceptibility of serotypes to sixteen antibiotics. Biofilm formation was also assessed by the microtiter-plate test. From a total of 80 feed samples, 30 samples were contaminated with Salmonella spp., which were divided into 5 different serotypes belonging to B, C, and D serogroups. BOXAIR-PCR (D value [DI] 0.985) and rep-PCR (DI 0.991) fingerprinting of isolates revealed 23 and 19 reproducible fingerprint patterns, respectively. A higher antibiotic resistance was observed to ampicillin and doxycycline (100% each), followed by chloramphenicol (83.33%) and tetracycline (73.33%). Multidrug resistance (MDR) was detected in all Salmonella serotypes. Half of the serotypes possessed the ability of biofilm formation with varied adhesion strengths. These results revealed the high and unexpected prevalence of Salmonella serotypes in poultry feed with MDR and biofilm formation ability. BOXAIR and rep-PCR revealed a high diversity of Salmonella serotypes in feeds and subsequently indicated variation in the source of Salmonella spp. The unknown sources harboring high diversity of Salmonella serotypes indicated poor control, which could cause problems for feed manufacturing.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Molecular traces of human activity recorded in lake deposits from Łańskie Lake based on research on ancient DNA of selected bacteria group
Molekularne ślady obecności człowieka w osadach jeziornych z jeziora Łańskiego na podstawie badań kopalnego DNA wybranych grup bakterii
Autorzy:: Kaczanowska, Katarzyna
Opis:: Celem niniejszej pracy było przedstawienie metody molekularnej, służącej do identyfikacji obecności człowieka na badanym obszarze oraz jego wpływu na zmiany roślinności w przeszłości, odnotowanych za pomocą analizy pyłkowej i przedstawionych za pomocą diagramu pyłkowego. Badania prowadzono na aDNA bakterii fekalnych z grupy Bacteroides-Prevotella i Bifidobacterium adolescentis.
The aim of this paper is to presentation a molecular metod, that can be used for identyfication of human presence in the study area and phases of anthropogenic impact on environment in the past, especially on vegetation distinguished in pollen diagrams.We focused our work on area of the lake Łańskie. The study was conducted on bacteria aDNA of Bacteroides-Prevotella group and Bifidobacterium adolescentis.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 10.

Tytuł:: Optimization and characterization of diagnostic technique for different types of joint arthritis
Optymalizacja i charakterystyka metody diagnostycznej służącej do identyfikacji podłoża zapalnego chorób stawów
Autorzy:: Borek, Zuzanna
Opis:: Diagnostic plays a key role in selection of a proper and effective treatment for a disease. In the case of distinguishing between different types of arthritis, the efficacy of utilized methods is not sufficient enough. It results in misdiagnose and provides inappropriate treatment which leads to lack of recovery from the disease. The most problematic to diagnose among arthritis are joint inflammations associated with autoimmune disorders or infections. This study focused on development of new method for detection of bacterium in blood and synovial samples that is based on i) variation of PCR technique – so called Nasted PCR, together with specially designed universal primers, which recognize coding sequence of bacterial 16 S ribosome subunit and ii) usage of separated fractions of PMNs and PBMCs from patient materials. It was possible to establish conditions sensitive enough to find bacterial prints in human donor samples. Preliminary analysis of patient blood and synovial fluid samples with diagnosed RA showed the potential usage of this method as diagnostic tool to determine more effectively the reason of joint inflammation. Additionally, in this study we showed the possibility of detecting intracellular bacteria among separated subpopulation of immune cells.
Diagnostyka jest podstawą doboru prawidłowego i efektywnego leczenia. W przypadku chorób stawów obecnie stosowane metody diagnostyczne nie są wystarczająco skuteczne. Największy problem do rozróżnienia stanowią infekcyjne choroby zapalne spowodowane przez bakterie wewnątrzkomórkowe oraz chroniczne stany zapalne o podłożu autoimmunizacyjnym. W tej pracy scharakteryzowano i opisano metodę, która mogłaby w przyszłości zastąpić stosowane dotychczas diagnostyczne metody biochemiczne i posiewowe. Metoda ta opiera się na: i) zmodyfikowanej technice PCR – „Nested PCR” i odpowiednio zaprojektowanym uniwersalnym starterom, które rozpoznają bakteryjną podjednostkę rybosomu 16 S oraz ii) na zastosowaniu do analizy zamiast pełnej krwii lub płynu stawowego oczyszczonych granulocytów (PMNs) i komórek jednojądrzastych (PBMCs). Zoptymalizowane warunki reakcji PCR pozwoliły na identyfikację bakterii powodujących stan zapalny stawu w próbkach pobranych od dawców. Ponadto, wstępna analiza materiału od pacjentów ze zdiagnozowanym reumatoidalnym zapaleniem stawów ukazała potencjalną możliwość wykorzystania tej metody do bardziej skutecznej diagnozy podłoża stanu zapalnego w stawach. Dodatkowo, w pracy tej pokazano, iż możliwa jest detekcja bakterii wewnątrzkomórkowych w obrębie jednej wyizolowanej subpopulacji komórkowej.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "PCR" wg kryterium: Temat