Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "RNA-Seq" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-10 z 32
Tytuł:
RNA-Seq-based analysis of differential gene expression associated with hepatitis C virus infection in a cell culture
Autorzy:
Hojka-Osinska, Anna
Budzko, Lucyna
Zmienko, Agnieszka
Rybarczyk, Agnieszka
Maillard, Patrick
Budkowska, Agata
Figlerowicz, Marek
Jackowiak, Paulina
Tematy:
RNA-Seq
HCV
transcriptome
Pokaż więcej
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1038741.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
Hepatitis C virus (HCV) infection is one of the major causes of chronic liver diseases. Unfortunately, the mechanisms of HCV infection-induced liver injury and host-virus interactions are still not well recognized. To better understand these processes we determined the changes in the host gene expression that occur during HCV infection of Huh-7.5 cells. As a result, we identified genes that may contribute to the immune and metabolic cellular responses to infection. Pathway enrichment analysis indicated that HCV induced an increased expression of genes involved in mitogen-activated protein kinases signaling, adipocytokine signaling, cell cycle and nitrogen metabolism. In addition, the enrichment analyses of processes and molecular functions revealed that the up-regulated genes were mainly implicated in the negative regulation of phosphorylation. Construction of the pathway-gene-process network enabled exploration of a much more complex landscape of molecular interactions. Consequently, several essential processes altered by HCV infection were identified: negative regulation of cell cycle, response to endoplasmic reticulum stress, response to reactive oxygen species, toll-like receptor signaling and pattern recognition receptor signaling. The analyses of genes whose expression was decreased upon HCV infection showed that the latter were engaged in the metabolism of lipids and amino acids. Moreover, we observed disturbance in the cellular antiviral defense. Altogether, our results demonstrated that HCV infection elicits host response that includes a very wide range of cellular mechanisms. Our findings significantly broaden the understanding of complex processes that accompany HCV infection. Consequently, they may be used for developing new host-oriented therapeutic strategies.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A transcriptome investigations by using next-generation sequencing methods.
Badania transkryptomów przy użyciu nowoczesnych technik sekwencjonowania wielkoskalowego.
Autorzy:
Kurczab, Mariola
Opis:
Abstract:A transcriptome is a set of whole RNA present in a living cell or in a group of cells. Themost important fraction of the cell’s RNA is mRNA, which is a product of transcription and isused as a template in translation. Transcriptomics is the field of genetics which usestranscriptomes to investigate gene expression. Sequencing methods are the key techniquesused in such studies, allowing the discovery of amino-acid sequences of mRNA moleculespresent in the cells or tissues. Since mRNA molecules are highly unstable, the first phase oftranscriptome seqencing usually is the synthesis of cDNA (DNA complementary to mRNA)in the process of reverse transcription. cDNA is then sequenced in the same way as normalDNA. Sanger’s method of chain termination sequencing was the first one and is still used inlaboratories worldwide. Currently, much more efficient next-generation sequencing methodsare available. The most frequently used are: 454 pyrosequencing (Roche), SOLiD (AppliedBiosystems) and Solexa (Illumina). The sequence of interest is analyzed by specializedcomputers during specific chemical reaction, which are run in sequencing machines. Theresult of the sequencing are reads of the length depending on the method used (35 – 700 bp).This set of reads has to be assembled into the consensus sequences representing mostprobable sequences of longer DNA molecules. Special programs based on specific algorithmsare used for this purpose. A set of reads is assembled into contigs and the set of contigs givesthe sequence of interests. The approach based on next-generation sequencing and usingassemblers for data analysis is called RNA-Seq. It has become a method of choice forgenetics, transcriptomics and the other sciences investigating gene expression.
Streszczenie:Transkryptom to zestaw wszystkich rodzajów RNA obecnych w komórce. Najważniejsząfrakcją komórkowego RNA jest mRNA, które jest produktem transkrypcji i służy jakomatryca w procesie translacji. Transkryptomika to dziedzina nauki wykorzystującatranskryptomy do badań naukowych nad ekspresją genów w komórce. Jest kilka metodbadania transkryptomów, jednak najbardziej popularnym sposobem ich analizy jestsekwencjonowanie. Ponieważ używane obecnie metody służą do sekwencjonowania DNA,aby możliwe było odczytanie sekwencji mRNA niezbędne jest przepisanie go na cDNA wprocesie odwrotnej transkrypcji. Historycznie pierwszą metodą było sangerowskiesekwencjonowanie metodą terminacji łańcucha, która wciąż wykorzystywana jest wlaboratoriach. Obecnie dostępne są też nowoczesne metody sekwencjonowaniawielkoskalowego. Najczęściej wykorzystywane są: pirosekwencjonowanie 454 (Roche),SOLiD (Applied Biosystems) i Solexa (Illumina). Badana sekwencja jest odczytywana przezaparaturę w trakcie przeprowadzania specyficznych dla każdej z platform reakcjichemicznych. Produktem sekwencjonowania jest pula odczytów (o długości 35 – 700 pz wzależności od stosowanej metody). Te odczyty muszą zostać odpowiednio złożone, abymożna było rozszyfrować sekwencję badanego transkryptomu. Składanie przeprowadzane jestprzez specjalne programy oparte na specyficznych algorytmach. Zestaw odczytów składanyjest w kontigi, a zespół kontigów przedstawia badaną sekwencję. Metoda oparta nasekwencjonowaniu wielkoskalowym i assembler-ach to tak zwane RNA-Seq, obecniewykorzystywane w genetyce, transkryptomice i w innych dziedzinach nauki do badaniaekspresji genów w komórce.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Wpływ stężenia tlenu na różnicową ekspresję genów w ludzkich indukowanych pluripotencjalnych komórkach macierzystych oraz wydzielanych przez nie pęcherzykach zewnątrzkomórkowych
Influence of oxygen concentration on the differential gene expression in human induced pluripotent stem cells and their extracellular vesicles
Autorzy:
Turek, Szymon
Opis:
Stem cells, due to their ability to self-renew and differentiate into different cell types, constitute a subject of numerous studies. Due to ethical concerns related to the use of human embryonic stem cells, mainly induced pluripotent stem cells (iPSCs) are used for this purpose. iPSCs secrete extracellular vesicles (EVs), which contain bioactive components and through which intercellular communication occurs.The conditions under which cell culture is conducted can induce differences in gene expression. One of the methods used to measure gene expression is high throughput sequencing technology. The analysis conducted in this study was based on RNA-seq data. The aim of this work was to investigate the difference in gene expression of 3 hiPSC lines (C7, G, TC) and the EVs they secrete from different oxygen conditions in culture (hypoxia: 5% and 3% O2 and normoxia: 21% O2). The following sequencing read mapping software was used to perform the analysis: Salmon, Kallisto, Subread, and the following programs to determine differential gene expression: limma, edgeR, DESEQ2. An additional objective was to test the differences in the results obtained with regard to the programs used and the cell lines analyzed.The lists of genes with the greatest difference in expression between the tested conditions, obtained in the differential gene expression analysis, varied according to the comparison tested. To eliminate differences between the analyzed cell lines, the meangene expression was examined. The obtained list of DE genes varied depending on the DGE programs used and the transcript mapping method. Comparisons of the analysis variants were tabulated and common genes were presented by Venn diagrams. Within EVs, a significant number of identified DE genes were RNA-encoding genes rather than protein-encoding genes. Common genes found in EVs and hiPSCs with increased expression under reduced oxygen conditions, compared to normoxia were: LDHA, BNIP3, SLC2A1, PGK1.
Komórki macierzyste ze względu na zdolność do samoodnowy i różnicowania w różne typy komórek stanowią obiekt wielu badań. Z powodu wątpliwości etycznych, dotyczących wykorzystania komórek embrionalnych, wykorzystywane są w tym celu głównie indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste (iPSC). iPSC wydzielają pęcherzyki zewnątrzkomórkowe (EVs), zawierające bioaktywne składniki, za pośrednictwem których zachodzi komunikacja międzykomórkowa.Warunki w jakich prowadzona jest hodowla komórkowa, mogą wywoływać różnice w ekspresji genów. Jedną z metod służących do mierzenia ekspresji genów jest technologia wysokoprzpustowego sekwencjonowania. Przeprowadzona w pracy analiza dotyczyła danych pochodzących z sekwencjonowania RNA-seq. Jej celem było zbadanie różnicy w ekspresji genów 3 linii hiPSC (C7, G, TC) oraz wydzielanych przez nie EVs, pochodzących z różnych warunków stężenia tlenu w hodowli (hipoksja: 5% i 3% O2 oraz normoksja: 21% O2). Do wykonania analizy użyto następujących programów do mapowania odczytów sekwencjonowania: Salmon, Kallisto, Subread oraz następujących programów do określania różnicowej ekspresji genów: limma, edgeR, DESEQ2. Jako dodatkowy cel, ustalono sprawdzenie różnic w uzyskanych rezultatach wynikających z zastosowanych programów oraz analizowanych linii komórkowych.Listy genów z największą różnicą w ekspresji pomiędzy testowanymi warunkami, uzyskane w analizie różnicowej ekspresji genów, różniły się w zależności od badanego porównania. W celu wyeliminowania różnic pomiędzy analizowanymi liniami komórkowymi, zbadano uśrednioną ekspresję genów. Znalezione listy genów DE dodatkowo różniły się w zależności od zastosowanych programów do DGE oraz metody mapowania transkryptów. Porównanie wariantów analizy zestawiono w tabelach a wspólne geny przedstawione zostały za pomocą diagramów Venna. W obrębie EVs znaczna liczba znalezionych genów DE stanowiła geny kodujące RNA, a nie białka. Znalezione wspólne geny o podwyższonej ekspresji w warunkach obniżonego stężenia tlenu, w porównaniu do normoksji dla EVs i hiPSC stanowiły: LDHA, BNIP3, SLC2A1, PGK1.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Ecological history shapes transcriptome variation in quiescent Saccharomyces cerevisiae
Autorzy:
Marek, Agnieszka
Włoch-Salamon, Dominika
Tomala, Katarzyna
Opis:
Quiescence is a pivotal state for all living organisms and cells. However, recent research indicates a lack of uniformity among quiescent cells. That is, even if the primary feature of quiescence - the ability to restart divisions - is maintained, quiescent cells within populations exhibit variation in their cellular architecture and characteristics. While it is known that the process of entry into quiescence is influenced by a combination of nutrient starvation and temporal factors, the underlying mechanisms remain to be fully elucidated. In this study, we compare the transcriptomes of known homogenous fractions of dense quiescent yeast isolated from populations of different ecological histories. These populations have undergone experimental enrichment of certain types of quiescent cells during cycles of growth and starvation for 300 generations. Transcriptome analysis revealed discrepancies in terms of characteristics associated mainly with energy turnover processes, biosynthesis, and cell wall maintenance. The results of this study suggest that quiescent cells possess the capacity to adapt their transcriptome activity in accordance with their evolutionary history.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Artykuł
Tytuł:
Identification of candidate genes responsible for chasmogamy in wheat
Autorzy:
Rakoczy‑Trojanowska, Monika
Szeliga, Magdalena
Bakera, Beata
Święcicka, Magdalena
Tyrka, Mirosław
Opis:
Background The flowering biology of wheat plants favours self-pollination which causes obstacles in wheat hybrid breeding. Wheat flowers can be divided into two groups, the first one is characterized by flowering and pollination within closed flowers (cleistogamy), while the second one possesses the ability to open flowers during processes mentioned above (chasmogamy). The swelling of lodicules is involved in the flowering of cereals and among others their morphology, calcium and potassium content differentiate between cleistogamic and non-cleistogamous flowers. A better understanding of the chasmogamy mechanism can lead to the development of tools for selection of plants with the desired outcrossing rate. To learn more, the sequencing of transcriptomes (RNA-Seq) and Representational Difference Analysis products (RDA-Seq) were performed to investigate the global transcriptomes of wheat lodicules in two highly chasmogamous (HCH, Piko and Poezja) and two low chasmogamous (LCH, Euforia and KWS Dacanto) varieties at two developmental stages—pre-flowering and early flowering. Results The differentially expressed genes were enriched in five, main pathways: “metabolism”, “organismal systems”, “genetic information processing”, “cellular processes” and “environmental information processing”, respectively. Important genes with opposite patterns of regulation between the HCH and LCH lines have been associated with the lodicule development i.e. expression levels of MADS16 and MADS58 genes may be responsible for quantitative differences in chasmogamy level in wheat. Conclusions We conclude that the results provide a new insight into lodicules involvement in the wheat flowering process. This study generated important genomic information to support the exploitation of the chasmogamy in wheat hybrid breeding programs.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Artykuł
Tytuł:
Alkaloid production and response to natural adverse conditions in Peganum harmala: in silico transcriptome analyses
Autorzy:
Jazayeri, Seyed Mehdi
Pooralinaghi, Mahtab
Torres-Navarrete, Yenny
Oviedo-Bayas, Byron
Espinoza Guerra, Italo
Herrera Jacome, Dario
Quinaluisa Morán, César
Salas Macias, Carlos
Montes Escobar, Karime
Ghafoor, Seyed Mohammad Hossein Ale Seyed
Veiskarami, Gholamhasan
Jandaghi, Pouria
Villamar Torres, Ronald Oswaldo
Tematy:
SSR
model plant
transcription factor
RNA-Seq
halophyte
Pokaż więcej
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czasopisma i Monografie PAN
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/16648150.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
Peganum harmala is a valuable wild plant that grows and survives under adverse conditions and produces pharmaceutical alkaloid metabolites. Using different assemblers to develop a transcriptome improves the quality of assembled transcriptome. In this study, a concrete and accurate method for detecting stress-responsive transcripts by comparing stress-related gene ontology (GO) terms and public domains was designed. An integrated transcriptome for P. harmala including 42 656 coding sequences was created by merging de novo assembled transcriptomes. Around 35 000 transcripts were annotated with more than 90% resemblance to three closely related species of Citrus, which confirmed the robustness of the assembled transcriptome; 4853 stress responsive transcripts were identified. CYP82 involved in alkaloid biosynthesis showed a higher number of transcripts in P. harmala than in other plants, indicating its diverse alkaloid biosynthesis attributes. Transcription factors (TFs) and regulatory elements with 3887 transcripts comprised 9% of the transcriptome. Among the TFs of the integrated transcriptome, cystein2/histidine2 (C2H2) and WD40 repeat families were the most abundant. The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) MAPK (mitogen-activated protein kinase) signaling map and the plant hormone signal transduction map showed the highest assigned genes to these pathways, suggesting their potential stress resistance. The P. harmala whole-transcriptome survey provides important resources and paves the way for functional and comparative genomic studies on this plant to discover stress-tolerance-related markers and response mechanisms in stress physiology, phytochemistry, ecology, biodiversity, and evolution. P. harmala can be a potential model for studying adverse environmental cues and metabolite biosynthesis and a major source for the production of various alkaloids.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Wyświetlanie 1-10 z 32

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies