Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "gene annotation" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Dostawca treści
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-5 z 5
    Tytuł:
    Ocena zmian profilu ekspresji genów kandydujących w podkładkach jabłoni o odmiennym stopniu tolerancji mrozowej
    Evaluation of changes in the expression profile of candidate genes in apple rootstockss with a different degree of frost tolerance .
    Autorzy:
    Keller-Przybyłkowicz, Sylwia
    Lewandowski, Mariusz
    Tematy:
    adnotacja funkcjonalna genów
    Malus domestica Borkh.
    sekwencjonowanie
    profil ekspresji
    ilościowa reakcja amplifikacji
    expression profile
    gene annotation
    new generation sequencing (NGS)
    quantitative transcript level (qRT-PCR)
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2199254.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    Celem przeprowadzonych badań była identyfikacja genów sprzężonych z cechą mrozoodporności podkładek jabłoni. Ocenę zmian w poziomie ekspresji wyizolowanych genów przeprowadzono metodami RNAseq i qRT-PCR, dla podkładek zróżnicowanych po względem stopnia tolerancji mrozowej: P 66 (tolerancyjna) i M.9 (wrażliwa).W wyniku przeprowadzonych odczytów sekwencji RNA (sekwencjonowanie de novo w systemie Illumina Solid) dla w/w podkładek zidentyfikowano około 167 milionów odczytów unikatowych sekwencji, z których do wstępnych badań weryfikacyjnych wytypowano 15 o zróżnicowanym profilu ekspresji. Sekwencje poddano adnotacji funkcjonalnej. Wytypowane geny kodują: białka strukturalne i integralne błon komórkowych i wakuoli komórkowych, czynników transkrypcyjnych, białek regulujących transport międzykomórkowy i wewnątrzkomórkowy, białek hydrolizujących wiązania C-O i C-N oraz białek wiążących makro- i mikroelementy. Celem weryfikacji typu regulacji sekwencji transkryptomu uzyskanych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS), dla tych samych prób przeprowadzono ilościową analizę transkryptu genów (qRT-PCR). Spośród badanych genów, trzy reprezentowały identyczny typ regulacji w badanych układach eksperymentalnych RNA-seq i qRT-PCR. Wytypowane geny stanowią potencjalne sekwencje kandydujące do sporządzenia markerów funkcjonalnych, umożliwiających wczesną selekcję podkładek jabłoni tolerancyjnych na mróz.
    The aim of presented study was to identify putative candidate genes associated with apple rootstock winter hardiness. The assessment of changes in expression profile of isolated differentially expressed genes, was performed using two subsequent experiments: RNAseq (based on New Generation Sequencing, NGS) and qRT-PCR (Real Time transcript amplification). In terms of traits of interests two apple rootstocks P 66 (frost tolerant) and M.9 (frost sensitive) were evaluated. As a result of the RNA sequence readings (de novo sequencing, Illumina Solid system), approximately 167 million reads of unique sequences were identified. Finally, fifteen functionally annotated expressed tags, representing different expression profile, were chosen. Selected putative genes coding: structural and integral proteins of cell membranes and cellular vacuoles, transcription factors, proteins regulating intercellular and intracellular transport, C-O and C-N bonds hydrolyzes, and proteins binding macro- and microelements. In order to verify the type of regulation of the transcriptome sequences obtained in NGS technology, qRT-PCR tests were carried out for the same samples layout. Three of studied sequences, represented identical type of regulation in both RNA-seq and qRT-PCR experiments. The selected genes seems to represent potential candidate sequences (functional molecular markers), enabling the early selection of frost-tolerant apple rootstocks.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Preparation of genome annotations of a non-model organism for submission to an INSDC database
    Przygotowanie adnotacji genomu organizmu niemodelowego do zamieszczenia w bazie danych należącej do INSDC
    Autorzy:
    Szrajer, Szymon
    Opis:
    In 2021, the first genome assembly and annotation of the cricket Gryllus bimaculatus was published by Ylla and colleagues (1). Despite the publication and the public release of the genome annotation file, these annotations are not available through popular bioinformatics databases. In this project, a genome annotation file of a species of a cricket, G. bimacaulatus has been prepared and submitted into DNA Data Bank of Japan (DDBJ), member of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). Preparing the files for submission required the conversion from GFF (General Feature Format) toMSS (Mass Submission System) format - native to DDBJ. After format conversion further steps were required to repair errors raised by validation software distributed by DDBJ. In addition to manual correction of errors in the annotation file, scripts were written in order to automatise the error correction and file preparation process. Most of these steps were implemented in two Python scripts freely available at GitHub (https://github.com/szymonszrajer/AutomatisedGFFtoMSSconversion) and can be reused to automatically prepare genome annotations for submission to DDBJ.
    W 2021 roku dokonano pierwszego montażu i adnotacji genomu świerszcza z gatunku Gryllus bimaculatus przez Ylla i współpracowników (1). Pomimo publicznego udostępnienia adnotacji genomu, nie jest ona dostępna w popularnych bioinformatycznych bazach danych. Żeby zmienić ten fakt konieczne było przygotowanie pliku z adnotacjami genomu według wytycznych wybranej bazy danych. W poniższym projekcie została wybrana DNA Data Bank of Japan (DDBJ), baza danych będąca członkiem Międzynarodowej Współpracy Baz Danych Sekwencji Nukleotydów (INSDC). Przygotowanie pliku wymagało konwersji z formatu GFF (General Feature Format) do formatu MSS (Mass Submission System) - natywnego dla DDBJ. Po udanej konwersji kolejne etapy przygotowania pliku polegały na naprawie błędów wykrytych przez oprogramowanie walidacyjne dystrybuowane przez DDBJ. W trakcie tego procesu dokonano ręcznej korekty pliku z adnotacjami oraz napisano programy służące do automatyzacji czynności prowadzących do naprawy pliku. Większość wykonanych kroków zostało zaimplementowane w dwóch dostępnych na GitHubie skryptach (https://github.com/szymonszrajer/AutomatisedGFFtoMSSconversion) stanowiących jeden program języka programowania Python. Możliwe jest ponowne ich wykorzystanie do automatycznego przygotowania pliku z adnotacją genomu celem przesłania go do publikacji w DDBJ.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Inne
      Wyświetlanie 1-5 z 5

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies