Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "konformacja" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-10 z 14
Tytuł:
Skręty zwrotne w peptydach i białkach. Mimetyki skrętów zwrotnych. Część 1
Reverse turns in peptides and proteins. Reverse turns mimetics. Part 1
Autorzy:
Owińska, M.
Tematy:
skręt zwrotny
wiązanie wodorowe
konformacja
kąt dwuścienny
reverse turn
hydrogen bond
conformation
dihedral angle
Pokaż więcej
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Chemiczne
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/171726.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
The secondary structure of the proteins can be divided into α-helix, βsheet and reverse turns. A reverse turn is defined as a site where a polypeptide chain reverses its overall direction. It leads the chain to fold back on itself by almost 180°. Another condition for defining this motif is the amount of amino acid residues involved in forming the turn that can not be greater then six and polypeptide chain in this region can not be in helical conformation [1]. Turns are classified as: γ-turn, β-turn, α-turn and π-turn, which are formed by 3-, 4-, 5- and 6- amino acid residues, respectively. Turns defined as “closed” are stabilized by intramolecular hydrogen bonds between the main chain carbonyl group from the first residue and the main chain amide group from the last residue in the turn. This results in formation of 7-, 10-, 13- and 16-membered pseudo-rings, respectively (Fig. 1, Fig. 2). The other group of turns also stabilized by hydrogen bond, but conversely between the main chain amide group of the first residue and the carbonyl group of the last residue, are δ-turn (2-residues, 8-membered pseudo-ring) and ε-turn (3-residues, 11-membered pseudo-ring) (Fig. 2) [10–13]. These are seldom found in proteins. Turns are considered irregular structures due to the lack of clearly defined torsion angle preferences. because of that, each of the turn types can be further divided into several different subtypes (Table 1, 2 and 3) [1, 15, 31]. The “open” type structures are not stabilized by hydrogen bonds, but Cα-Cα distance between the first and the last residue in main chain is up to 10 A [10]. As turns can be found mostly on the surface of the proteins they play the important role in folding processes, thus enabling the formation of the tertiary structure [2]. The turns are also responsible for the interactions between proteins, recognition processes and ligand-receptor interactions [3–8]. In the following article, the classification and characterization of the turn types is described. The particular attention was given to the γ and β turns, as these are most commonly found in proteins structure.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
The conformational stability of biopolymer systems on metallic surfaces for biomedical applications
Stabilność konformacyjna układów biopolimerowych na powierzchniach metalicznych w zastosowaniach biomedycznych
Autorzy:
Komorek, Paulina
Opis:
Biopolimery stały się ostatnio szczególnie popularne w obszarze farmacji, medycyny oraz przemysłu kosmetycznego. Adsorpcja białek do powierzchni może powodować zmiany w ich właściwościach fizykochemicznych, co w konsekwencji będzie wpływać na zmianę ich aktywności chemicznej. Stosując mikrowagę kwarcową z monitorowaną dyssypacją energii (QCM-D), wieloparametrowy powierzchniowy rezonans plazmonów (MP-SPR) oraz spektroskopię fotoelektronów w zakresie promieniowania X (XPS) badano efektywność procesu adsorpcji surowiczej albuminy wołowej (BSA) na powierzchni złota. Kombinacja metod QCM-D i MP-SPR umożliwiła wyznaczenie stopnia hydratacji otrzymanych warstw w zależności od warunków otoczenia. Dodatkowo przy zastosowaniu MP-SPR w powiązaniu z metodą dynamicznego rozpraszania światła (DLS), mikroskopii sił atomowych (AFM) oraz modelowania komputerowego scharakteryzowano orientację cząsteczek BSA na powierzchni złota. Struktura drugorzędowa zaadsorbowanych molekuł została zbadana przy wykorzystaniu metody absorpcyjnej spektroskopii odbiciowej z modulacją polaryzacji światła (PM-IRRAS). Efekt enkapsulowania w strukturę lizozymu nanocząstek złota został określony przez zastosowanie metody QCM-D oraz dichroizmu kołowego (CD).
Biopolymers are especially popular in pharmacy, medicine and cosmetic industry. Protein adsorption on surfaces can cause changes in physicochemical properties of proteins, what is connected with modifications of their chemical activity. Quartz crystal microbalance with dissipation monitoring (QCM-D), multi-parameter surface plasmon resonance (MP-SPR) and photoelectron spectroscopy (XPS) were used to investigate the efficiency of bovine serum albumin (BSA) adsorption on gold surface. The hydration of protein layers depending on conditions of experiment was appointed by combination of QCM-D and MP-SPR. Additionally, connection MP-SPR method with dynamic light scattering (DLS), atomic force microscopy and computer modelling allowed to describe the orientation of BSA molecules on gold surface. The secondary structure of adsorbed BSA was investigated by polarization modulation-infrared reflection-absorption spectroscopy (PM-IRRAS). Effect of encapsulation gold nanoclusters into protein structure was described by QCM-D and circular dichroism.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Synthesis and conformational analysis of tetrahydrobenzodithiocines.
Synteza i analiza konformacyjna tetrahydrobenzoditiocyn.
Autorzy:
Knych, Dominika
Opis:
Metodą dużych rozcieńczeń zsyntetyzowano 1,3,4,6-tetrahydro-benzo[f][1,4]ditiocynę oraz 2,3,4,5-tetrahydrobenzo[b][2,5]ditiocynę. Uzyskano też za pomocą utleniania 1,3,4,6-tetrahydrobenzo[f][1,4]ditiocyny wodnym roztworem nadtlenku wodoru i następczej krystalizacji diatereoizomerycznie czysty disulfotlenek, a dodatkowo przeprowadzono próby selektywnego utleniania obu uzyskanych cyklicznych tioeterów za pomocą jodanu(VII) sodu do monosulfotlenków. Dla molekuł otrzymanych tetrahydrobenzoditiocyn przeprowadzono analizę konformacyjną z zastosowaniem metody D NMR i modelowania molekularnego. Obliczenia metodą DFT umożliwiły ustalenie konformacji stanu podstawowego oraz rozkład populacji konformerów. Dla minimów energetycznych obliczono stałe ekranowania metodą GIAO/DFT i porównano z eksperymentalnymi przesunięciami chemicznymi. Pozwoliło to na stwierdzenie, że w roztworach molekuły badanych połączeń przyjmują konformacje tożsame z geometrią globalnych minimów wyznaczonych obliczeniowo. Wyniki porównano z danymi literaturowymi dotyczącymi preferencji konformacyjnych karbocyklicznych pierścieni ośmioczłonowych. Ponadto dla 1,3,4,6-tetrahydrobenzo[f][1,4]ditiocyny zmierzono widma D NMR, których interpretacja pozwoliła na ustalenie procesu konformacyjnego, w który zaangażowane są molekuły badanego związku. Obliczenia stałych szybkości procesu konformacyjnego poprzez symulacje widm 1H NMR zmierzonych w zakresie temperatur 300 – 150 K posłużyły do wyznaczenia parametrów termodynamicznych procesu inwersji chiralnej konformacji cząsteczki.
Using the high dilution methods, 1,3,4,6-tetrahydrobenzo[f][1,4]dithiocine and 2,3,4,5-tetrahydrobenzo[b][2,5]dithiocine have been synthesized. Oxidation of 1,3,4,6-tetrahydrobenzo[f][1,4]dithiocine with water solution of hydrogen peroxide gave as a result pure diastereoisomer of tetrahydrobenzo[f][1,4]dithiocine disulfoxide after several crystallizations. There were also some trials bonded with monosulfoxides obtaining of tetrahydrobenzodithiocines using sodium periodate. Conformational analysis has been conducted for the molecules of both tetrahydrobenzodithiocines by DFT method. The ground state and contributions of found conformers to overall population have been established. For all minima theoretical 13C NMR nuclear shielding have been computed with GIAO/DFT method and correlated with experimental values. The conclusion was that molecules in solution adopt the conformation related to the global energy minima found by calculations. These results have been compared with literature data about conformational preferences of carbocyclic eight-membered rings. Moreover, for 1,3,4,6-tetrahydrobenzo[f][1,4]dithiocine D NMR spectra have been measured. It brought conclusions about conformational process in which investigated molecules are involved. The calculations of rate constants of mentioned process were based on simulation of spectra measured in the range 300 – 150 K. These values have been used to determine the thermodynamic parameters (delta G, delta H) for the inversion process of the chiral ground state conformation.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Trans-1,2-diaminocykloheksan – niezwykła kariera outsidera
Trans-1,2-diaminocyclohexane – unprecedented outsider’s career
Autorzy:
Petryk, M.
Kwit, M.
Tematy:
struktura
chiralność
konformacja
synteza asymetryczna
rozpoznanie molekularne
structure
chirality
conformation
asymmetric synthesis
molecular recognition
Pokaż więcej
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Chemiczne
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/171507.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
An enantiopure trans-1,2-diaminocyclohexane is one of the most widely used chiral diamines in modern organic chemistry. This chiral building block, readily available from waste industrial products, emerges as a major figure in the field of asymmetric synthesis. The unique structural and conformational properties of trans-1,2-diaminocyclohexane make it very useful for the development of new synthetic strategies, taking advantage of its geometrical pre-organization. In this short article, we will highlight the utility of enantiomerically pure trans-1,2-diaminocyclohexane derivatives as broad-range chiral reagents and ligands for catalytic cycles. A brief overview of the aspects of applications in the field of molecular recognition will also be given.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Peptydomimetyki i foldamery aromatyczne w chemii biologicznej
Peptidomimetics and aromatic foldamers in biological chemistry
Autorzy:
Ledwoń, Patrycja
Staśkiewicz, Agnieszka
Jewgiński, Michał
Latajka, Rafał
Tematy:
inhibitors of enzymes
peptidomimetics
conformation
cosmeceutics
aromatic foldamers
SAR
inhibitor enzymu
peptydomimetyki
konformacja
kosmeceutyki
foldamery aromatyczne
Pokaż więcej
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Chemiczne
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2200585.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
The interests of the research group working under the supervision of professor Rafał Latajka at the Department of Bioorganic Chemistry at the Wrocław University of Science and Technology are focused on several projects in the field of biological chemistry. Regardless of whether a given project concerns – the synthesis and activity of new enzyme inhibitors, peptides, peptidomimetics, or aromatic foldamers – the thread of correlation between the structure and activity of the studied systems always plays a pivotal role. In this article we are presenting current projects in our research group.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Studies on the prediction of the type of chromatin conformation in the live prophase mouse oocytes.
Próba opracowania metody przyżyciowej predykcji typu konformacji chromatyny w profazowych oocytach myszy.
Autorzy:
Michalak, Milena
Opis:
Mouse prophase oocytes posses two alternative types of chromatin conformation – SN and NSN, and this latter correlates with the reduced developmental potential. The aim of this work was to develop a method that allows in the most efficient way to predict the type of chromatin conformation in the live oocytes. The first method tested whether the formation of the perivitelline space (PVS) in the oocytes incubated in the presence of cytochalasin D correlates with the type of chromatin conformation. All oocytes which did not from PVS after 45 minutes incubation had NSN conformation. However, such oocytes represent very small fraction of the whole population of the isolated oocytes, which makes this method very inefficient. In the second method oocytes were classified into three size groups before fixation. The fraction of small oocytes yielded 81% of NSN conformation and the fraction of large oocytes yielded 81% of SN conformation, whereas in the fraction of oocytes of intermediate size no distinct correlation was noted. The third method, which comprised intravital staining of the cells with a fluorescent dye – Hoechst 33342, has proven to be the best for predicting oocyte chromatin conformation, because the results did not differ significantly from the real conformation of chromatin verified in fixed cells. Using this method, we get not only the highest level of prediction but also the largest oocyte recovery. However, this method requires the exposure of Hoechst 33342 stained oocytes to UV radiation which highly impaired their meiotic maturation. For this reason, this method is not suitable for use on oocytes destined for further in-vitro culture.
Izolowane z jajnika profazowe oocyty myszy wykazują dwa typy konformacji chromatyny – typ SN i NSN, przy czym konformacji NSN towarzyszy obniżenie zdolności rozwojowych oocytów. Założeniem pracy było skonstruowanie metody, która w najbardziej skuteczny sposób pozwoli przyżyciowo oddzielić oocyty NSN i SN. Przetestowano skuteczność predykcji konformacji chromatyny w oparciu o trzy techniki. Pierwsza metoda polegała na predykcji konformacji chromatyny w oparciu o obecność przestrzeni pomiędzy oolemmą a osłonką przejrzystą (PVS) w oocytach inkubowanych w obecności cytochalazyny D. Wykazano, iż wszystkie oocyty, które nie tworzą PVS po 45 minutach inkubacji posiadają konformację typu NSN. Jednakże, oocyty takie stanowią nieliczna frakcję, co czyni tą metodę mało wydajną. Znacznie wydajniejsza okazała się metoda predykcji konformacji chromatyny w oparciu o wielkość oocytów dająca 81% konformacji NSN w grupie oocytów najmniejszych i 81% konformacji SN w grupie oocytów największych, jednakże przy braku wyraźnej korelacji w grupie oocytów o pośredniej wielkości. Trzecia metoda, polegająca na przyżyciowym barwieniu komórek barwnikiem fluorescencyjnym – Hoechst 33342, dała najlepsze wyniki, gdyż ustalona w ten sposób konformacja chromatyny nie odbiegała znacząco od rzeczywistej. Stosując tą metodę uzyskujemy nie tylko najlepszą prognozę ale również największy odzysk oocytów. Działanie promieniowania UV, na które wystawione były badane komórki upośledzało jednak ich dojrzewanie mejotyczne. Z tego powodu metoda ta ma ograniczoną wartość dla oocytów przeznaczonych do dalszej hodowli in-vitro.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Effect of high pressure on conformation of ribonuclease A
Wpływ wysokiego ciśnienia na konformację rybonukleazy A
Autorzy:
Bolanowska, Agata
Opis:
High pressure causes changes in conformation of the protein molecules, that can be important in understanding mechanism of incorrect protein structure formation. Misfolded proteins are the molecular origins of conformational diseases. To determine the effect of high pressure on conformation of ribonuclease A (RNase A) molecule series of crystallographic measurement were performed. Crystallization conditions for RNase A (wild form and mutated form) were established to produce high quality of crystals of suitable size. In data collection experiments diamond anvil cell was used. X-ray diffraction measurement for mutated RNase A under 0.41 GPa was performed, data were processed, structure solved and refined. Changes caused by high pressure were identified by comparison of the structure determined under 0.41 GPa with the reference structure of this protein obtained under ambient conditions. The most visible changes were observed for Thr17– Ser23 fragment and the region of Lys104 - Val108.
Wysokie ciśnienie wywołuje zmiany konformacji cząsteczek białek, których analiza jest istotna w zrozumieniu mechanizmu formowania się błędnych struktur białek, leżących u podstaw powstawania chorób konformacyjnych. W celu określenia wpływu wysokiego ciśnienia na konformację cząsteczki rybonukleazy A (RNazy A) wykonano szereg eksperymentów krystalograficznych. Zoptymalizowano warunki krystalizacji RNazy A (formy dzikiej i zmutowanej) w celu uzyskania dobrej jakości kryształów o odpowiedniej wielkości. W badaniach wykorzystano komorę ciśnieniową z diamentowymi kowadłami. Wykonano pomiary dyfraktometryczne dla zmutowanej formy RNazy A pod ciśnieniem 0.41 GPa, rozwiązano i udokładniono strukturę. Zidentyfikowano zmiany wywołane wpływem ciśnienia poprzez porównanie struktury zmutowanej RNazy A wyznaczonej pod ciśnieniem 0.41 GPa ze strukturą referencyjną tego białka wyznaczoną w warunkach atmosferycznych. Największe zmiany wywołane wysokim ciśnieniem zaobserwowano w obrębie fragmentu Thr17– Ser23, widoczna różnica pojawiła się także w rejonie Lys104 - Val108.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Aktywność mitochondriów i poziom wolnych rodników w dojrzewających in vitro oocytach myszy
Activity of mitochondria and the level of free radicals in the in vitro maturing mouse oocytes
Autorzy:
Dzwonnik, Aneta
Opis:
Jakość oocytu jest jednym z wyznaczników skuteczności technik wspomaganego rozrodu. Na jakość oocytu wpływa dojrzewanie jądrowe i cytoplazmatyczne. Mitochondria w komórce dostarczają niezbędną do wszystkich procesów energię ATP, a analiza ich aktywności i położenia często wykorzystywana jest do oceny rozwoju cytoplazmatycznego oocytu. Badanie poziomu reaktywnych form tlenu pozwala określić stan stresu oksydacyjnego komórki, który może powodować jej trwałe uszkodzenia i degenerację, stąd również może mieć duże znaczenie w ocenie jakości oocytu. Celem pracy było sprawdzenie aktywności mitochondriów oraz poziomu reaktywnych form tlenu w mysich oocytach hodowanych in vitro. Wykazano, że w oocytach profazowych utrzymywanych w hodowli przez 18 godzin dochodzi do istotnego wzrostu aktywności mitochondriów tych oocytów, które posiadają specyficzną konformację chromatyny określaną jako SN. Zaobserwowano także, że w oocytach, które przechodziły dojrzewanie mejotyczne in vitro zarówno aktywność mitochondriów, jak i poziom reaktywnych form tlenu ulega znaczącemu podwyższeniu. Wyniki te mogą mieć istotne znaczenie w odniesieniu do technik wspomaganego rozrodu.
Oocyte quality is one of the determinants for the successful completion of assisted reproductive techniques. The quality of the oocyte is influenced by nuclear and cytoplasmic maturation. Mitochondria in a cell provide the necessary energy to all ATP processes and analysis of their activity and localization may be useful marker of the oocyte quality. The examination of free radicals level allows to determine the status of oxidative stress in cells, which may cause permanent damage and degenerations, and thus also influence the quality of oocytes. In this study the activity of mitochondria and the level of ROS were evaluated in mouse oocytes cultured in vitro. It was found that prolonged incubation of the prophase oocytes in culture resulted in the significant increase of the mitochondrial activity in these cells which possessed the SN type of chromatin conformation. In the oocytes which underwent maturation in vitro both the mitochondrial activity, as well as ROS level were significantly elevated when compared to superowulated oocytes. These results are discussed in the context of assisted reproductive technologies.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Wyświetlanie 1-10 z 14

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies