Temat: PCR-DGGE - Prolib Integro

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Qualitative analysis of bacterial biocenoses in two sequencing batch reactors treating reject water under different technological conditions
Autorzy:: Karło, A.
Ziembińska-Buczyńska, A.
Cema, G.
Surmacz-Górska, J.
Tematy:: anammox
CANON
nitrification
PCR-DGGE
RT-PCR-DGGE
nitryfikacja; Pokaż więcej
Wydawca:: Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/363132.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Complete nitrogen removal over nitrite (CANON) was used to treat reject water with ammonia concentrations ranging from 70 to 154mg·L-1. Two experimental sequential batch reactors, SBR_A and SBR_B, differed in the time of the reject water inflow (6h40min vs 40min), process temperature (25 vs 29°C), and the number of aeration periods per day (3 vs 6, respectively). Nitrogen removal efficiency was higher in SBR_B (50-90%) than in SBR_A (40-80%). Analysis of total (PCR-DGGE) and active (RT-PCR-DGGE) bacteria revealed that the biodiversity of the bacterial biocenoses, expressed as the Shannon-Wiener Biodiversity Index, was higher in SBR_B (2.75-3.10) than in SBR_A (1.80-2.75).
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: Application of culture dependent methods and culture-independent methods (DGGE analysis) to study Lactic acid bacteria ecology of Ivorian fermented fish Adjuevan
Autorzy:: Clementine, K. A.
Nguessan, K. F.
Thomas, D. A.
Dje, M. K.
Montet, D.
Tematy:: Adjuevan
Fermented fish
PCR-DGGE
Ivory Coast; Pokaż więcej
Wydawca:: Fundacja na Rzecz Młodych Naukowców
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/115772.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: The occurrence of lactic acid bacteria flora (LAB) was investigated on Ivorian fermented fish Adjuevan products produced with sea fish at different salt concentration (10, 15, 20, 25, 30%) according two traditional methods. LAB biodiversity was investigated using traditional culture-dependent method and culture-independent method (DGGE). LAB isolates were Lactobacillus fermentum 54%, Leuconostoc lactis subsp lactis 27%, Pediococcus pentosaceus 19% according method 1 and Pediococcus pentosaceus 61%, Lactococcus garviae 32%, Streptococcus diffi cilis 7% for method 2. The results of culture-independent method using DGGE patterns and sequencing of DNA bands revealed a higher number of lactic acid bacteria species even if the identification of several lactic acid bacteria species were not possible by traditional microbiological procedures. LAB were Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus, Lactobacillus helveticus, Leuconostoc lactis, Lactococcus raffi nolactis. Microflora was influence by salt percentage and more by the method of fermentation used. The molecular method DGGE which used three primers Lac1, Lac2GC and Lac3 to study LAB biodiversity directly in the fermented fish matrix, have allowed us to get a more complete picture of the dominant lactic acid bacteria diversity in these fermented product Adjuevan.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Screening for Mollicutes microorganisms in perinatal calf mortality cases in Polish dairy herds
Autorzy:: Szacawa, E.
Jawor, P.
Dudek, K.
Bednarek, D.
Stefaniak, T.
Tematy:: perinatal mortality
stillborn calves
Mollicutes
serology
PCR/DGGE; Pokaż więcej
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/2087695.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Qualitative variability in microbial community of constructed wetlands used for purifying wastewater contaminated with pharmaceutical substances
Autorzy:: Nowrotek, Monika
Ziembińska-Buczyńska, Aleksandra
Miksch, Korneliusz
Tematy:: bacterial biodiversity
constructed wetlands
pharmaceutical substances
PCR-DGGE; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1038946.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Pharmaceutical substances and their residues are increasingly present in the environment. Therefore, attempts at their removal are made by using different processes. Increasingly important among these processes are those modeled on natural phenomena which occur in wetland ecosystems, called technical scale constructed wetlands. Microbial degradation is an important process in these constructed wetlands. The biodegradation of chemicals often involves a complex series of biochemical reactions and usually varies with the microorganisms involved. The objectives of this study were to determine the impact of sulfamethoxazole and diclofenac on ammonia oxidizing bacteria and other parameters of wastewater in the microcosm of down-flow constructed wetlands. The Spearman correlation coefficient attained negative values in the case of comparison of the Shannon biodiversity index and the parameters of purified wastewater. This dependence was pronounced. In the case of pharmaceutical substances dosed with wastewater, the Spearman correlation coefficient assumed positive values. The highest value assumed by the Spearman correlation coefficient (0.9) was for the removal of diclofenac and Shannon index values for the planted columns, with a very high relationship. For unplanted columns, this value equaled 0.6. For sulfamethoxazole, the value for planted columns was 0.7, and for unplanted -0.7. The presence of plants did not have an impact on the Shannon biodiversity index.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Dynamika sezonowych zmian bioróżnorodności bakterii w jeziorach przymorskich: Łebsko i Sarbsko
Dynamics of Seasonal Changes in Bacterial Biodiversity in Coastal Lakes: Łebsko and Sarbsko
Autorzy:: Jureczko, M.
Ziembińska-Buczyńska, A.
Glińska-Lewczuk, K.
Burandt, P.
Kobus, S.
Lew, S.
Obolewski, K.
Tematy:: bakterie
bioróżnorodność
estuaria
PCR-DGGE
bacteria
biodiversity
estuaries; Pokaż więcej
Wydawca:: Politechnika Koszalińska. Wydawnictwo Uczelniane
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1813789.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Polskie pobrzeże jest bogate w jeziora słonawe o charakterze estuariów. Należą do nich jeziora Niziny Gardnieńsko-Łebskiej. Każdy z tych akwenów ma własną specyfikę hydrologiczno-ekologiczną, co skutkuje faktem, że wiedza na temat tych dynamicznych ekosystemów wodnych jest niepełna i wymaga rozszerzenia. W ramach eksperymentu badano bioróżnorodność bakteryjną w jeziorach Łebsko i Sarbsko w różnych porach roku. Materiał do badań stanowił materiał bakteriologiczny, pochodzący z przefiltrowania próbek wody tych jezior. W celu zbadania różnorodności biologicznej wykorzystano łańcuchową reakcję polimerazy – PCR (ang. Polymerase Chain Reaction), połączoną z elektroforezą w gradiencie czynnika denaturującego – DGGE (ang. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Markerem molekularnym wykorzystanym w badaniach był fragmentu genu kodującego 16S rRNA. Różnorodność biologiczną badano ze względu na gradient zasoleniowy oraz inne zmiany fizyko-chemiczne i biologiczne, wywoływane następującymi po sobie porami roku, oraz występującymi w obrębie zbiornika w zależności od głębokości. Efekty eksperymentu udokumentowano w postaci zdjęć w świetle ultrafioletowym rozdziału w gradiencie czynnika denaturującego produktów PCR, na podstawie których wykonano analizę densytometryczną, obliczono współczynnik podobieństwa Dice’a, indeks bioróżnorodności Shannona oraz utworzono dendrogramy na podstawie algorytmu najbliższego sąsiada. Badania wykazały, że bioróżnorodność zbiorowiska w trakcie trwania eksperymentu nie była stała i wahała się od stosunkowo ubogiej do przeciętnie bogatej genotypowo. Najniższe wartości indeksu Shannona obserwowano latem, co miało związek z fluktuacjami zasolenia i wysoką temperaturą. O tej porze roku zaobserwowano także spadek współczynnika podobieństwa Dice’a w jeziorze Łebsko. Sytuacja taka nie miała miejsca w jeziorze Sarbsko. W projekcie wykazano, iż jezioro Sarbsko ma bardziej stałą różnorodność bakteryjną, na co wskazują mniejsze fluktuacje wartości indeksu bioróżnorodności Shannona. Zaobserwowano nieznaczną zmianę struktury genotypowej w cyklu sezonowym w jeziorze Sarbsko, co obrazują dendrogramy, na których widać stopniowe różnicowanie się zbiorowisk bakterii. Temperatura w różnych porach roku również wpłynęła na różnorodność biologiczną bakterii. Ponadto zaobserwowano związek między bioróżnorodnością i stężeniem tlenu. Podczas eksperymentu nie było zmian w poziomie pH, więc parametr ten nie miał wpływu na bakterie.
The Polish shore of the Baltic Sea is rich in brackish lakes of estuarine character. One of them are lakes of the Gardnieńsko-Łebska Lowland. Each of these reservoirs has its own hydrological and ecological specificity, which results in the fact that knowledge about these dynamic water ecosystems is incomplete and requires further researches. The aim of this work was to study seasonal changes in bacterial diversity in coastal brackish lakes: Sarbsko and Łebsko. Biodiversity was studied for salinity gradient, as well as physicochemical and biological changes (caused by seasons and depth of the reservoir from which the test material was taken). To monitor the genotypic variation of individual microorganisms and estimate biodiversity of the bacterial community in the settlement and to estimate the genotype complexity of the samples PCR-DGGE method (polymerase chain reaction, combined with denaturing gradient gel electrophoresis) was used. The molecular marker used in the studies was a fragment of the 16S rRNA gene. The effects of the experiment were documented in the form of photos in the ultraviolet light of the PCR-DGGE products, on the basis of which densitometric analysis was performed, Dice similarity coefficient and Shannon biodiversity index was calculated, and dendrograms were created based on the nearest neighbor algorithm. The research showed that the biodiversity of the community during the experiment was not constant and ranged from relatively poor to average genotypically rich. The lowest values of the Shannon index were observed in the summer, which was related to salinity fluctuations and high temperature. In the summer, a decrease in the similarity of Dice in the Łebsko lake was also observed. Such a situation did not take place in Sarbsko. The project showed that Sarbsko has a more stable bacterial diversity, which is indicated by smaller fluctuations in the Shannon biodiversity index. It was observed that bacteria genotypic structure has changed slightly in seasonal cycle in tha Sarbsko lake, as dendrograms show. Temperature through the seasons also influence the bacterial biodiversity. What is more relation between biodiversity and oxygen concentration had been noticed. During the experiment there were no changes in pH level and this parameter has not got influence on bacteria.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Substrate influence on the structure of methanogenic Archaea communities during anaerobic digestion
Autorzy:: Dąbrowska, D.
Bułkowska, K.
Ciesielski, S.
Tematy:: anaerobic digestion
Archaea community structure
biogas
PCR-DGGE
fermentacja metanowa
biogaz; Pokaż więcej
Wydawca:: Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/363216.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: This study compares the diversity of methanogenic Archaeal communities that developed during biogas production in reactors fed with different substrates. Reactor I was fed with silages of maize and of alfalfa and timothy; and Reactor II was fed with these silages plus pig slurry and glycerol as co substrates. The Archaeal community structure was studied using polymerase chain reaction––denaturing gradient gel electrophoresis based on the 16S rRNA gene. In both reactors, Methanosphaerula palustris was most abundant, and species belonging to Methanolinea, Methanoculleus, and Methanotorris were present. Only Reactor I, where the ammonia concentration was lower, had species belonging to Methanospirillum and Methanosarcina. Thus, it appears that addition of pig slurry increased the ammonia concentration, which inhibited the growth of Methanospirillum and Methanosarcina.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Effects of the Secondary Metabolite Producing Pseudomonas fluorescens CHA0 on Soil Protozoa and Bacteria
Autorzy:: Winding, Anne
Oberender, Jana
Tematy:: Effects, BCA, secondary metabolite, Pseudomonas fluorescens CHA0, soil, protozoa, bacteria, PCR-DGGE; Pokaż więcej
Wydawca:: Uniwersytet Jagielloński. Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/763449.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Bacteria producing secondary metabolites with antagonistic effects on fungal pathogens have received attention during the last decades as an alternative to chemical pesticides. They, however, might also have effects on indigenous soil organisms like bacteria and protozoa, the latter ones being among the most important grazers of bacteria in soil. The present study reports on the effect of the potential biocontrol agent Pseudomonas fluorescens CHA0 and its genetically modified derivative CHA0/pME3424 on indigenous soil bacteria and protozoa in a soil system. CHA0/pME3424 overproduces two of the secondary metabolites produced by CHA0: the polyketide antibiotics pyoluteorin (Plt) and 2,4-diacetylphloroglucinol (DAPG). P. fluorescens CHA0/gfp1 and CHA0/pME3424 both negatively affected the abundance of soil bacteria and protozoa and the genetic community structure of Kinetoplastida studied by PCR-DGGE. The negative effects were detectable after 14 days but were decreasing and are expected to be temporary. The overproducer of secondary metabolites did not differ in effect from the wild type. The soil respiration and bacterial genetic community structure were not significantly affected. The study shows the soil bacteria and protozoa to be temporary affected by bacteria producing secondary metabolites, which can have implications for nutrient-cycling in soil and environmental risks of biocontrol agents.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Zastosowanie metody PCR-DGGE w mikrobiologii sądowej
Use of the PCR-DGGE method in forensic microbiology
Autorzy:: Ziembińska-Buczyńska, Aleksandra
Kraśnicki, Krzysztof
Tematy:: metody biologii molekularnej
PCR-DGGE
DNA fingerprinting
ślad mikrobiologiczny
mikrobiom naskórka
molecular biology methods
microbiological trace
epidermal microbiome; Pokaż więcej
Wydawca:: Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/2055013.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: W oparciu o najnowsze doniesienia mikrobiologii sądowej możliwe jest powiązanie sprawcy z dowodem w postępowaniu śledczym na podstawie analizy molekularnej materiału mikrobiologicznego. Wiadomo, że występujący na powierzchni naskórka człowieka mikrobiom jest nie tylko gatunkowo, ale i osobniczo specyficzny. Korzystając z tej informacji, można powiązać użytkownika danego przedmiotu (np. urządzenia elektronicznego) z takim sprzętem poprzez naniesiony w trakcie użytkowania, właściwy tylko danemu użytkownikowi, specyficzny mikrobiom. Korzystając z metod opartych na tzw. genetycznym odcisku palca (DNA fingerprinting) zbiorowiska bakterii, porównywano zgodności struktury zbiorowiska mikroorganizmów pobranych z naskórka dłoni oraz obudowy telefonu komórkowego u czternastu uczestników badania. W tym projekcie wykorzystano metodę łańcuchowej reakcji polimerazy z elektroforezą w gradiencie denaturacji PCR-DGGE (ang. Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Uzyskana analiza pozwoliła na otrzymanie wyników wskazujących na wysoką zbieżność struktury genotypowej próbek pochodzących od użytkownika z mikrobiomem pobranym z jego telefonu. Metoda PCR-DGGE może być wykorzystywana jako skriningowa, poprzedzająca dodatkowe analizy potwierdzające.
The latest reports on the subject of forensic microbiology indicate that it is possible to link a perpetrator of an offence to the evidence, based on molecular analysis of microbiological material. The microbiome of human epidermis is known to be species- and individual-specific. This knowledge can be used towards finding a match between the object (e.g. electronic device) and the user, based on the individual-specific microbiome deposited onto the object’s surface. The DNA fingerprinting-based methods were used to compare similarities in the structures of bacterial communities collected from the epidermis of 14 study subjects and the housings of their mobile phones. This study was based on the Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gel Electrophoresis method. The results obtained revealed a high degree of similarity between the structure of bacterial genotypes present on the users’ epidermis and the microbiomes recovered from their mobile phones. PCR-DGGE can be used as the screening method, preceding the additional confirmatory analyses.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Comparison of PCR-DGGE and Nested-PCR-DGGE Approach for Ammonia Oxidizers Monitoring in Membrane Bioreactors’ Activated Sludge
zalety i wady wykorzystywania techniki nested-PCR w monitoringu bakterii utleniających amoniak w osadzie czynnym bioreaktora membranowego
Autorzy:: Ziembińska-Buczyńska, A.
Wiszniowski, J.
Ciesielski, S.
Tematy:: ammonia oxidizing bacteria
AOB
16S rRNA gene
Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
PCR-DGGE
nested-PCR
utlenianie amoniaku
bakteria utleniająca amoniak
gen kodujący 16S rRNA; Pokaż więcej
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/204755.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Nitritation, the first stage of ammonia removal process is known to be limiting for total process performance. Ammonia oxidizing bacteria (AOB) which perform this process are obligatory activated sludge habitants, a mixture consisting of Bacteria, Protozoa and Metazoa used for biological wastewater treatment. Due to this fact they are an interesting bacterial group, from both the technological and ecological point of view. AOB changeability and biodiversity analyses both in wastewater treatment plants and lab-scale reactors are performed on the basis of 16S rRNA gene sequences using PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) as a molecular biology tool. AOB researches are usually led with nested PCR. Because the application of nested PCR is laborious and time consuming, we have attempted to check the possibility of using only first PCR round to obtain DGGE fingerprinting of microbial communities. In this work we are comparing the nested and non-nested PCR-DGGE monitoring of an AOB community and presenting advantages and disadvantages of both methods used. The experiment revealed that PCR technique is a very sensitive tool for the amplification of even a minute amount of DNA sample. But in the case of nested-PCR, the sensitivity is higher and the template amount could be even smaller. The nested PCR-DGGE seems to be a better tool for AOB community monitoring and complexity research in activated sludge, despite shorter fragments of DNA amplification which seems to be a disadvantage in the case of bacteria identification. It is recommended that the sort of analysis approach should be chosen according to the aim of the study: nested-PCR-DGGE for community complexity analysis, while PCR-DGGE for identification of the dominant bacteria.
Nitiritacja – pierwszy etap nitryfikacji, jest uznawany za krok limitujący przebieg całości procesu utleniania amoniaku. Bakterie utleniające amoniak (ang. ammonia oxidizing bacteria, AOB), które prowadzą ten proces są stałymi mieszkańcami osadu czynnego – mieszaniny bakterii, Protozoa i Metazoa, wykorzystywanych do biologicznego oczyszczania ścieków. Z tego powodu są one interesujące zarówno z punktu widzenia technologii, jak i ekologii mikroorganizmów. Analizy zmienności i bioróżnorodności bakterii utleniających amoniak, zarówno w oczyszczalni ścieków, jak i w reaktorach w skali laboratoryjnej, są prowadzone w oparciu o sekwencje genu kodującego 16S rRNA z użyciem metody biologii molekularnej, jaką jest PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Analizy te są zazwyczaj prowadzone techniką tzw. nested-PCR. Ze względu na fakt, że metoda ta wymaga większego nakładu pracy i czasu, niż tradycyjny jednoetapowy PCR (ang. non-nested PCR) podjęto próbę sprawdzenia możliwości zastosowania techniki jednoetapowego PCR do uzyskania wzorów prążkowych DGGE bakterii utleniających amoniak. W tej pracy zaprezentowano wyniki analizy PCR-DGGE z użyciem technik nested i non-nested PCR oraz podjęto próbę wykazania ich wad i zalet.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 10.

Tytuł:: Filtry biologiczne jako metoda ochrony siewek przed patogenami w szkółkach leśnych
Slow Sand Filter as a method of protection forest plants against phytopathogens in forest nurseries
Autorzy:: Kubiak, K.
Oszako, T.
Tematy:: biofilmy
bakterie
oznaczanie
oczyszczanie wody
filtrowanie
filtry piaskowe
leśnictwo szkółki leśne
woda użytkowa
forest nursery
biofilm
Slowa Sand Filter SSF)
Phytophthora
DNA isolation
DGGE
PCR; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Leśne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/973901.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Slow sand filtration (SSF) is a low−cost method of water disinfestation that can be used as an alternative method of water irrigation treatment in nursery to control water−borne phytopathogens. Slow sand filtration relies on physical, chemical and biological activity in controlling plant pathogens. In a SSF, the filter bed is constructed of a medium−sand with the area which can be colonised by microorganisms – biofilm. This sand media also presents a physical barrier to fungal, bacterial and oomycetes plant pathogens. In the forest nursery Kiejsze an experimental slow sand filter was constructed to study the structure of a bacterial community suppressive to plant pathogens. The total bacterial community of an experimental SSF was analyzed by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of partial 16S rRNA gene PCR products. Sequence analysis of DGGE bands from the SSF column indicated that a range of bacteria were present, among them similar to groups such as alfa−Proteobacteria, delta−Proteobacteria, beta−Proteobacteria, Planctomycetes, Actinobacteria, Firmicutes, Bacilli and an uncharacterized environmental clone. This study describes the characterization of the microbial community of SSFs used for the treatment of irrigation water in the forest nursery. Using of natural SSF filters and manipulation of microorganisms in the biofilm may be a more reproducible control method of plant pathogens in the future.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "PCR-DGGE" wg kryterium: Temat