Temat: plasmid DNA - Prolib Integro

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: High efficiency method to obtain supercoiled DNA with a commercial plasmid purification kit
Autorzy:: Carbone, Antonietta
Fioretti, Flavia
Fucci, Laura
Ausió, Juan
Piscopo, Marina
Tematy:: midi preparation
supercoiled plasmid isoform
plasmid purification
Qiagen kit
Plasmid DNA; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1039748.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Supercoiled state corresponds to the active form for plasmid applications. The relaxed circular form of plasmids is often inactive or poorly active. To obtain significant amounts of almost fully supercoiled DNA, we modified the standard protocol of a commercially available Qiagen plasmid purification kit. Our changes led to isolation of almost 100% of the plasmids in the supercoiled state. The modified protocol was used to purify different plasmids with consistent results. The purified plasmids maintain supercoiled state for about two months. The modified protocol is very advantageous because it allows easy DNA production with high degree of supercoiled form at low cost.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: SFM studies of carbon ion induced damages in plasmid DNA
Autorzy:: Brezeanu, Mihail
Taucher‐Scholz, Gisela
Hubenthal, Frank
Träger, Frank
Psonka-Antończyk, Katarzyna
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: The role of actin and microtubule networks in plasmid DNA intracellular trafficking
Autorzy:: Ondřej, Vladan
Lukášová, Emilie
Falk, Martin
Kozubek, Stanislav
Tematy:: cytoplasmic trafficking
microtubules
plasmid DNA-lipid complexes
actin filaments; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1041059.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: This work is focused on the function of the microtubule and actin networks in plasmid DNA transport during liposomal transfection. We observed strong binding of plasmid DNA-lipid complexes (lipoplexes) to both networks and directional long-range motion of these lipoplexes along the microtubules. Disruption of either of these networks led to the cessation of plasmid transport to the nucleus, a decreased mobility of plasmids, and accumulation of plasmid DNA in large aggregates at the cell periphery. Our findings show an indispensable but different role of both types of cytoskeleton, actin and microtubular, in the processes of gene delivery.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Improved downstream process for the production of plasmid DNA for gene therapy
Autorzy:: Urthaler, Jochen
Buchinger, Wolfgang
Necina, Roman
Tematy:: plasmid DNA
production
gene- therapy
purification
alkaline lysis
chromatography; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1041381.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Gene therapy and genetic vaccines promise to revolutionize the treatment of inherited and acquired diseases. Since viral vectors are generally associated with numerous disadvantages when applied to humans, the administration of naked DNA, or DNA packed into lipo- or polyplexes emerge as viable alternatives. To satisfy the increasing demand for pharmaceutical grade plasmids we developed a novel economic downstream process which overcomes the bottlenecks of common lab-scale techniques and meets all regulatory requirements. After cell lysis by an in-house developed gentle, automated continuous system the sequence of hydrophobic interaction, anion exchange and size exclusion chromatography guarantees the separation of impurities as well as undesired plasmid isoforms. After the consecutive chromatography steps, adjustment of concentration and final filtration are carried out. The final process was proven to be generally applicable and can be used from early clinical phases to market-supply. It is scaleable and free of animal-derived substances, detergents (except lysis) and organic solvents. The process delivers high-purity plasmid DNA of homogeneities up to 98% supercoiled form at a high yield in any desired final buffer.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Plasmid DNA complexes in powder form studied by spectroscopic and diffraction methods
Autorzy:: Świergiel, Jolanta
Górska, Natalia
Deptuch, Aleksandra
Marzec, Monika
Lalik, Sebastian
Radko, Aleksandra
Opis:: Currently, new functional materials are being created with a strong emphasis on their ecological aspect. Materials and devices based on DNA biopolymers, being environmentally friendly, are therefore very interesting from the point of view of applications. In this paper, we present the results of research on complexes in the powder form based on plasmid DNA (pDNA) and three surfactants with aliphatic chains containing 16 carbon atoms (cetyltrimethylammonium chloride, benzyldimethylhexadecylammonium chloride and hexadecylpyridinium chloride). The X-ray diffraction results indicate a local hexagonal packing of DNA helices in plasmid DNA complexes, resembling the packing for corresponding complexes based on linear DNA. Based on the Fourier-transform infrared spectroscopy results, the DNA conformation in all three complexes was determined as predominantly of A-type. The two relaxation processes revealed by dielectric spectroscopy for all the studied complexes are connected with two different contributions to total conductivity (crystallite part and grain boundaries). The crystallite part (grain interior) was interpreted as an oscillation of the polar surfactant head groups and is dependent on the conformation of the surfactant chain. The influence of the DNA type on the properties of the complexes is discussed, taking into account our previous results for complexes based on linear DNA. We showed that the type of DNA has an impact on the properties of the complexes, which has not been demonstrated so far. It was also found that the layer of pDNA-surfactant complexes can be used as a layer with variable specific electric conductivity by selecting the frequency, which is interesting from an application point of view.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Intranuclear trafficking of plasmid DNA is mediated by nuclear polymeric proteins lamins and actin
Autorzy:: Ondřej, Vladan
Lukášová, Emilie
Krejčí, Jana
Kozubek, Stanislav
Tematy:: plasmid DNA
DNA double-strand breaks
nuclear actin
lamin A/C; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1040744.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Functions of nuclear polymeric proteins such as lamin A/C and actin in transport of plasmid DNA were studied. The results show that the lamina plays an important role in plasmid DNA's entry into the cell nucleus from the cytoplasm. Selective disruption of lamin A/C led to a halt in plasmid DNA transport through the nuclear envelope. Inside the nucleus, plasmid DNA was frequently localized at sites with impaired genome integrity, such as DNA double-strand breaks (DSBs), occurring spontaneously or induced by ionizing radiation. Polymeric actin obviously participates in nuclear transport of plasmid DNA, since inhibition of actin polymerization by latrunculin B disturbed plasmid transport inside the cell nucleus. In addition, precluding of actin polymerization inhibited plasmid co-localization with newly induced DSBs. These findings indicate the crucial role of polymeric actin in intranuclear plasmid transport.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Ekspresja fragmentu Fc przeciwciała IgG w ssaczym systemie ekspresyjnym
Expression of an IgG Fc fragment in a mammalian expression system
Autorzy:: Sadlik, Weronika
Opis:: Fragment Fc przeciwciała wykorzystywany jest często do tworzenia tzw. białek fuzyjnych. Przyłączenie fragmentu Fc do docelowego białka zwiększa jego rozpuszczalność, ułatwia poprawne fałdowanie, a często wręcz warunkuje aktywność biologiczną, umożliwiając jego terapeutyczne zastosowanie. Wytworzenie fragmentu Fc przeciwciała możliwe jest z zastosowaniem metod inżynierii genetycznej. Celem projektu było przygotowanie plazmidowego DNA do ekspresji fragmentu Fc przeciwciała IgG w ssaczym systemie ekspresyjnym. Wykorzystano konstrukt genetyczny pcDNA3.1(+)-TEV-Fc, zawierający miejsce rozpoznawane przez proteazę TEV i gen kodujący fragment Fc. Przeprowadzono transformację komórek Escherichia coli Top10™, którą potwierdzono selekcją antybiotykową. Założono 4 płynne hodowle bakterii z pojedynczych kolonii wyrośniętych na szalce z antybiotykiem. Z komórek bakterii wyizolowano plazmidowe DNA o wysokiej czystości i dobrym stężeniu. Otrzymane 4 próbki DNA poddano analizie restrykcyjnej przy użyciu enzymów BamHI i XhoI. Wykonano elektroforezę, która potwierdziła przyjęcie plazmidu w czasie transformacji przez trzy z czterech kolonii bakterii. Wybrano jedną z tych kolonii i przeprowadzono izolacje plazmidowego DNA na większą skalę, a także ponownie analizę restrykcyjną i elektroforezę. Metody te potwierdziły obecność plazmidu pcDNA3.1(+)-TEV-Fc w próbce nr 3 DNA. Udało się zatem przygotować plazmidowe DNA do ekspresji fragmentu Fc w ssaczym systemie ekspresyjnym.
The Fc antibody region is frequently used to create the so-called fusion proteins. The incorporation of a Fc region into the final protein increases its solubility, makes its folding easier and, in many instances, it is a precondition for its biological activity leading to its ultimate use as part of a therapy. It is feasible to make a Fc antibody region recurring to genetic engineering methods. The aim of this project was to prepare plasmid DNA to express a Fc IgG antibody section in the mammalian expression [system]. The pcDNA3.1(+)-TEV-Fc genetical construct including the TEV protease and a Fc section-coding gene has been taken for it. The project`s author have transformed the Escherichia coli Top10™ cells which have been then confirmed by an antibiotics selection. Four liquid-based bacteria colonies culture has been set up out of separated colonies which had been grown upon a tray with an antibiotic placed on it. From the bacteria cells, a high-purity and decent-concentration plasmid DNA has been isolated. The four resulting DNA samples have been subject of a restriction analysis applying the BamHI and XhoI enzymes. The following electrophoresis confirmed that, during their transformation, three out of four bacteria colonies had accepted the plasmid. After choosing one of these colonies, the author proceeded to a larger-scale plasmid DNA isolation, and then to another restriction analysis and to another electrophoresis. Using those methods, the author confirmed the pcDNA3.1(+)-TEV-Fc plasmid presence in the DNA sample number 3. Thus, the project`s team succeeded to prepare a plasmid DNA to allow Fc section expression in the mammalian expression system.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Effect of Mg2+ on kinetics of oxidation of pyrimidines in duplex DNA by potassium permanganate.
Autorzy:: Łoziński, Tomasz
Wierzchowski, Kazimierz
Tematy:: oxidation of pyrimidines
thymine glycol
magnesium ions
rate constant of oxidation
pDS3 plasmid DNA
quantitative permanganate footprinting; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1044147.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: Potassium permanganate oxidation of pyrimidine bases is often used to probe single-stranded regions in functional DNA-protein complexes. However, so far reactivity of these bases in double-stranded DNA has not been studied quantitatively. We have investigated the kinetics of oxidation of pyrimidines in supercoiled pDS3 plasmid dsDNA by quantitative KMnO4 footprinting, in connection with parallel studies on the effect of Mg2+ on kinetics of oxidation of individual thymines in the single-stranded region of the open transcription complex of Escherichia coli RNA polymerase at a cognate Pa promoter contained in this plasmid. Rate constants of oxidation for pyrimidines, kj, in selected regions of pDS3 DNA, including Pa promoter, were determined under single-hit reaction conditions in the absence and presence of 10 mM MgCl2. Their values appeared to be sequence-dependent and were: (i) the largest for Ts in 5'TA3' and 5'TC3' steps, while 2-4 times smaller for 5'-adjacent ones in TT(A,G,C) and TTT(A) runs, (ii) for Cs in 5'TC3' steps 2-4 fold smaller than for adjacent Ts, and (iii) in the presence of Mg2+ generally larger by a sequence-dependent factor: in 5'TC3' steps of about 2 and 4 for Ts and Cs, respectively, in 5'TA3' steps of TTA and TTTA sequences for 3'-terminal Ts of about 3, while for their 5'-neighbors of a distinctly smaller value of about 2. Comparison of kj data for corresponding Ts located between +1 and -10 regions of Pa promoter in dsDNA and in ssDNA form in the open transcription complex, reported elsewhere, demonstrates that reactivity of pyrimidines in dsDNA is by 2-3 orders of magnitude smaller. The effect of Mg2+ in dsDNA is interpreted in terms of electrostatic barrier to diffusion of MnO4- on DNA surface, which is lowered by diffusive binding of these ions to backbone phosphates, involving also sequence-specific contacts with bases in the minor and major grooves of B-DNA.
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Characterization of the CDK4 protein and the PD-L1/inhibitor complex as the basis for potential anticancer therapies.
Charakterystyka białka CDK4 oraz kompleksu PD-L1/inhibitor jako podstaw potencjalnych terapii przeciwnowotworowych
Autorzy:: Salamon, Julia
Opis:: Immunoonkologia jest jedną z metod leczenia chorób nowotworowych, która w przeciwieństwie do konwencjonalnych metod terapii polega na modulacji układu odpornościowego. Ważnym punktem uchwytu wykorzystywanym w immunoterapii są punkty kontrolne układu immunologicznego m.in. szlak PD-1/PD-L1. Komórki nowotworowe, posiadające na swojej powierzchni białko PD-L1, są w stanie unikać odpowiedzi ze strony układu odpornościowego poprzez interakcję z białkiem PD-1, obecnym na powierzchni limfocytów T. Interakcja tych dwóch białek powoduje dezaktywację limfocytów T i zanik odpowiedzi immunologicznej pozwalającej wykrywać szkodliwe komórki nowotworowe. Zastosowanie inhibitorów anty-PD-1 lub anty-PD-L1 znajduje zastosowanie w terapiach m.in. niedrobnokomórkowego raka płuc czy czerniaka. W ostatnich latach amerykańska Agencja Żywności i Leków (ang. FDA) zatwierdziła aż 7 przeciwciał monoklonalnych, stosowanych w immunoterapii jako inhibitory białek PD-1 lub PD-L1. Jednak ze względu na drogi koszt produkcji oraz słabe właściwości farmakokinetyczne tych związków, nadal poszukuje się innych, tańszych małocząsteczkowych inhibitorów o lepszych parametrach farmakokinetycznych i właściwościach antynowotworowych. Kolejnym punktem uchwytu w terapiach przeciwnowotworowych jest cykl komórkowy regulowany przez cytokiny oraz białka CDK (ang. cyclin-dependent kinase). Poprzez tworzenie kompleksu CDK-cyklina możliwa jest kontrola cyklu komórkowego, tym samym możliwe jest zahamowanie namnażania się komórek rakowych charakteryzujących się nieprawidłowym przyrostem. Białko CDK4 tworząc kompleks z cykliną D reguluje przejście z fazy G1 do fazy S cyklu komórkowego. Progresja cyklu jest możliwa dzięki fosforylacji białka retinoblastomy oraz odłączeniu się czynnika transkrypcyjnego E2F. Do tej pory nie została określona krystaliczna struktura białka CDK4 w postaci aktywnej, a konformacja nieaktywna białka odbiega od wcześniej poznanych kompleksów CDK-cyklina. Wskazuję to na szczególny sposób działania białka CDK4, którego dalsza charakterystyka pozwoliłaby na sukcesywny rozwój terapii przeciwnowotworowych. W niniejszej pracy przebadano interakcje małocząsteczkowego inhibitora z białkiem PD-L1 oraz wykonano próby ekspresji bakteryjnej i oczyszczenia białka CDK4.
Immunooncology is one of the types of cancer treatments, which unlike conventional methods of therapy, is based on the modulation of the immune system. An important point of grip used in immunotherapy are the immune checkpoints, e.g. the PD-1/PD-L1 pathway. Cancer cells carrying the PD-L1 protein on their surface are able to evade the immune response by interacting with the PD-1 protein present on the surface of T cells. The interaction of these two proteins causes the inactivation of T cells and the loss of the immune response to detect cancer cells. Anti-PD-1 or anti-PD-L1 inhibitors are used in a wide range of tumors e.g. non-small cell lung cancer or melanoma. In recent years, the US Food and Drug Administration (FDA) has approved 7 monoclonal antibodies that are of PD-1 or PD-L1 proteins. However, due to the expensive cost of production and poor pharmacokinetic properties of these compounds, other, cheaper, small molecule inhibitors with better pharmacokinetic parameters and anticancer properties are still being searched for. Another point of interest in anti-cancer therapies is the cell cycle regulated by cytokines and CDK proteins (cyclin-dependent kinase). By creating the CDK-cyclin complex, it is possible to control the cell cycle, thus inhibiting the multiplication of cancer cells characterized by abnormal growth. The CDK4 protein, forming a complex with cyclin D, regulates the transition from the G1 to the S phase of the cell cycle. The progression of the cycle is possible due to the retinoblastoma protein phosphorylation and detachment of E2F transcription factor. So far, the crystal structure of the CDK4 protein in the active form has not been determined, and the protein's inactive conformation differs from the previously known CDK-cyclin complexes. This indicates a specific mode of action of the CDK4 protein, whose further characterization would allow the development of anti-cancer therapies. This paper describes the interaction of a small molecule inhibitor with the PD-L1 protein as well as an attempt at bacterial expression and purification of the CDK4 protein.
Dostawca treści:: Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego

Inne

na półce

Skocz do pozycji: 10.

Tytuł:: Protection of cattle against bovine leukemia virus (BLV) infection could be attained by DNA vaccination
Autorzy:: Brillowska, Anna
Dąbrowski, Sławomir
Rułka, Jan
Kubiś, Piotr
Buzała, Ewa
Kur, Józef
Tematy:: DNA vaccine
env gene
expression plasmid
immunization; Pokaż więcej
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1044457.pdf Link otwiera się w nowym oknie
Opis:: The bovine leukemia virus (BLV) envelope gene encoding extracellular glycoprotein gp51 and transmembrane glycoprotein gp30 was cloned into a vehicle expression vector under the human cytomegalovirus (CMV) intermediate early promoter. The intramuscular injection of this plasmid vector generated a cellular immune response. Seven out of ten cows vaccinated with the DNA construct resisted a drastic challenge (500 BLV-infected lymphocytes as an infectious dose).
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "plasmid DNA" wg kryterium: Temat