Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "phylogenetic tree" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Dostawca treści
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-10 z 13
Tytuł:
On a matching distance between rooted phylogenetic trees
Autorzy:
Bogdanowicz, D.
Giaro, K.
Tematy:
phylogenetic tree
phylogenetic tree metric
phylogenetic tree comparison
matching cluster distance
matching split distance
drzewo filogenetyczne
Pokaż więcej
Wydawca:
Uniwersytet Zielonogórski. Oficyna Wydawnicza
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/330090.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
The Robinson–Foulds (RF) distance is the most popular method of evaluating the dissimilarity between phylogenetic trees. In this paper, we define and explore in detail properties of the Matching Cluster (MC) distance, which can be regarded as a refinement of the RF metric for rooted trees. Similarly to RF, MC operates on clusters of compared trees, but the distance evaluation is more complex. Using the graph theoretic approach based on a minimum-weight perfect matching in bipartite graphs, the values of similarity between clusters are transformed to the final MC-score of the dissimilarity of trees. The analyzed properties give insight into the structure of the metric space generated by MC, its relations with the Matching Split (MS) distance of unrooted trees and asymptotic behavior of the expected distance between binary n-leaf trees selected uniformly in both MC and MS [...].
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
"Badania molekularne a systematyka ssaków"
Molecular studies of mammalian systematic
Autorzy:
Mikosz, Natalia
Opis:
Topologia drzewa filogenetycznego ssaków zmieniła się w wielu istotnych aspektach na przestrzeni minionych lat. Rozwój nauki i technologii umożliwił wykorzystanie nowych, efektywnych technik badawczych biologii molekularnej. Pozwoliło to badaczom na wykorzystanie danych, które nie były do tej pory dostępne, co nadało nowy kierunek badaniom filogenezy ssaków. W niniejszej pracy opisane zostały najważniejsze zalety technik molekularnych oraz ich podstawowy podział. Przedstawiono w nim również techniki, które miały wpływ na obraz współczesnej systematyki ssaków. Porównano również klasyczną topologię drzewa opartego na cechach morfologicznych z drzewami opartymi na markerach molekularnych. Odkrycie i wykorzystanie nowych technik biologii molekularnej zaowocowało wprowadzeniem wielu zmian na temat pokrewieństwa i taksonomii ssaków. Ponadto opisano również próby poparcia tych hipotez przez wyniki badań morfologicznych. W pracy przedstawiona została również nowa molekularna klasyfikacja ssaków oraz opis zarówno całej grupy ssaków, jak i poszczególnych grup do nich należących. Skupiono się na przedstawieniu charakterystycznych cech danej grupy, jej występowania, zamieszczono także fotografie głównych jej przedstawicieli.
Topology of the phylogenetic tree of mammals has changed in many important respects over the past years. Development of science and technology has allowed the use of new, efficient research techniques of molecular biology. This allowed the researchers to use data that were not available so far, which gave a new direction of research phylogeny of mammals. This paper describes the main advantages of molecular techniques and their primary division. It presents the techniques, which influenced the image of modern systematics of mammals. Also compared the classical topology of trees based on morphological characteristics with trees based on molecular markers. The discovery and use of new techniques of molecular biology led to the introduction of many changes on the relationships and taxonomy of mammals. In addition, also was described attempts to support these hypotheses by morphological studies. The paper also present a new molecular classification of mammals and a description of both the whole group of mammals, as well as various groups belonging to them. The focus is on presenting the characteristics of the group, its distribution, also contains photographs of its main representatives.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Simulating an infinite mean waiting time
Autorzy:
Bartoszek, Krzysztof
Tematy:
birth-death process
infinite mean
phylogenetic tree
power-law distribution
return time
drzewo logenetyczne
Pokaż więcej
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Matematyczne
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/953256.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
W pracy rozważany jest mieszany sposób symulowania czasu powrotu do stanu początkowego określonego krytycznego procesu narodzin i śmierci. Ten czas powrotu ma nieskończoną wartość oczekiwaną przy czym jego asymptotyczny rozkład jest potęgowy. Zatem dopóki symulowany czas nie przekroczy pewnej granicznej wartości proces jest symulowany bezpośrednio. W chwili przekroczenia tej wartości granicznej czas powrotu jest losowany z ogona tego rozkładu potęgowego.
We consider a hybrid method to simulate the return time to the initial state in a critical-case birth-death process. The expected value of this return time is infinite, but its distribution asymptotically follows a power-law. Hence, the simulation approach is to directly simulate the process, unless the simulated time exceeds some threshold and if it does, draw the return time from the tail of the power law.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Phylogenetic analysis and genetic structure of new isolates of Tomato mosaic virus in Iran
Autorzy:
Rakhshandehroo, F.
Hashemi, S.S.
Shahraeen, N.
Tematy:
phylogenetic analysis
genetic structure
new isolate
tomato mosaic virus
genetic differentiation
genetic variation
phylogenetic tree
Tobamovirus
Iran
Pokaż więcej
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/961661.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
Opis:
The present report describes the new occurrence of Tomato mosaic virus (ToMV) in cabbage, bean and Malva neglecta plants in Iran. In this study, sequence analyses of a partial RNA dependent RNA polymerases (RdRp) and complete movement protein (MP) and the coat protein (CP) nucleotide sequences of three new ToMV isolates collected from major crop fields in Iran revealed low genetic variation of RdRp gene compared to the CP and MP genes. The different topologies of the phylogenetic trees constructed, using available open reading frame (ORF1), ORF2 and ORF3 sequences from ToMV isolates, indicated different evolutionary constraints in these genomic regions. Statistical analysis also revealed that with the exception of CP other tested ToMV genes were under negative selection and the RdRp gene was under the strongest constraints. According to the phylogenetic tree it can be inferred from the nucleotide sequences of the complete CP and MP genes, that isolates from Iran and Egypt formed separate groups, irrespective of host origin. However, isolates clustered into groups with correlation to geographic origin but not the host. Analysis of the Ks*, Z* and Snn values also indicated genetic differentiation between ToMV populations. The Tajima’s D, Fu and Li’s statistical values were significantly negative for the RdRp gene of the Asian population which suggests the sudden expansion of ToMV in Asia. Taken together, the results indicate that negative selection and genetic drift were important evolutionary factors driving the genetic diversification of ToMV.
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Łańcuchy Markowa i ich zastosowanie w filogenetyce
Markov chains and applications in phylogenetics
Autorzy:
Sękiewicz, Joanna
Opis:
Łańcuchy Markowa są modelami matematycznymi zjawisk zmieniających się w sposób losowy w czasie. Ich prosta struktura pozwala powiedzieć bardzo wiele na temat ich zachowania. Równocześnie są one dostatecznie skomplikowane, by znaleźć zastosowania w bardzo wielu dziedzinach nauki, m. in. w fizyce, chemii, biologii, ekonomii i finansach. Nazwa tego procesu losowego pochodzi od nazwiska rosyjskiego matematyka A. A. Markowa. Markow opublikował ponad 120 prac, przy czym około jedna trzecia dotyczyła zagadnień związanych z teorią prawdopodobieństwa. Pomysłem łańcuchów podzielił się w jednej z publikacji w 1907 roku. Zaskakujące jest to, że Markow nie przewidział szerokiego zastosowania swojej teorii. Aby wskazać użyteczność łańcuchów, przeanalizował ciąg 200000 liter z poematu Puszkina "Eugeniusz Oniegin", dowodząc, że następstwo samogłosek i spółgłosek w tym tekście jest dokładnie opisane przez pewien łańcuch Markowa z odpowiednią macierzą przejścia.Na bazie teorii łańcuchów Markowa zbudowano także bardziej skomplikowane struktury, takie jak ukryte modele Markowa. W latach 60. poprzedniego wieku zaczęto je powszechnie wykorzystywać w algorytmach rozpoznawania mowy. Z czasem zauważono, że można modelować w podobny sposób inne zjawiska obserwowane w przyrodzie. Łańcuchy Markowa znalazły szerokie zastosowanie w biologii molekularnej, a w szczególności w filogenetyce. Nauka ta zajmuje się ewolucyjnymi powiązaniami między organizmami żywymi, które przedstawia się w postaci tzw. drzew filogenetycznych. Praca składa się z dwóch części. W pierwszej opisano wybrane elementy teorii łańcuchów Markowa z czasem dyskretnym oraz rozszerzono omówione rezultaty na procesy z czasem ciągłym. Dalej zaprezentowano ukryte modele Markowa, w których obserwowane zdarzenia zależne są od nieznanych realizacji pewnego procesu Markowa. Przedstawiono definicję modelu, algorytmy prefiksowy-sufiksowy i Bauma-Welcha (służące do estymacji jego parametrów) oraz algorytm Viterbiego (pozwalający oszacować sekwencję stanów ukrytego łańcucha Markowa). Druga część pracy obejmuje zastosowanie przedstawionej wcześniej teorii w filogenetyce. Omówiono wybrane probabilistyczne modele ewolucji sekwencji DNA organizmów, będące w istocie łańcuchami Markowa z czasem ciągłym. Dalej zaprezentowano sposoby rekonstrukcji drzew filogenetycznych opartych na tych modelach ewolucji oraz przedstawiono filogenetyczne ukryte modele Markowa, stanowiące rozbudowaną wersję klasycznego drzewa filogenetycznego.
Markov chains are mathematical models for phenomena evolvind randomly in time. Their simple structure makes possible to tell a great deal about their behaviour. At the same time they are sufficiently complicated to serve in many applications, e.g. in physics, chemistry, biology, economics and finance. Markov chains are named after the Russian mathematician A. A. Markov. The idea of chains emerged in his paper of 1907. It is suprising that Markov did not foresee a wide application of his theory. To indicate the usefulness of Markov chains he analyzed the sequence of 200000 letters from a poem by Pushkin "Eugene Onegin " to show that the sequence of vowels and consonants in the text is accurately described by a Markov chain with an appropriate transition matrix.Markov chains are also widely used in molecular biology, especially in phylogenetics - the study of evolutionary relationships among organisms, which are illustrated by phylogenetic trees.This paper consists of two parts. The first one describes some of the elements of the theory of Markov chains with discrete time and discussed the results of the extended processes with continuous time. Next we presents hidden Markov models in which the observed events are dependent on the unknown realization of a Markov process.The second part of the paper involves the use of the theory presented earlier in phylogenetics. We presents some probabilistic models of evolution based on DNA sequences. Next we give methods of reconstruction of phylogenetic trees based on these models and describes phylogenetic hidden Markov models, which are extended version of the classic phylogenetic tree.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Zróżnicowanie genetyczne pomiędzy europejskimi gatunkami Cryptorhynchinae (Coleoptea: Curculionidae)
Genetic diversity between European species of Cryptorhynchinae (Coleoptea: Curculionidae)
Autorzy:
Wieczorek, Urszula
Opis:
This paper is result of the molecular analysis of six European Cryptorhynchinae species. Species belong to two genera: Onyxacalles (O. pyrenaeus, O. luigionii, O. boehmei) and Kyklioacalles (K. roboris, K. navieresi, K. aubei). The isolated genetic material was analyzed by six DNA markers: three mitochondial COII, CytB and ND1, and three nuclear ITS2, ARG and EF1-α. The received data was compiled in the form of genetic distances and phylogenetic trees obtained by the maximum parsimony and Bayes methods. The results showed that Onyxacalles boehmei is the sibling species to Onyxacalles pyrenaeus while Kyklioacalles navieresi proved to be synonymous of Kyklioacalles roboris.
W pracy przedstawiono wyniki analizy molekularnej sześciu europejskich gatunków Cryptorhynchinae. Wybrane gatunki należą do dwóch rodzajów: Onyxacalles (O. pyrenaeus, O. luigionii, O. boehmei) i Kyklioacalles (K. roboris, K. navieresi, K. aubei). Wyizolowany materiał genetyczny został poddany analizie przy użyciu sześciu markerów DNA: trzech markerów mitochondrialnych COII, CytB i ND1 oraz trzech markerów jądrowych ITS2, ARG i EF1-α. Otrzymane dane zostały zestawione w postaci dystansów genetycznych i drzew filogenetycznych otrzymanych metodą maksymalnej parsymonii i metodą Bayes’a. Uzyskane wyniki pokazały, że Onyxacalles boehmeim jest gatunkiem siostrzanym dla Onyxacalles pyrenaeus, podczas gdy Kyklioacalles navieresi okazał się być synonimem Kyklioacalles roboris.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Tytuł:
Identification and characterisation of Dicer-type genes and proteins in sugar beet (Beta vlugaris subsp. vulgaris)
Identyfikacja i charakterystyka genów i białek typu Dicer w buraku cukrowym (Beta vlugaris subsp. vulgaris)
Autorzy:
Oszajca, Rafał
Opis:
Białka typu Dicer (DCL) posiadają w swojej strukturze co najmniej domenę PAZ i dwie domeny RNAzy III. Białka te wykazują aktywność rybonukleazową i odpowiadają za tworzenie małych RNA. Cząsteczki te z kolei biorą udział w potranskrypcyjnym wyciszaniu genów i obronie przeciwwirusowej. Wśród roślinnych białek Dicer wyróżniono cztery rodzaje: DCL1, 2, 3 i 4. W niniejszej pracy przy użyciu narzędzi bioinformatycznych zidentyfikowano i scharakteryzowano wszystkie geny (6) i białka (10) DCL obecne w referencyjnym genomie buraka cukrowego (EL10). Dopasowanie sekwencji mRNA i genów pozwoliło na charakterystykę i wizualizację struktury genów DCL. Z kolei analiza sekwencji białkowych na zobrazowanie budowy domenowej białek. Dzięki analizie ekspresji transkryptów u 46 roślin zidentyfikowano transkrypty nieaktywne, ulegające konstytutywnej ekspresji oraz te, których ekspresja znacznie różniła się pomiędzy poszczególnymi roślinami. Skonstruowane drzewo filogenetyczne dla białek DCL buraka cukrowego i trzech innych gatunków roślin pozwoliło na prześledzenie ich ewolucji oraz weryfikację poprawności adnotacji. Ponadto przeprowadzono analizę przewidywanych właściwości fizykochemicznych zidentyfikowanych białek. Otrzymane wyniki przyczyniają się do zrozumienia funkcji poszczególnych białek DCL u buraka cukrowego.
Dicer-like proteins have at least a PAZ domain and two RNAase III domains in their structure. These proteins exhibit ribonuclease activity and are responsible for the formation of small RNAs. These RNAs are involved in post-transcriptional gene silencing and antiviral defense. Among plant Dicer proteins, four types have been distinguished: DCL1, 2, 3, and 4. In the present study, all genes (6) and proteins (10) of DCLs present in the reference genome of sugar beet (EL10) were identified and characterized using bioinformatics tools. Alignment of mRNAs and gene sequences allowed the characterization and visualization of DCL gene structure. Protein sequence analysis revealed domain structure. Expression analysis of transcripts in 46 plants showed inactive, constitutively expressed transcripts and those whose expression differed significantly between accessions. The constructed phylogenetic tree for DCL proteins in sugar beet and three other plant species allowed for tracing their evolution and verifying the correctness of annotations. In addition, the predicted physicochemical properties of the identified proteins were analyzed. The obtained results contribute to understanding DCL functions in sugar beet.
Dostawca treści:
Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
Inne
Wyświetlanie 1-10 z 13

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies