Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "gene profiling" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-8 z 8
    Tytuł:
    New succinimides with potent anticancer activity : synthesis, activation of stress signaling pathways and characterization of apoptosis in leukemia and cervical cancer cells
    Autorzy:
    Wybrańska, Iwona
    Napiórkowska, Mariola
    Hawrył, Anna
    Nawrot, Barbara
    Cieślak, Marcin
    Królewska-Golińska, Karolina
    Kaźmierczak-Barańska, Julia
    Opis:
    Based on previously identified dicarboximides with significant anticancer and immunomodulatory activities, a series of 26 new derivatives were designed and synthesized by the Diels-Alder reaction between appropriate diene and maleimide or hydroxymaleimide moieties. The resulting imides were functionalized with alkanolamine or alkylamine side chains and subsequently converted to their hydrochlorides. The structures of the obtained compounds were confirmed by 1H and 13C NMR and by ESI MS spectral analysis. Their cytotoxicity was evaluated in human leukemia (K562, MOLT4), cervical cancer (HeLa), and normal endothelial cells (HUVEC). The majority of derivatives exhibited high to moderate cytotoxicity and induced apoptosis in K562 cells. Microarray gene profiling demonstrated upregulation of proapoptotic genes involved in receptor-mediated and mitochondrial cell death pathways as well as antiapoptotic genes involved in NF-kB signaling. Selected dicarboximides activated JNK and p38 kinases in leukemia cells, suggesting that MAPKs may be involved in the regulation of apoptosis. The tested dicarboximides bind to DNA as assessed by a plasmid DNA cleavage protection assay. The selected dicarboximides offer new scaffolds for further development as anticancer drugs.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Artykuł
    Tytuł:
    Machine learning techniques combined with dose profiles indicate radiation response biomarkers
    Autorzy:
    Papiez, Anna
    Badie, Christophe
    Polanska, Joanna
    Tematy:
    machine learning
    gene profiling
    radiation response
    multiple random validation
    transcription
    uczenie maszynowe
    profilowanie genów
    odpowiedź radiacyjna
    transkrypcja
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Uniwersytet Zielonogórski. Oficyna Wydawnicza
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/331077.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    The focus of this research is to combine statistical and machine learning tools in application to a high-throughput biological data set on ionizing radiation response. The analyzed data consist of two gene expression sets obtained in studies of radiosensitive and radioresistant breast cancer patients undergoing radiotherapy. The data sets were similar in principle; however, the treatment dose differed. It is shown that introducing mathematical adjustments in data preprocessing, differentiation and trend testing, and classification, coupled with current biological knowledge, allows efficient data analysis and obtaining accurate results. The tools used to customize the analysis workflow were batch effect filtration with empirical Bayes models, identifying gene trends through the Jonckheere–Terpstra test and linear interpolation adjustment according to specific gene profiles for multiple random validation. The application of non-standard techniques enabled successful sample classification at the rate of 93.5% and the identification of potential biomarkers of radiation response in breast cancer, which were confirmed with an independent Monte Carlo feature selection approach and by literature references. This study shows that using customized analysis workflows is a necessary step towards novel discoveries in complex fields such as personalized individual therapy.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Impact of DNA microarray data transformation on gene expression analysis - comparison of two normalization methods
    Autorzy:
    Schmidt, Marcin
    Handschuh, Luiza
    Zyprych, Joanna
    Szabelska, Alicja
    Olejnik-Schmidt, Agnieszka
    Siatkowski, Idzi
    Figlerowicz, Marek
    Tematy:
    microarray
    data normalization
    enterocyte
    transcriptome analysis
    probiotic
    adhesion
    gene expression profiling
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1039855.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    Two-color DNA microarrays are commonly used for the analysis of global gene expression. They provide information on relative abundance of thousands of mRNAs. However, the generated data need to be normalized to minimize systematic variations so that biologically significant differences can be more easily identified. A large number of normalization procedures have been proposed and many softwares for microarray data analysis are available. Here, we have applied two normalization methods (median and loess) from two packages of microarray data analysis softwares. They were examined using a sample data set. We found that the number of genes identified as differentially expressed varied significantly depending on the method applied. The obtained results, i.e. lists of differentially expressed genes, were consistent only when we used median normalization methods. Loess normalization implemented in the two software packages provided less coherent and for some probes even contradictory results. In general, our results provide an additional piece of evidence that the normalization method can profoundly influence final results of DNA microarray-based analysis. The impact of the normalization method depends greatly on the algorithm employed. Consequently, the normalization procedure must be carefully considered and optimized for each individual data set.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Expression Profile of Brain Aging and Metabolic Function are Altered by Resveratrol or α-Ketoglutarate Supplementation in Rats Fed a High-Fat Diet
    Autorzy:
    Szczurek-Janicka, Paulina
    Ropka-Molik, Katarzyna
    Oczkowicz, Maria
    Orczewska-Dudek, Sylwia
    Pietras, Mariusz
    Pieszka, Marek
    Tematy:
    α-ketoglutarate
    brain aging
    gene expression profiling
    high-fat diet
    resveratrol
    rats
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Instytut Rozrodu Zwierząt i Badań Żywności Polskiej Akademii Nauk w Olsztynie
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1363257.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    The aim of this study was to examine the impact of different dietary interventions started at middle age on the metabolic phenotype and gene expression profiling in the hypothalamus. One-year old rats were fed either a control diet, high-fat diet (HFD), HFD supplemented with resveratrol (HFD+RESV), or HFD supplemented with α-ketoglutarate (HFD+AKG). A 6-week HFD feeding led to significant changes in concentrations of plasma glucose, insulin, lipids, and thyroid hormones. Moreover, 32% of the 84 analyzed genes correlated with aging were differentially expressed compared to the control group, with the largest functional class being related to inflammatory response. Dietary RESV ameliorated the changes in plasma glucose, total cholesterol, and triiodothyronine concentrations induced by HFD feeding and significantly downregulated 60% of the surveyed genes compared to the control group, resulting in a major molecular shift compared to HFD alone. In contrast, AKG supplementation did not affect the metabolic phenotype, but prevented the gene expression pattern caused by HFD consumption, mimicking the effects observed in the control group. HFD feeding induces metabolic dysfunction and age-related genetic alterations in the hypothalamus of middle-aged rats, while dietary RESV or AKG may partially retard these effects, even though these compounds act in a different and specific manner.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Profil ekspresji genów w gwiaździakach włosowatokomórkowych wieku dziecięcego w odniesieniu do lokalizacji, obrazu radiologiczno‑morfologicznego i przebiegu klinicznego choroby
    Gene expression profiles of pilocytic astrocytoma in relation to the location, radiological features and clinical course of the disease
    Autorzy:
    Zakrzewska, Magdalena
    Tematy:
    dzieci
    gwiaździak włosowatokomórkowy
    lokalizacja
    obraz radiologiczny
    profil ekspresji genów
    przebieg
    choroby
    children
    gene expression profiling
    location
    outcome
    pilocytic astrocytoma
    radiology
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Medical Communications
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1058003.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    Pilocytic astrocytoma (PA) is the most common type of brain tumour in paediatric population connected with favourable prognosis although in numbered cases recurrence or dissemination could be observed. PA accounts for 30% of all brain tumours occurring in children. The tumours affect various anatomical structures and show different radiological appearance. Genetics of this tumour as well as the plausible correlations between molecular profile and clinical course of the disease and/or radiological features are still undefined. The purpose of our research was the identification of gene expression profiles related to localization and radiological features of pilocytic astrocytomas and clinical course of the disease. Eighty six children with PAs, operated on in the Department of Neurosurgery, Polish Mother’s Memorial Hospital Research Institute, were included in this study. The group was comprised of 55 males and 31 females. The mean age of patients at the time of diagnosis was 7 years (ranging from 1 to 17 years). All specimens were diagnosed at the Department of Molecular Pathology and Neuropathology Medical University of Lodz, according to the WHO criteria. The analysis was done by high density oligonucleotide microarrays (GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0) in 50 snap‑frozen tissue samples diversified in terms of localization (28 cerebellar tumours, 11 optic tracts and hypothalamic tumours, 9 hemispheric tumours, 2 brain stem tumours), radiological appearance (27 solid or mainly solid tumours, 10 cystic tumours where the mural nodule and the cyst wall were enhanced, 8 cystic tumours where only the mural nodule was enhanced, 5 largely necrotic tumours) and clinical course (5 cases of progressive disease after subtotal resection, 2 cases connected with neurofibromatosis type 1). Bioinformatic analyses with using Bioconductor packages were done after normalization of data with using GC‑RMA algorithm. Gene expression profile of pilocytic astrocytomas highly depends on the tumour localization. This correlation reach statistical significance (p=0.001). Eight hundred sixty‑two probesets differentiated tumours of different localization with high significance of global test. Most prominent differences were noted for IRX2, PAX3, CXCL14, LHX2, SIX6, CNTN1 and SIX1 genes. Analysis of the genes differentiating between radiological features showed much weaker transcriptome differences, with the borderline significance in the global test of association (p=0.88). No genes showed significant association with the tendency to progression in univariate analysis (p=0.83). The results of microarray analysis were confirmed by QRT‑PCR. In the conclusion we showed that gene expression profile in pilocytic astrocytomas is connected with tumour localization and such relationship suggest different origin of PA arising within various anatomical brain structures. Morphological and radiological features as well as clinical course of disease seem not to be associated with different gene expression pattern.
    Gwiaździak włosowatokomórkowy (pilocytic astrocytoma, PA) jest najczęstszym nowotworem mózgu występującym u dzieci, u których stanowi około 30% wszystkich nowotworów ośrodkowego układu nerwowego. Biologia molekularna tego nowotworu, pomimo jego częstego występowania w populacji dziecięcej, nie została dotąd wystarczająco poznana, a ewentualnego związku pomiędzy obecnością zaburzeń molekularnych a parametrami klinicznymi nie zdefiniowano na poziomie pozwalającym wykorzystać wyniki badań genetycznych w sferze działań klinicznych. Celem projektu było ustalenie profili ekspresji genów różnicujących gwiaździaka włosowatokomórkowego wieku dziecięcego w zależności od jego umiejscowienia, obrazu radiologiczno‑morfologicznego oraz przebiegu klinicznego choroby. Do badań zakwalifikowano nowotworowy materiał tkankowy pochodzący od 86 dzieci (55 chłopców, 31 dziewcząt) w wieku od 1 do 17 lat (mediana 7 lat). Wszystkie przypadki zostały zdiagnozowane w Zakładzie Patologii Molekularnej i Neuropatologii Uniwersytetu Medycznego w Łodzi w oparciu o kryteria bieżącej klasyfikacji nowotworów ośrodkowego układu nerwowego według WHO. Badania mające na celu identyfikację istotnych biologicznie odchyleń w ekspresji genów przeprowadzono przy użyciu mikromacierzy wysokiej gęstości Human Genome U133 Plus 2.0 (Affymetrix) w 50 przypadkach gwiaździaków włosowatokomórkowych. Badana grupa była zróżnicowana pod względem lokalizacji (28 nowotworów móżdżku i komory IV, 11 nowotworów dróg wzrokowych i podwzgórza, 9 nowotworów półkul mózgu, 2 nowotwory pnia mózgu), obrazu radiologiczno‑morfologicznego (27 nowotworów litych, 10 nowotworów torbielowatych, w których wzmocnieniu kontrastowemu ulegały ściana torbieli i guzek przyścienny, 8 nowotworów torbielowatych z guzkiem przyściennym, w których wzmocnieniu kontrastowemu ulegał tylko guzek przyścienny, 5 nowotworów z obecnymi cechami martwicy centralnej) i przebiegu klinicznego choroby (5 przypadków z cechami klinicznymi progresji choroby po resekcji subtotalnej, 2 przypadki rozwijające się w przebiegu neurofibromatozy typu 1.). Po normalizacji wyników przy użyciu algorytmu GC‑RMA przeprowadzono analizy bioinformatyczne wykorzystujące przede wszystkim pakiet Bioconductor. Wyselekcjonowano 862 geny różnicujące gwiaździaki włosowatokomórkowe pod względem umiejscowienia anatomicznego i wykazano obecność istotnej zależności statystycznej pomiędzy profilem ekspresji genów w odniesieniu do lokalizacji zmiany (p=0,001). Na podstawie uzyskanych wyników dokonano wyboru genów będących markerami molekularnymi dla nowotworów rozwijających się w poszczególnych lokalizacjach (IRX2, PAX3, CXCL14, LHX2, SIX6, CNTN1, SIX1). Nie wykazano możliwości zróżnicowania badanej grupy w zależności od obrazu radiologiczno‑morfologicznego. Geny najlepiej różnicujące badaną grupę cechowały się małą amplitudą zmian i brakiem znamienności statystycznej (p=0,88). Podobnie progresja choroby nie była związana z profilem ekspresji genów (p=0,83). Walidację uzyskanych wyników przeprowadzono w oparciu o QRT‑PCR. Przeprowadzone analizy pozwoliły stwierdzić, że gwiaździakiwłosowatokomórkowe w zależności od lokalizacji anatomicznej posiadają charakterystyczny profil ekspresji genów, sugerujący ich różne pochodzenie. Z kolei obraz radiologiczno‑morfologiczny oraz przebieg kliniczny choroby nie mają związku z całkowitym profilem ekspresji genów.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Chemerin role in adipogenesis and white adipose tissue metabolism
    Znaczenie chemeryny w procesie adipogenezy oraz metabolizmie białej tkanki tłuszczowej
    Autorzy:
    Kwiecień, Kamila
    Opis:
    Chemerin belongs to adipokines with a well-defined proinflammatory functions. Chemerin is a chemoatractant for leukocytes expressing CMKLR1 receptor (chemokine receptor like-1), and the expression level of this protein rises in response to stimulation with mediators of inflammation. Based on in vitro studies, it was recently proposed that chemerin plays an important role in adpogenesis as inhibition of chemerin function in 3T3-L1 cell line by shRNA led to disrupted morphology and alterations in accumulation of lipids.Previous studies were almost exclusively based on 3T3 cell line. Here we took advantage of chemerin-deficient C57BL/6 mice and described chemerin’s influence on adipogenesis and metabolism using adipocytes from stromal-vascular fraction. The results presented here show, that the SVF-derived preadipocytes, obtained from mice with a targeted chemerin knockout, are fully capable of differentiating towards mature adipocytes, exhibiting a proper morphology and an adequate reaction to stimulation with proinflammatory cytokines. Furthermore, both their metabolic profiles and adipogenesis-related gene expression are similar to wild-type adipocytes. Thereby, we show here that chemerin does not directly influence neither the process of adipogenesis nor the glucose and lipid homeostasis of the SVF white adipose tissue fraction.
    Chemeryna należy do adipokin o dobrze scharakteryzowanych funkcjach prozapalnych. Stanowi ona czynnik chemotaktyczny dla leukocytów posiadających receptor CMKLR1 a jej ekspresja wzrasta pod wpływem stymulacji mediatorami stanu zapalnego. Na podstawie badań in vitro została postawiona hipoteza o kluczowej roli chemeryny w procesie adipogenezy. Komórki linii 3T3-L1, w których wyciszono ekspresję chemeryny, nie różnicowały do dorosłych adipocytów, ich morfologia była zaburzona oraz były one niezdolne do akumulowania lipidów.Z uwagi na to, iż prowadzone w tym kierunku badania opierają się o modele komórkowe, gdzie wyciszeniu ulega transkrypt chemeryny, postanowiono zweryfikować hipotezę o wpływie chemeryny na adipogenezę i metabolizm w oparciu o adipocyty frakcji SVF izolowane z myszy posiadających knock-out genu chemeryny. Niniejsza praca pokazuje, że preadipocyty frakcji SVF myszy Tig2(-/-) bez przeszkód różnicują do dojrzałych adipocytów. Charakteryzują się także identyczną morfologią i taką samą reakcją na stymulację cytokinami prozapalnymi. Zarówno ich profile metaboliczne jak i profile ekspresji genów związanych z adipogenezą i glikolizą po stymulacji cytokinami prozapalnymi są zbliżone. Praca ta wykazuje, że chemeryna nie pełni tak istotnej roli na procesie adipogenezy, jak dotąd sądzono, oraz że nie wpływa w bezpośredni sposób na gospodarkę glukozowo-lipidową adipocytów frakcji SVF białej tkanki tłuszczowej.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Inne
      Wyświetlanie 1-8 z 8

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies