Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "RNA editing" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-9 z 9
    Tytuł:
    Potential protein activity modifications of amino acid variants in the human transcriptome
    Autorzy:
    Zyla, Joanna
    Bulman, Robert
    Badie, Christophe
    Bouffler, Simon
    Tematy:
    RNA editing
    amino acid variants
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1039132.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    Background: The occurrence of widespread RNA and DNA sequence differences in the human transcriptome was reported in 2011. Similar findings were described in a second independent publication on personal omics profiling investigating the occurrence of dynamic molecular and related medical phenotypes. The suggestion that the RNA sequence variation was likely to affect disease susceptibility prompted us to investigate with a range of algorithms the amino acid variants reported to be present in the identified peptides to determine if they might be disease-causing. Results: The predictive qualities of the different algorithms were first evaluated by using nonsynonymous single-base nucleotide polymorphism (nsSNP) datasets, using independently established data on amino acid variants in several proteins as well as data obtained by mutational mapping and modelling of binding sites in the human serotonin transporter protein (hSERT). Validation of the used predictive algorithms was at a 75% level. Using the same algorithms, we found that widespread RNA and DNA sequence differences were predicted to impair the function of the peptides in over 57% of cases. Conclusions: Our findings suggest that a proportion of edited RNAs which serve as templates for protein synthesis is likely to modify protein function, possibly as an adaptive survival mechanism in response to environmental modifications.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Editing of plant mitochondrial transfer RNAs
    Autorzy:
    Fey, Julien
    Weil, Jacques
    Tomita, K
    Cosset, Anne
    Dietrich, André
    Small, Ian
    Maréchal-Drouard, Laurence
    Tematy:
    tRNA
    pseudouridine
    plant mitochondria
    processing
    RNA editing
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1044127.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    Editing in plant mitochondria consists in C to U changes and mainly affects messenger RNAs, thus providing the correct genetic information for the biosynthesis of mitochondrial (mt) proteins. But editing can also affect some of the plant mt tRNAs encoded by the mt genome. In dicots, a C to U editing event corrects a C:A mismatch into a U:A base-pair in the acceptor stem of mt tRNAPhe (GAA). In larch mitochondria, three C to U editing events restore U:A base-pairs in the acceptor stem, D stem and anticodon stem, respectively, of mt tRNAHis (GUG). For both these mt tRNAs editing of the precursors is a prerequisite for their processing into mature tRNAs. In potato mt tRNACys (GCA), editing converts a C28:U42 mismatch in the anticodon stem into a U28:U42 non-canonical base-pair, and reverse transcriptase minisequencing has shown that the mature mt tRNACys is fully edited. In the bryophyte Marchantia polymorpha this U residue is encoded in the mt genome and evolutionary studies suggest that restoration of the U28 residue is necessary when it is not encoded in the gene. However, in vitro studies have shown that neither processing of the precursor nor aminoacylation of tRNACys requires C to U editing at this position. But sequencing of the purified mt tRNACys has shown that is present at position 28, indicating that C to U editing is a prerequisite for the subsequent isomerization of U into Ψ at position 28.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    The left-handed double helical nucleic acids.
    Autorzy:
    Brown, Bernard
    Rich, Alexander
    Tematy:
    Zα
    Z-RNA
    Z-DNA
    RNA editing
    hypermutation
    ADAR1
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1044114.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    The conversion of right-handed dsDNA and dsRNA to the left-handed Z-conformation involves a reorganization of the nucleotides relative to each other. This conversion can be facilitated by the tight binding of a Z-conformation-specific protein domain from the editing enzyme dsRNA adenosine deaminase. This may influence the modification of both pre-mRNAs as well as some replicating RNA viruses.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Differences in editing of mitochondrial nad3 transcripts from CMS and fertile carrots.
    Autorzy:
    Rurek, Michał
    Szklarczyk, Marek
    Adamczyk, Natalia
    Michalik, Barbara
    Augustyniak, Halina
    Tematy:
    cytoplasmic male sterility
    Daucus carota
    RNA editing
    nad3 gene
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1044099.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    A high level of the nucleotide sequence conservation was found for mitochondrial nad3 gene of carrot. Three silent nucleotide substitutions differentiate nad3 open reading frames from cytoplasmic male sterile and male fertile carrots. All these differences are preserved on the RNA level. Partial and silent editing also distinguished both carrots. Three of the C to U conversions were specific to the fertile line. In the two examined carrot lines editing did not affect the mode of alteration of encoded amino acids.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Regulatory mechanisms of gene expression: complexity with elements of deterministic chaos
    Autorzy:
    Jura, Jolanta
    Węgrzyn, Paulina
    Jura, Jacek
    Koj, Aleksander
    Tematy:
    linear and nonlinear responses
    somatic recombination
    biallelic expression
    alternative splicing
    epigenetics
    RNA editing
    monoallelic expression
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1041263.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    Linear models based on proportionality between variables have been commonly applied in biology and medicine but in many cases they do not describe correctly the complex relationships of living organisms and now are being replaced by nonlinear theories of deterministic chaos. Recent advances in molecular biology and genome sequencing may lead to a simplistic view that all life processes in a cell, or in the whole organism, are strictly and in a linear fashion controlled by genes. In reality, the existing phenotype arises from a complex interaction of the genome and various environmental factors. Regulation of gene expression in the animal organism occurs at the level of epigenetic DNA modification, RNA transcription, mRNA translation, and many additional alterations of nascent proteins. The process of transcription is highly complicated and includes hundreds of transcription factors, enhancers and silencers, as well as various species of low molecular mass RNAs. In addition, alternative splicing or mRNA editing can generate a family of polypeptides from a single gene. Rearrangement of coding DNA sequences during somatic recombination is the source of great variability in the structure of immunoglobulins and some other proteins. The process of rearrangement of immunoglobulin genes, or such phenomena as parental imprinting of some genes, appear to occur in a random fashion. Therefore, it seems that the mechanism of genetic information flow from DNA to mature proteins does not fit the category of linear relationship based on simple reductionism or hard determinism but would be probably better described by nonlinear models, such as deterministic chaos.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Badanie wpływu dopaminy na edycję RNA w mózgu Drosophila melanogaster
    Investigating Dopamine Dependence of RNA Editing in the Drosophila melanogaster Brain
    Autorzy:
    Kołtun, Michał
    Opis:
    RNA editing is a relatively new and less known type of RNA modification conserved across all metazoans, that alters primary sequence of RNA. The most prevalent adenosine to inosine RNA editing, mediated by enzymes from Adenosine Deaminases Acting on RNA (ADAR) family, is necessary for brain development and function. Altered RNA editing is associated with many neurodegenerative and mental disorders such as Alzheimer's disease, autism, major depressive disorder, and schizophrenia. The absence of dopamine, an important neurotransmitter, could potentially affect RNA editing in the central nervous system.To examine this possibility, I used genomic and RNA-Seq Illumina sequencing to identify sites differentially edited in the brain in the absence of dopamine, and a brain dopamine-deficient Drosophila model developed in our lab by Karol Cichewicz. My results show that the RNA editing pattern is consistent across all samples from a given genotype and moreover, that genetic background is one of the main factors modulating ADAR activity. Amongst 3273 previously described and 2298 de novo discovered RNA editing sites, 39 candidates show differential editing as a function of dopamine. Sanger sequencing eliminated the most of the candidates initially misidentified in RNA-Seq data due to polymorphisms or misalignment errors. I validated two sites with significant change associated with absence/presence of dopamine. One highly edited site in the absence of brain dopamine in the Calx coding region, and a highly edited site only in the dopamine proficient genotypes in the CG31140 intron. I was unable to confirm either change by pharmacological manipulation of dopamine levels. Moreover, further genetic studies indicate lack of correlation with dopamine presence on RNA editing suggesting the existence of an additional RNA editing regulatory element genetically tracking with a chromosome containing transgenes responsible for dopamine-deficiency.
    Edycja RNA jest stosunkowo nowym i słabo poznanym typem modyfikacji RNA, wpływającym na strukturę pierwszorzędową RNA. Najbardziej rozpowszechniony typ edycji RNA, występujący pośród wszystkich organizmów wielokomórkowych, to edycja adeniny do inozyny, zachodząca przy udziale enzymów z rodziny Adenosine Deaminases Acting on RNA (ADAR). Wykazano, że edycja RNA jest niezbędna dla prawidłowego rozwoju i funkcjonowania mózgu. Zmiany w edycji RNA zostały powiązane z wieloma zaburzeniami psychicznymi oraz chorobami neurodegeneracyjnymi takimi jak autyzm, depresja, schizofrenia oraz choroba Alzhaimera. Dopamina jest ważnym neuroprzekaźnikiem, a jej brak w mózgu, może potencjalnie wpływać na edycję RNA.By zbadać tą zależność, użyto porównawczego sekwencjonowania genomów oraz RNA-Seg Illumina do wykrycia potencjalnych zmiany we wzorze edycji RNA zależnych od dopaminy w mózgu Drosophila melanogaster. Wykorzystano przy tym nowy genotyp muchy, który nie syntetyzuje dopaminy w centralnym układzie nerwowym opracowany przez Karola Cichewicza. Otrzymane wyniki wykazały, że wzorzec edycji jest stały w obrębie jednego genotypu i co ważniejsze wykazano, że tło genetyczne jest jednym z ważniejszych czynników regulujących edycję RNA. Spośród 3273 opisanych wcześniej, oraz 2298 nowo odkrytych przeze mnie potencjalnych miejsc edycji RNA, 39 wykazało zmiany w edycji korelujące z poziomem dopaminy. Kontrolne sekwencjonowanie Sangera wyeliminowało jednak większość z kandydatów, wykrywając mutacje, polimorfizmy oraz błędy w mapowaniu sekwencji w miejscach wcześniej wykrytej różnicowej edycji RNA. Potwierdzono dwa miejsca różnicowej edycji RNA odpowiadające na obecność dopaminy w mózgu. Miejsce edycji w obszarze kodującym gen Calx wykazywało wysoki poziom edycji przy braku dopaminy, a miejsce edycji RNA w intronie CG34110 było częściej edytowane w genotypach z normalnym poziomem dopaminy w mózgu. Obserwacje te nie zostały potwierdzone przez farmakologiczne zmiany poziomu dopaminy w mózgu much. Ponadto dalsze badania genetyczne sugerują brak powiązania pomiędzy poziomem dopaminy a edycją RNA, wskazując na obecność dodatkowego czynnika regulującego, powiązanego genetycznie z chromosomem zawierającym transgeny odpowiedzialne za brak dopaminy w centralnym układzie nerwowym.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Inne
    Tytuł:
    Inżynieria genetyczna : wybrane aspekty etyczne biotechnologii medycznej
    Genetic engineering : selected ethical aspects of medical biotechnology
    Autorzy:
    Dulak, Józef
    Współwytwórcy:
    Pałka, Ewa
    Opis:
    Definicja pojęcia: Inżynieria genetyczna to wykorzystanie technik biologii molekularnej do świadomej i celowej, bezpośredniej ingerencji w materiale genetycznym organizmów lub wirusów. Analiza historyczna pojęcia: Początek inżynierii genetycznej to uzyskanie zmodyfikowanych bakterii produkujących ludzką insulinę. Rozwój zastosowań biologii molekularnej umożliwił opracowanie wielu leków biologicznych, w tym wprowadzenie terapii genowej, uzyskanie zmodyfikowanych genetycznie organizmów roślinnych i zwierzęcych. Ujęcie problemowe pojęcia: Zastosowania inżynierii genetycznej są niezwykle szerokie i obejmują liczne obszary ludzkiej aktywności, w tym w szczególności produkcję żywności, ochronę zdrowia, przemysł farmaceutyczny. W rozdziale najwięcej uwagi poświęcono możliwościom inżynierii genetycznej w biotechnologii medycznej. Rozważania dotyczą zastosowań diagnostycznych, szczepionek, terapii chorób oraz możliwości i ryzyk związanych z nowoczesnymi technikami edycji genów. Refleksja systematyczna z wnioskami i -rekomendacjami: Osiągnięcia nauki, w tym inżynieria genetyczna, mogą i powinny być wykorzystywane dla dobra ludzi. Bez wątpienia istnieją badania i zastosowania wzbudzające dyskusję, ale standardy etyczne nie powinny być tworzone na podstawie przesłanek ideologicznych. Dopuszczalność badań naukowych i zastosowań powinna wynikać z merytorycznej wiedzy z zakresu biologii molekularnej, genetyki i medycyny, ze szczególnym uwzględnieniem bezpieczeństwa pacjentów. Zastrzeżenia natury religijnej nie mogą decydować o rozwoju badań naukowych.
    Definition of the term: Genetic engineering involves the use of molecular biology techniques to deliberately and directly modify the genetic material of organisms or viruses. Historical analysis of the term: Genetic engineering originated with the development of genetically modified bacteria capable of producing human insulin. Progress in molecular biology has subsequently enabled the creation of numerous biological medicines, the introduction of gene therapy, and the development of genetically modified plant and animal organisms. Discussion of the term: The applications of genetic engineering are extensive, spanning numerous sectors of human activity, particularly food production, healthcare, and the pharmaceutical industry. This section focuses primarily on the applications of genetic engineering in medical biotechnology, examining its diagnostic uses, vaccine development, disease therapies, and the opportunities and risks associated with modern gene-editing techniques. Systematic reflection with conclusions and recommendations: Scientific advances, including genetic engineering, can and should be used for the benefit of humanity. While certain areas of research and application inevitably raise concerns, ethical standards should not be established on the basis of ideological assumptions. The permissibility of scientific research and its applications should be determined on the basis of sound knowledge in molecular biology, genetics, and medicine, with a strong emphasis on patient safety. Religious objections should not dictate the direction of scientific research.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Inne
    Tytuł:
    Inżynieria genetyczna : wybrane aspekty etyczne biotechnologii medycznej
    Genetic engineering : selected ethical aspects of medical biotechnology
    Autorzy:
    Dulak, Józef
    Opis:
    Definition of the term: Genetic engineering involves the use of molecular biology techniques to deliberately and directly modify the genetic material of organisms or viruses. Historical analysis of the term: Genetic engineering originated with the development of genetically modified bacteria capable of producing human insulin. Progress in molecular biology has subsequently enabled the creation of numerous biological medicines, the introduction of gene therapy, and the development of genetically modified plant and animal organisms. Discussion of the term: The applications of genetic engineering are extensive, spanning numerous sectors of human activity, particularly food production, healthcare, and the pharmaceutical industry. This section focuses primarily on the applications of genetic engineering in medical biotechnology, examining its diagnostic uses, vaccine development, disease therapies, and the opportunities and risks associated with modern gene-editing techniques. Systematic reflection with conclusions and recommendations: Scientific advances, including genetic engineering, can and should be used for the benefit of humanity. While certain areas of research and application inevitably raise concerns, ethical standards should not be established on the basis of ideological assumptions. The permissibility of scientific research and its applications should be determined on the basis of sound knowledge in molecular biology, genetics, and medicine, with a strong emphasis on patient safety. Religious objections should not dictate the direction of scientific research.
    Definicja pojęcia: Inżynieria genetyczna to wykorzystanie technik biologii molekularnej do świadomej i celowej, bezpośredniej ingerencji w materiale genetycznym organizmów lub wirusów. Analiza historyczna pojęcia: Początek inżynierii genetycznej to uzyskanie zmodyfikowanych bakterii produkujących ludzką insulinę. Rozwój zastosowań biologii molekularnej umożliwił opracowanie wielu leków biologicznych, w tym wprowadzenie terapii genowej, uzyskanie zmodyfikowanych genetycznie organizmów roślinnych i zwierzęcych. Ujęcie problemowe pojęcia: Zastosowania inżynierii genetycznej są niezwykle szerokie i obejmują liczne obszary ludzkiej aktywności, w tym w szczególności produkcję żywności, ochronę zdrowia, przemysł farmaceutyczny. W rozdziale najwięcej uwagi poświęcono możliwościom inżynierii genetycznej w biotechnologii medycznej. Rozważania dotyczą zastosowań diagnostycznych, szczepionek, terapii chorób oraz możliwości i ryzyk związanych z nowoczesnymi technikami edycji genów. Refleksja systematyczna z wnioskami i -rekomendacjami: Osiągnięcia nauki, w tym inżynieria genetyczna, mogą i powinny być wykorzystywane dla dobra ludzi. Bez wątpienia istnieją badania i zastosowania wzbudzające dyskusję, ale standardy etyczne nie powinny być tworzone na podstawie przesłanek ideologicznych. Dopuszczalność badań naukowych i zastosowań powinna wynikać z merytorycznej wiedzy z zakresu biologii molekularnej, genetyki i medycyny, ze szczególnym uwzględnieniem bezpieczeństwa pacjentów. Zastrzeżenia natury religijnej nie mogą decydować o rozwoju badań naukowych.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-9 z 9

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies