Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "molecular dynamics" wg kryterium: Temat


Tytuł:
Molecular Dynamics Study of Vibrational Nonequilibrium in Detonation of Polyatomic Liquids
Autorzy:
Smirnov, A. L.
Dremin, A. N.
Tematy:
molecular dynamics
detonation
Pokaż więcej
Wydawca:
Sieć Badawcza Łukasiewicz - Instytut Przemysłu Organicznego
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/358863.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
Energy transfer mechanisms to internal molecular degrees of freedom in shock and detonation waves in polyatomic liquids are investigated. The proposed approach uses a new version of the method of nonequilibrium molecular dynamics based on the simplest model potential energy surfaces of reacting polyatomic molecules. The main feature is adaptation of some results and approaches of gas theory to liquids. It is shown that vibrational nonequilibrium is produced by shock compression and influences on chemical reactions. So, the structure of shock and detonation waves depends strongly on the peculiarities of vibrational spectra and the structure of normal modes of compounds. Numerical simulations have been carried out for steady state detonation waves and processes of initiation of detonation by shock waves or by local heating. The results demonstrate different shock wave chemistry for substances of almost identical behaviour at static conditions.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Continuous non-equilibrium transition driven by the heat flow
Autorzy:
Maciołek, Anna
Żuk, Paweł
Litniewski, Marek
Makuch, Karol
Hołyst, Robert
Zhang, Yiuri
Wydawca:
American Physical Society
Cytata wydawnicza:
https://doi.org/10.1103/PhysRevE.104.024102
Opis:
European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Skłodowska-Curie Grant Agreement No. 847413 and was a part of an international co-financed project founded from the programme of the Minister of Science and Higher Education entitled “PMW” in the years 2020–2024; Agreement No. 5005/H2020-MSCA-COFUND/2019/2.
We discovered an out-of-equilibrium transition in the ideal gas between two walls, divided by an inner, adiabatic, movable wall. The system is driven out-of-equilibrium by supplying energy directly into the volume of the gas. At critical heat flux, we have found a continuous transition to the state with a low-density, hot gas on one side of the movable wall and a dense, cold gas on the other side. Molecular dynamic simulations of the soft-sphere fluid confirm the existence of the transition in the interacting system. We introduce a stationary state Helmholtz-like function whose minimum determines the stable positions of the internal wall. This transition can be used as a paradigm of transitions in stationary states and the Helmholtz-like function as a paradigm of the thermodynamic description of these states.
Dostawca treści:
Repozytorium Centrum Otwartej Nauki
Artykuł
Tytuł:
Modelling of the static and dynamic properties of tho-type silicates
Autorzy:
Cauchi, R.
Grima, J. N.
Tematy:
auxetics
zeolites
thomsonite
molecular dynamics
Pokaż więcej
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1954447.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
Auxetic materials are materials exhibiting a negative Poisson’s ratio in one of their planes. This phenomenon has been studied in various materials. Zeolites are crystalline substances whose structure is characterised by the framework of linked tetrahedra, each consisting of four oxygen atoms surrounding a cation. The resulting interstitial spaces make them efficient for use as adsorbents and molecular sieves, and many studies have been focused on this aspect. Some of these zeolites may exhibit auxeticity at least in one of their planes. THO (and similar systems, such as NAT and EDI) together with the all-silica equivalent of these have been studied extensively via static simulations for their negative Poisson’s ratio in the (001) plane. In this paper a study of the all-silica equivalent of THO has been carried out via both static and dynamic simulations using the same force-field, where the system was subjected to stress along the x direction. The hypothesised semi-rigid mechanism of deformation, proposed by Grima et al. was then projected over this framework. The results obtained confirmed auxeticity along this plane by means of the COMPASS force-field, in both static and dynamic studies and compared well with the proposed mechanism of semi-rigid rotating polygons. It also showed that as the Young’s modulus of this mechanism increases other mechanisms of deformation increase in importance.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A method of integration of molecular dynamics and continuum mechanics for solids
Autorzy:
Kaczmarek, J.
Tematy:
continuum mechanics
molecular dynamics
multiscale modelling
Pokaż więcej
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1963003.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
In this paper a formal system called collection of dynamical systems with dimensional reduction is considered. This is a multiscale method of mathematical description which allows to consider molecular dynamics and continuum mechanics within one theoretical framework. Transition between molecular dynamics and continuum mechanics is realized by means of the dimensional reduction procedure. In order to realize such a procedure the formulation of continuum mechanics is modified. This modification consists in incorporation scale of averaging for properties of processes considered during modelling into this formulation. As a result we introduce finite-dimensional fields on continuum only. All fundamental terms of continuum mechanics are now joined with an elementary dynamical system. In such a case continuum mechanics can be obtained by means of the dimensional reduction procedure applied to the elementary dynamical system. A numerical example of vibrating chain of material points is realized in order to show how in practice the dimensional reduction can be carried out. In this example decomposition of processes into slowly and quickly varying parts is accomplished. To this end a finite element representation of averaged fields is applied. Solutions of equations of the elementary dynamical system and the dimensionally reduced dynamical system are compared.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Analysis of conformational flexibility of methyl-phosphatidylethanolamine and triacetin using Umbrella Sampling and Replica Exchange Molecular Dynamics simulations
Analiza ruchliwości konformacyjnej fosfatydyloetanolaminy metylu i trójacetyny metodami próbkowania parasolowego oraz symulacji dynamiki molekularnej z wymianą replik
Autorzy:
Majta, Jan
Opis:
Molecular dynamics (MD) simulations are becoming more and more popular in studying of biologically relevant molecular systems. The analysis of motions of atoms, which are considered in calculations as material points, allows to determine a growing number of descriptive features of molecular systems, which often are not easily accessible in corresponding experiments.The critical part of MD simulation studies is valid, quantitative description of atomic interactions which are conveniently represented by so-called force field, i.e. additive potential energy function depending on position of atoms in space and set of parameters determined usually empirically or on the basis of appropriate quantum chemical calculations. A commonly overlooked and under appreciated aspect of MD simulation studies involves validation of existing force-field parameters and development of the new ones which altogether allows for correct evaluation of atomic interactions and molecular conformations.There are two molecular modelling techniques which are especially useful in validation and development of force field parameters: Umbrella Sampling (USMD) and Replica Rxchange Molecular Dynamics (REMD) simulations. The main advantage of of the USMD method is its ability to enforce enhanced sampling of high energetic conformations of a molecule under study which otherwise could be undetectable in MD simulation trajectories. The REMD method on the other hand allow for determination of detailed populations of low energy conformers at various temperatures.In this work, USMD and REMD methods were used to provide a complementary view of preferred conformations of two model organic molecules representing the headgroup of the most common bacterial membrane lipid, i.e. phosphatidylethanolamine. The conformational analysis of methyl-phosphatidylethanolamine and triacetin was performed both in the gas phase and in the diluted water solution. The collected results provide convenient overview and comparison of two complementary molecular modelling methods and show the way these methods might actually be employed in force field development studies.
W obecnych czasach coraz większe znaczenie w badaniach układów oddziałujących ze sobą biocząsteczek zyskują symulacje dynamiki molekularnej. Polegają one na kompleksowej symulacji wszystkich atomów układu cząsteczek przybliżonych jako oddziałujące punkty materialne. W odróżnieniu od technik laboratoryjnych dają możliwości wglądu w oddziaływania na poziomie atomowym, co dostarcza zupełnie nowego rodzaju informacji. Kluczową rolę w prowadzeniu symulacji dynamiki molekularnej odgrywa właściwe opisanie modelu parametrami funkcji potencjału, definiującymi oddziaływania międzyatomowe. Istnieje obecnie wiele rodzajów zestawów funkcji i parametrów nazywanych polami siłowymi. Mimo stałego rozwoju i doskonalenia na przestrzeni lat, nadal istnieją miejsca, w których istniejące zestawy parametrów wymagają poprawy.Oprócz standardowych symulacji dynamiki molekularnej wyprowadzono także bardziej złożone techniki pozwalające uzyskać trudniej dostępne dane. Na uwagę zasługują dwie z nich: Próbkowanie Parasolowe oraz symulacje MD z wymianą replik. Pierwsza z nich polega na prowadzeniu serii krótkich symulacji MD w wymuszonych stanach pokrywających całą przestrzeń konformacyjną zadanego stopnia swobody, np. rotacji wokół wybranego wiązania kowalencyjnego w cząsteczce, w celu gromadzenia informacji także z niedostępnych wysokoenergetycznych konformacji. Druga metoda polega na transferowaniu przestrzeni konformacyjnej z symulacji, w których przekraczanie barier energetycznych jest łatwe (np. z powodu wysokiej temperatury) do symulacji w niższych temperaturach.W poniższej pracy przedstawię metody oraz wyniki ich stosowania w celu analizy swobody konformacyjnej cząsteczek reprezentujących kluczowe elementy lipidu występującego w wewnętrznych błonach bakteryjnych. Przeanalizowany zostanie także wpływ środowiska wodnego na konformacje tych cząsteczek. Opisane wyniki stanowią dobry punkt wyjścia do dalszych prac nad poprawą parametrów opisujących ruchliwość konformacyjną analizowanych tu cząsteczek.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Formation and internal ordering of periodic microphases in colloidal models with competing interactions
Autorzy:
Noya, Eva González
Serna, Horacio
Pozuelo, Antonio Díaz
Góźdź, Wojciech
Wydawca:
Royal Society of Chemistry
Cytata wydawnicza:
Soft Matter, 2021,17, 4957-4968 . https://doi.org/10.1039/D1SM00445J
Opis:
Theory and simulations predict that colloidal particles with short-range attractive and long-range repulsive interactions form periodic microphases if there is a proper balance between the attractive and repulsive contributions. However, the experimental identification of such structures has remained elusive to date. Using molecular dynamics simulations, we investigate the phase behaviour of a model system that stabilizes a cluster-crystal, a cylindrical and a lamellar phase at low temperatures. Besides the transition from the fluid to the periodic microphases, we also observe the internal freezing of the clusters at a lower temperature. Finally, our study indicates that, for the chosen model parameters, the three periodic microphases are kinetically accessible from the fluid phase.
Dostawca treści:
Repozytorium Centrum Otwartej Nauki
Artykuł
Tytuł:
Stability of finite-size argon thin film coating single wall carbon nanotube
Autorzy:
Kośmider, M.
Dendzik, Z.
Żurek, S.
Górny, K.
Tematy:
nanotube
molecular dynamics
cluster
thin film
Pokaż więcej
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1964139.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
The structure and the dynamics of the argon thin film coating (15,4) and (12,12) carbon nanotubes have been studied in a series of molecular dynamic simulations. In the studied temperature regime, the argon atoms in the thin film were well localized. Structural changes and diffusion process inside the argon layers were not been observed. The influence of the chirality and the radius of the nanotube to the cluster properties is also reported.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies