Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "alternative splicing" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-10 z 17
Tytuł:
Identyfikacja sekwencji i struktur białek powstałych w procesie alternatywnego splicingu
Identification of protein sequences and structures generated in the process of alternative splicing
Autorzy:
Dziura, Ewelina
Opis:
The following thesis introduces the question of gene expression, in particular posttranscriptional process of alternative splicing. This paper supplements BioApp application created to simplify isoform search, comparison of protein sequences and identification of protein 3D structures.In the beginning chapters the process of genetic information expression is described in detail. Those chapters also contain classification of bioinformatic databases and detailed description of the ones relevant to the matter of this work. The next chapter contains description of Blast - the application used to identify similarities between protein sequences. Types of Blast , input data formats and algorithms are described. Further chapters are dedicated to description of BioApp application created for this thesis. Technical details of implementation and user documentation are described there as well as the functional tests and their results.
Niniejsza praca przybliża zagadnienie ekspresji genów a w szczególności proces alternatywnego składania RNA zachodzący podczas obróbki posttranskrypcyjnej i powstających w jego wyniku białkach. Opracowanie jest uzupełnieniem stworzonej aplikacji komputerowej, realizującej wyszukiwanie isoform, określanie podobieństwa sekwencji oraz identyfikacje sekwencji i struktur białek.W początkowych rozdziałach zawarto opis procesu ekspresji informacji genetycznej, począwszy od budowy i funkcji jego składowych a skończywszy na procesach w nim zachodzących. Następnie przedstawiono klasyfikacje bioinformatycznych baz danych i scharakteryzowano wybrane z nich. W kolejnym rozdziale omówiono narzędzie służące do badania podobieństwa sekwencji – Blast, jego rodzaje, akceptowane dane wejściowe oraz algorytm działania. Dalsze rozdziały zostały poświęcone charakterystyce aplikacji opracowanej w ramach niniejszej pracy. Omówiono w nich algorytm działania aplikacji oraz jego implementacje, dokumentację techniczną oraz użytkownika a także wyniki i analizę testów aplikacji.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Developing applications for the identification of genes undergoing alternatively splicing exons, and visualization of the structures of their products
Opracowanie aplikacji do identyfikacji genów ulegajacych alternatywnemu składaniu oraz wizualizacja eksonów w strukturach ich produktów
Autorzy:
Chandij, Piotr
Opis:
The aim of this dissertation was to create an application which would be able to store and update a database of human genes and their products, which are produced in alternative splicing process. For this purpose two major modules ware designed. The first is responsible for collecting and updates input data that are coming from existing bioinformatics databases and performs calculations automatically. The second one is based on obtained results provide an interface that allows to search for results.The application and database ware designed in such that a variable number of results were constantly available to users with the most current results.
Celem pracy magisterskiej było stworzenie aplikacji, która będzie w stanie zmagazynować i aktualizować bazę danych ludzkich genów oraz ich produktów, które powstają w procesie alternatywnego składania. Do tego celu zostały stworzone dwa moduły główne. Pierwszy z nich odpowiedzialny jest za zbieranie i aktualizacje danych wejściowych z istniejących już baz bioinformatycznych oraz przeprowadzanie obliczeń w sposób automatyczny. Drugi bazując na uzyskanych rezultatach, dostarcza interfejs, dzięki któremu można przeszukiwać uzyskane rezultaty.Aplikacja oraz baza danych zostały zaprojektowane w taki sposób, aby zmienna ilość wyników była nieustannie dostępna dla użytkowników z najbardziej aktualnymi rezultatami.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Analiza ekspresji nowoodkrytego wariantu transkrypcyjnego mysiej chemeryny
Analysis of the expression of the novel murine chemerin transcriptional variant
Autorzy:
Skulimowska, Izabella
Opis:
Chemerin is an adipokine produced as a product of the TIG2 gene expression which is involved in various processes taking place in the body. Its expression occurs mainly in adipose tissue, where it is responsible for, among others, the process of fat cell maturation. It has been shown to have both pro and anti-inflammatory properties. Chemerin promotes the development of inflammation by participating in the recruitment of immune cells to the site of inflammation. In addition, it has been shown to induce angiogenesis and affect the metabolism of glucose in adipose tissue.Regulation of gene expression can take place at many levels ranging from DNA levels, through transcription and related mRNA modifications, to the tertiary structure of the protein. One of the processes involved in controlling gene expression is alternative splicing. To date, three different transcriptional variants have been discovered in the study of murine chemerin. Recent research conducted in the Department of Immunology at the Faculty of Biochemistry, Biophysics and Biotechnology of the Jagiellonian University revealed the existence of another splicing variant of murine chemerin called chemerin-9.In this work, the expression profile of chemerin-9 was analyzed in various mouse organs and tissues, and it was examined how this expression changes under the influence of various external factors.The obtained results indicate that the expression of chemerin-9 occurs in all organs examined, but at a very low level. Its level changes under the influence of the stimulants used in a similar way as the expression of the basic variant of mouse chemerin.
Chemeryna jest adipokiną powstającą jako produkt ekspresji genu TIG2 zaangażowaną w wiele procesów zachodzących w organizmie. Jej ekspresja zachodzi głównie w tkance tłuszczowej, gdzie odpowiada między innymi za proces dojrzewania komórek tłuszczowych. Wykazano, iż posiada ona właściwości zarówno pro, jak i przeciwzapalne. Chemeryna przyspiesza rozwój stanu zapalnego poprzez udział w rekrutacji komórek układu odpornościowego do miejsca zapalenia. Ponadto wykazano iż indukuje proces angiogenezy oraz wpływa na metabolizm glukozy w obrębie tkanki tłuszczowej.Regulacja ekspresji genów może zachodzić na wielu poziomach, począwszy od poziomu DNA, poprzez transkrypcję i związaną z nią modyfikacje mRNA, a skończywszy na strukturze trzeciorzędowej białka. Jednym z procesów biorących udział w kontroli ekspresji genów jest alternatywny splicing. Dotychczas, podczas badań nad mysią chemeryną, odkryto trzy różne warianty transkrypcyjne. Ostatnie badania prowadzone w Zakładzie Immunologii na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego ujawniły istnienie kolejnego wariantu splicingowego mysiej chemeryny nazwanego chemeryną-9.W niniejszej pracy poddano analizie profil ekspresyjny chemeryny-9 w różnych mysich organach i tkankach, a także zbadano jak ta ekspresja zmienia się pod wpływem różnych czynników zewnętrznych. Uzyskane wyniki wskazują na to, że ekspresja chemeryny-9 zachodzi we wszystkich badanych narządach, jednak na bardzo niskim poziomie. Jej poziom zmienia się pod wpływem zastosowanych stymulantów w podobny sposób jak ekspresja podstawowego wariantu transkrypcyjnego mysiej chemeryny.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Alternative transcript forms of MCPIP1
Alternatywne formy transkrypcji MCPIP1
Autorzy:
Pagacz, Joanna
Opis:
MCPIP1 is a 66 kDa multidomain protein, which acts as a negative regulatorof inflammation. It was reported to degrade various mRNA of pro-inflammatorycytokines, miRNA, viral RNA and its own transcript. The RNase activity of MCPIP1is located in PIN domain, whereas UBA domain enables it to interact with TRAFsproteins. MCPIP1 was reported to act as a mediator between TRAFs and UPF-1deubiquitinase, thereby disturbing the activation of the main pro-inflammatory signalingpathways: NFκB and AP-1. The current work has identified the shorter, alternativetranscript variant of MCPIP1 that lacks PIN domain. Furthermore this variantwas detectable on a protein level by western blot. The level of this alternative splicingform increased after stimulation with TNFα of the both cancerous and non-cancerouscell lines. We postulate that the production of the shorter, inactive proteinis an additional way of the inflammatory state regulation. The increased level of inactiveMCPIP1 would be beneficial for the cancerous transformation. Contrary to resultsobtained on cell lines, the alternative splicing form was not detectable in cDNA fromtissue-derived RNA of patients with different stages of ccRCC (clear cell renal cellcarcinoma) cancer. The negative result of this experiment is not the final evidence of thelack of the alternative form in the neoplastic tissue. More sensitive methods of transcriptdetection need to be employed in order to determine the presence of the alternativeMCPIP1 form in tissue samples.
MCPIP1 jest 66 kDa białkiem o budowie domenowej, pełniącym w organizmie funkcjenegatywnego regulatora stanu zapalnego. Dzięki obecności domeny PIN,posiada aktywność RNazy i może prowadzić do degradacji nie tylko transkryptówcytokin prozapalnych, ale także wiele mi-RNA, RNA pochodzenia wirusowego, a nawetswój własny mRNA. Obecność domeny UBA umożliwia oddziaływanie z białkamiz rodziny TRAF. MCPIP1 poprzez sciąganie deubikwitynazy UPF-1, doprowadzado dezaktywacji TRAF, przerywając w ten sposób transdukcje sygnału głównychszlaków prozapalnych: NFΚB i AP-1. W niniejszej pracy zidentyfikowano krótszą,niż standardowa formę transkrypcji MCPIP1, pozbawioną domeny PIN.Forma alternatywna była zarówno obecna na poziomie RNA, jak i na poziomie białka,w liniach nowotworowych i nienowotworowych. Jej ilość zwiększała się pod wpływemstymulacji TNFα. Postuluje się, że powstawanie krótszej, pozbawionej aktywnościRNazowej formy MCPIP1 mogłoby być dodatkowym sposobem regulacji stanuzapalnego. Według hipotezy, produkcja niefunkcjonalnego białka MCPIP1,byłaby korzystna dla utrzymania chronicznego stanu zapalnego w środowisku guza,co sprzyjałoby transformacji nowotworowej. Niestety alternatywna forma transkryptunie została zidentyfikowana w produktach reakcji PCR na matrycy cDNA pozyskanegoz RNA pochodzenia tkankowego, od pacjentów będących w różnym stadium ccRCC(ang. clear cell renal cell carcinoma – rak jasnokomórkowy nerki). Negatywny wynikdoświadczenia, nie jest jednoznacznym dowodem braku alternatywnych form w tkanceneoplastycznej. Aby ostatecznie potwierdzić obecność, lub brak produktówalternatywnego składania mRNA należałoby przeprowadzić analizę z wykorzystaniemczulszych metod typu Northern Blot.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Alternative splicing is not a key source of chemerin isoforms diversity
Autorzy:
Kwiecień, Kamila
Cichy, Joanna
Kwitniewski, Mateusz
Brzoza, Piotr
Majewski, Paweł
Skulimowska, Izabella
Godlewska, Urszula
Bak, Maciej
Opis:
Chemerin is a chemoattractant protein with adipokine and antimicrobial properties encoded by the retinoic acid receptor responder 2 (RARRES2) gene. Chemerin bioactivity largely depends on carboxyl-terminal proteolytic processing that generates chemerin isoforms with different chemotactic, regulatory, and antimicrobial potentials. While these mechanisms are relatively well known, the role of alternative splicing in generating isoform diversity remains obscure.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Artykuł
Tytuł:
Analysis of the relation between Adam22 gene alternative splicing and spermatogenesis in mice
Analiza związku alternatywnego składania eksonów genu Adam22 i spermatogenezy u myszy.
Autorzy:
Kubicka, Liwia
Opis:
Nowadays, infertility is faced by an increasing percentage of couples trying to have children, which makes it to be classified as a social problem. In more than 50% of cases, the reason for an inability to have children lie with the male side. The diagnostic basis is usually a medical interview followed by a general examination and semen analysis. The most common causes of infertility are chronic urological and various systemic diseases, the impact of an unhealthy lifestyle on semen quality but also genetic disorders, which are less often specified. Infertility, the causes of which are not specified, is called idiopathic. The most common factor for fertility is a correct course of spermatogenesis, a truly complex process regulated by numerous specific genes, allowing spermatozoa to form and develop. In order to characterise other genes that may affect the problem of infertility, studies are carried out on mutated mice through the use of the gene knockout technique. Thanks to multiple uses of the knockout, researchers from the University of Göttingen were able to form six mice lines, wherein in each successive line, one subsequent gene, characteristic for male reproductive cells, was excluded. After comparing nucleus expression in fertile males from quintuple knockout, a total of 55 genes have been specified based on the expression alteration. Those are potentially involved in processes taking place in male reproductive cells. One of those is Adam22. The ADAM genes family encodes a diversified group of transmembrane proteins participating in a series of mechanisms, one of which is spermatogenesis. In subsequent studies, there were found differences in the size of Adam22 transcriptomes and the mass of Adam22 proteins obtained in the cerebrum and testis, which may indicate the occurrence of alternative splicing in this gene. Alternative splicing is a mechanism whose effects on spermatogenesis are currently extensively studied because not all its processes have been deciphered so far. This process is suspected to be at the root of many cases of idiopathic male infertility. Therefore, the aim of this study was to characterise and analyse the testicular-specific Adam22 transcripts in the gonad of male mice.
Z niepłodnością, w dzisiejszych czasach, boryka się coraz większy odsetek par starających się o potomstwo, dlatego zjawisko to definiuje się jako problem społeczny. W ponad 50% przypadków przyczyny niemożności posiadania dzieci leżą po stronie mężczyzn. Podstawą diagnostyki jest zazwyczaj wywiad lekarski oraz badanie ogólne pacjenta, a także jakości nasienia. Najczęściej definiowanymi przyczynami niepłodności są przewlekłe choroby urologiczne i ogólnoustrojowe, wpływ złego stylu życia na jakość nasienia, ale podstawią wielu przypadków są również przypadłości warunkowane genetycznie, te rzadziej zostają sprecyzowane. Niepłodność, której przyczyny nie zostaną określone nazywa się idiopatyczną. Najważniejszą kwestią warunkującą płodność, jest prawidłowy przebieg spermatogenezy, która jest niezwykle skomplikowanym procesem, regulowanym przez wiele specyficznych genów i pozwalającym na powstanie oraz rozwój plemników. Aby scharakteryzować kolejne geny mogące wpływać na problem niepłodności prowadzone są badania na myszach zmutowanych dzięki zastosowaniu techniki nokautu genowego. Dzięki wykorzystaniu wielokrotnego nokautu naukowcom z Uniwersytetu w Getyndze udało się stworzyć 6 linii myszy, gdzie w każdej kolejnej linii wyłączano o jeden, charakterystyczny dla męskich komórek rozrodczych, gen więcej. Po porównaniu jądrowej ekspresji u płodnych samców z linii pięciokrotnego nokautu oraz niepłodnych gryzoni z linii sześciokrotnego nokautu, na podstawie zmiany ekspresji wyznaczono 55 genów. Są one potencjalnie zaangażowane w procesy zachodzące w męskich komórkach rozrodczych. Jednym z takich genów był Adam22. Rodzina genów ADAM koduje zróżnicowaną grupę białek transbłonowych zaangażowanych w szereg mechanizmów, między innymi spermatogenezę. W kolejnych badaniach wykazano różnice w wielkości transkryptomów Adam22 oraz masie białka ADAM22 uzyskanych w mózgu i jądrach, co sugeruje możliwe występowanie alternatywnego składania eksonów w tym genie. Alternatywny splicing jest mechanizmem, którego wpływ na spermatogenezę jest aktualnie szeroko badany, ponieważ do tej pory nie rozszyfrowano jeszcze wszystkich jego procesów. Podejrzewa się, że proces ten może leżeć u podstaw wielu przypadków męskiej niepłodności idiopatycznej, dlatego celem niniejszej pracy było scharakteryzowanie i analiza specyficznych dla jąder transkryptów Adam22 w gonadzie męskiej myszy.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Proces składania RNA jako cel oddziaływania terapeutycznego
Therapeutic targeting of alternative splicing
Autorzy:
Paluszczak, Jarosław
Tematy:
alternatywne składanie RNA
antysensowne oligonukleotydy
nusinersen
eteplirsen
modulatory składania RNA
alternative splicing
antisense oligonucleotides
RNA splicing modulators
Pokaż więcej
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Farmaceutyczne
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/762699.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
Gene transcription leads to the generation of pre-mRNA molecules which contain both coding sequences (exons) and intervening non-coding sequences (introns). The primary transcript needs further processing which involves the excision of introns and ligation of exons. This process is called RNA splicing. Nearly all primary transcripts undergo alternative forms of splicing, which may lead to exon skipping or intron inclusion in the final mRNA. Thus, the translation of alternatively spliced RNA molecules results in the formation of slightly different proteins, which may, in some cases, exert antagonistic activity. Splicing is a multistage process which is conducted by a complex machinery comprising small nuclear RNA molecules and many proteins called splicing factors. The process undergoes precise regulation by means of cis acting internal RNA sequences and trans acting protein factors which may either enhance or silence the splicing of an exon. Many diseases are associated with aberrations of alternative splicing and its modulation may be used therapeutically, e.g. for the treatment of spinal muscular atrophy (SMA) or Duchenne muscular dystrophy (DMD). This article presents current knowledge of the ways of pharmacological modulation of alternative splicing. The focus is on the use of those therapeutics which have been already approved for clinical application or have entered clinical trials. The chemistry and mechanism of action of specific splice switching oligonucleotides is presented. Nusinersen promotes exon inclusion during splicing of SMN2 and is used for SMA treatment. On the other hand, eteplirsen is an oligonucleotide promoting exon skipping during splicing of mutated DMD and has been conditionally approved for DMD treatment. Moreover, small molecule modulators of alternative splicing (e.g. branaplam) are also described. The dynamic developments in this field should result in the approval of new drugs acting by the modulation of alternative splicing in the nearest future.
Powstająca w wyniku transkrypcji genu cząsteczka pre-mRNA zawiera odcinki kodujące (eksony) poprzedzielane odcinkami niekodującymi (intronami). Pierwotny transkrypt wymaga obróbki, która polega między innymi na wycinaniu intronów i łączeniu eksonów. Proces ten nazywany jest składaniem RNA. W przypadku niemal wszystkich transkryptów, składanie pre-mRNA przebiega w komórkach alternatywnymi drogami, na przykład prowadząc do wykluczenia jednego z eksonów z ostatecznego transkryptu, lub włączenia jednego z intronów. Proces składania RNA przeprowadzany jest przez skomplikowaną maszynerię złożoną z małych cząsteczek RNA i białek, i podlega precyzyjnej regulacji. Wiele chorób związanych jest z nieprawidłowościami alternatywnego składania RNA, a modulacja tego procesu może być wykorzystana terapeutycznie, między innymi w leczeniu rdzeniowego zaniku mięśni (SMA, ang. spinal muscular atrophy) czy dystrofii mięśniowej Duchenne’a (DMD). Celem artykułu jest przedstawienie wiedzy na temat farmakologicznych możliwości wpływania na proces składania RNA. Nacisk położono na scharakteryzowanie tych terapeutyków, które zostały już zarejestrowane do użytku klinicznego, lub które są w trakcie zaawansowanych badań klinicznych. Zaprezentowano budowę chemiczną i mechanizm działania oligonukleotydowych przełączników składania RNA. Nusinersen stymuluje włączanie eksonu 7 w trakcie składania SMN2 i jest wykorzystywany w leczeniu SMA. Eteplirsen, który stymuluje pomijanie eksonu 51 w trakcie składania zmutowanych wariantów DMD, został warunkowo dopuszczony do leczenia DMD w USA. Opisano także drobnocząsteczkowe modulatory alternatywnego składnia RNA, np. branaplam. Dynamiczny rozwój tego obszaru badań stwarza szansę na wprowadzone w najbliższej przyszłości do lecznictwa kolejnych leków, których mechanizm działania oparty będzie na modulacji alternatywnego składania RNA.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Wyświetlanie 1-10 z 17

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies