Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Pedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaPedagogiczna Biblioteka Wojewódzka im. Komisji Edukacji Narodowej w Lublinie
Zmień bibliotekę

Wyszukujesz frazę "qRT-PCR" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Dostawca treści
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-8 z 8
    Tytuł:
    Comparison of the effectiveness of the standard ELISA test and qRT-PCR using the TaqMan probe to assess the infection of sugar beet (Beta vulgaris sbsp. vulgaris) plants with rhizomania virus
    Porównanie skuteczności standardowego testu ELISA i RT-qPCR z wykorzystaniem sondy TaqMan do oceny zawirusowania roślin buraka cukrowego (Beta vulgaris sbsp. vulgaris) wirusem powodującym rizomanię
    Autorzy:
    Kwiecień, Emilia
    Opis:
    Rizomania jest jedną z najpoważniejszych chorób buraka cukrowego (Beta vulgaris subsp. vulgaris) powodującą ogromne straty plonów. Przyczyną rizomanii jest porażenie wirusem żółtaczki nerwów buraka (ang. Beet necrotic yellow vein virus, BNYVV). Najczęściej stosowanym sposobem oceny zawirusowania roślin buraka cukrowego BNYVV jest standardowy test ELISA (ang. Enzyme-Linked Immunosorbent Assay). Metoda ta, ma jednak poważne ograniczenia takie jak czasochłonność, wysokie koszty i niska czułość. Celem niniejszej pracy było porównanie skuteczności metody qRT-PCR z wykorzystaniem starterów i sondy TaqMan komplementarnych do RNA3 BNYVV z wynikami otrzymanymi metodą standardową. Wykazano, że metoda qRT-PCR jest efektywna w ocenie zawirusowania i wykazuje większą czułość.
    Rhizomania is one of the most devastating sugar beet (Beta vulgaris subsp. vulgaris) diseases causing severe yield losses. It is caused by Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV). The most commonly used method of quantification of rhizomania virus is a standard ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) test. This method however is particularly time-consuming and expensive. The aim of this study was to compare the efficiency of the qRT-PCR method using primers and TaqMan probe complementary to RNA3 of BNYVV with the results obtained by the standard method. We determined that the method based on qRT-PCR was an effective way of virus quantification, and was more sensitive than standard ELISA assay.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Inne
    Tytuł:
    May metallic biomaterials used for orthopaedic implants promote carcinogenesis? Preliminary transcriptomic research on human chondrocytes
    Autorzy:
    Walkowiak-Przybyło, Magdalena
    Tematy:
    transcriptomics
    qRT-PCR
    gene expression
    orthopaedic implants
    cancer
    chondrocytes
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie. Polskie Towarzystwo Biominerałów
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1844970.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    The aim of this research was to assess the risk of carcinogenesis induced by the metallic materials intended for orthopaedic implants. The report is an analytical summary of changes in the expression of cancer-related genes in human chondrocytes of normal and neoplastic phenotype. Cq values (quantification cycle values) obtained from qRT-PCR reactions (quantitative real-time polymerase chain reactions) were used to count Fc values (fold change values) for each gene. Differences in Fc values obtained for primary and cancer cells grown on the surface of medical steel AISI316L and titanium-aluminum-vanadium alloy Ti6Al4V were then analyzed by t-Student test. The results indicate that for cancer cells grown on the surfaces of both examined materials the fold change greater than 2, usually considered essential, was found for LUM gene involved in sarcoma induction. For FOS gene, also involved in sarcoma induction, the Fc value was also very close to 2 in the primary cells exposed to Ti6Al4V alloy. The remaining observed changes were rather subtle, although they cannot be omitted from further studies because differences in gene expression in primary and tumor cells grown on the same biomaterial were statistically significant in several cases. The compilation of qRT-PCR experiments carried out on primary and cancer cells in parallel allowed to identify possible future contraindications for patients with a genetic predisposition to cancer or with cancer history.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Ligandy wielofunkcyjne: nowa strategia poszukiwania molekularnego mechanizmu działania związków regulujących aktywność receptorów CB1 i TRPV1 w terapii osteaoartrozy
    MOLECULAR UNDERSTANDINGS ON THE ACTIVATION OF CB1 AND BLOCKADE OF TRPV1 RECEPTORS: IMPLICATIONS FOR NOVEL TREATMENT STRATEGY IN OSTEOARTHRITIS
    Autorzy:
    Mlost, Jakub
    Opis:
    Abstract:Osteoarthritis (OA) is a joint disease in which cartilage degenerates as a result of mechanical and biochemical disturbances. Main OA symptom is chronic pain involving both peripheral and central mechanisms of nociceptive processing. Current treatment based on symptomatic care does not always provide adequate pain relief and often lead to adverse side effects. Recent research provides strong support for endocannabinoid system (ECS) as an important factor in modulation of pain associated with joint injury. Presented results discuss the benefits of dual- over single-acting compounds interacting with ECS in OA treatment. OA was induced in Wistar rats by intra-articular injection of 3 mg of monoiodoacetate (MIA). Single target compounds (URB597 – FAAH inhibitor, SB366791 – TRPV1 antagonist) and dual-acting compound OMDM198 (FAAH inhibitor/TRPV1 antagonist) were used in present studies. At day 21 rats were sacrificed 1h after i.p. treatment. Molecular alternations in expression of mRNA and corresponding proteins was evaluated in spinal cord and dorsal root ganglia (DRGs) by RT-qPCR and Western Blots. Following MIA administration, we observed strong mRNA upregulation of endocannabinoid receptors (Cnr1, Cnr2, Trpv1) and their metabolic enzymes (Faah, Ptgs2, Alox12) together with TRPV1 sensitizing kinases (Mapk3, Mapk14, Prkcg, Prkaca) in spinal cord. OMDM198 treatment reversed some of the MIA effects in spinal cord to the intact levels (Alox12, Mapk14, Prkcg) and caused increase in Cnr1, Cnr2, Trpv1 and Faah mRNA levels in contralateral DRGs. Western Blot analysis revealed TRPV1 upregulation in contralateral DRGs after MIA treatment together with increasing trend in CB1 expression following FAAH inhibition.
    Choroba zwyrodnieniowa stawów (osteoartoroza, OA) to wynik zarówno biologicznych, jak i mechanicznych zdarzeń prowadzących do uszkodzenie tkanki chrzęstnej. Celem postępowania terapeutycznego jest przede wszystkim zmniejszenie dolegliwości bólowych i usprawnienie funkcji stawu, ale żadna z aktualnie dostępnych terapii nie jest w stanie zatrzymać, ani spowolnić rozwoju choroby. Dlatego konieczne jest prowadzenie badań w poszukiwaniu nowych metod leczenia tego schorzenia. Przeprowadzone eksperymenty miały na celu określić molekularny mechanizm działania związku wielofunkcyjnego – OMDM198, oddziałowującego z receptorem TRPV1 oraz enzymem FAAH w terapii OA. Badania zostały przeprowadzone z zastosowaniem szczurzego modelu OA wywołanego dostawowym podaniem monojodooctanu sodowego (MIA). Materiał do badań stanowił rdzeń kręgowy i zwoje korzeni grzbietowych (DRGs), struktury ściśle zaangażowane w transmisje informacji nocyceptywnej. Badana tkanka, została poddana analizie biochemicznej przy pomocy metod RT-qPCR oraz Western Blot. Podanie MIA wywołało wzrost ekspresji mRNA kodującego receptory kanabinoidowe (Cnr1 i Cnr2) i receptor waniloidowy (Trpv1) w rdzeniu kręgowym. Ponadto, w tej samej strukturze zaobserwowaliśmy wzrost ekspresji mRNA enzymów metabolizujących endokanabinoidy (Faah, Ptgs2, Alox12) oraz kinaz regulujących aktywność receptora TRPV1 (Mapk3, Mapk14, Prkcg, Prkaca). Co więcej, OMDM198 przywracał poziom ekspresji wielu z tych czynników do poziomu obserwowanego u zwierząt zdrowych (Alox12, Mapk14, Prkcg). Analiza poziomu białka wykazała istotny statystycznie wzrost w ekspresji TRPV1 w przeciwległych DRGs po podaniu MIA wraz z tendencją wzrostową poziomu receptorów CB1 na skutek zahamowania FAAH. Podsumowując, farmakoterapia skierowana na zahamowanie aktywności FAAH i zablokowanie receptora TRPV1 wywołuje szereg zmian adaptacyjnych w uwrażliwionym układzie nerwowym, które mogą przyczyniać się do poprawy jakości życia osób cierpiących na OA.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Inne
    Tytuł:
    Ocena zmian profilu ekspresji genów kandydujących w podkładkach jabłoni o odmiennym stopniu tolerancji mrozowej
    Evaluation of changes in the expression profile of candidate genes in apple rootstockss with a different degree of frost tolerance .
    Autorzy:
    Keller-Przybyłkowicz, Sylwia
    Lewandowski, Mariusz
    Tematy:
    adnotacja funkcjonalna genów
    Malus domestica Borkh.
    sekwencjonowanie
    profil ekspresji
    ilościowa reakcja amplifikacji
    expression profile
    gene annotation
    new generation sequencing (NGS)
    quantitative transcript level (qRT-PCR)
    Pokaż więcej
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2199254.pdf  Link otwiera się w nowym oknie
    Opis:
    Celem przeprowadzonych badań była identyfikacja genów sprzężonych z cechą mrozoodporności podkładek jabłoni. Ocenę zmian w poziomie ekspresji wyizolowanych genów przeprowadzono metodami RNAseq i qRT-PCR, dla podkładek zróżnicowanych po względem stopnia tolerancji mrozowej: P 66 (tolerancyjna) i M.9 (wrażliwa).W wyniku przeprowadzonych odczytów sekwencji RNA (sekwencjonowanie de novo w systemie Illumina Solid) dla w/w podkładek zidentyfikowano około 167 milionów odczytów unikatowych sekwencji, z których do wstępnych badań weryfikacyjnych wytypowano 15 o zróżnicowanym profilu ekspresji. Sekwencje poddano adnotacji funkcjonalnej. Wytypowane geny kodują: białka strukturalne i integralne błon komórkowych i wakuoli komórkowych, czynników transkrypcyjnych, białek regulujących transport międzykomórkowy i wewnątrzkomórkowy, białek hydrolizujących wiązania C-O i C-N oraz białek wiążących makro- i mikroelementy. Celem weryfikacji typu regulacji sekwencji transkryptomu uzyskanych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS), dla tych samych prób przeprowadzono ilościową analizę transkryptu genów (qRT-PCR). Spośród badanych genów, trzy reprezentowały identyczny typ regulacji w badanych układach eksperymentalnych RNA-seq i qRT-PCR. Wytypowane geny stanowią potencjalne sekwencje kandydujące do sporządzenia markerów funkcjonalnych, umożliwiających wczesną selekcję podkładek jabłoni tolerancyjnych na mróz.
    The aim of presented study was to identify putative candidate genes associated with apple rootstock winter hardiness. The assessment of changes in expression profile of isolated differentially expressed genes, was performed using two subsequent experiments: RNAseq (based on New Generation Sequencing, NGS) and qRT-PCR (Real Time transcript amplification). In terms of traits of interests two apple rootstocks P 66 (frost tolerant) and M.9 (frost sensitive) were evaluated. As a result of the RNA sequence readings (de novo sequencing, Illumina Solid system), approximately 167 million reads of unique sequences were identified. Finally, fifteen functionally annotated expressed tags, representing different expression profile, were chosen. Selected putative genes coding: structural and integral proteins of cell membranes and cellular vacuoles, transcription factors, proteins regulating intercellular and intracellular transport, C-O and C-N bonds hydrolyzes, and proteins binding macro- and microelements. In order to verify the type of regulation of the transcriptome sequences obtained in NGS technology, qRT-PCR tests were carried out for the same samples layout. Three of studied sequences, represented identical type of regulation in both RNA-seq and qRT-PCR experiments. The selected genes seems to represent potential candidate sequences (functional molecular markers), enabling the early selection of frost-tolerant apple rootstocks.
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Comparison of the expression profile of the selected genes in the skin of mice MCPIP1CKO and MCPIP1WT
    Porównanie profilu ekspresji wybranych genów w skórze u myszy MCPIP-1CKO oraz MCPIP-1WT
    Autorzy:
    Pocałuń, Natalia
    Opis:
    MCPIP1 has a broad spectrum of biological activity. Main function of this protein is the regulation of inflammation through the degradation of the pro-inflammatory cytokine transcripts: IL-1β and IL-6. Inflammation can be also regulated by inhibiting of the NFκB transcription factor, a pivotal activator of inflammation. The role of Regnase-1 has also been confirmed in the cell differentiation, tumor development, adipogenesis, angiogenesis and in the antivirus response. The aim of this thesis is verification of transcriptomic analyzes (RNA-seq) using the qRT-PCR technique. The analysis was extended by a different age group, and the epidermis and dermis from different locations of the mice skin MCPIP1EKO vs. MCPIP1WT.
    RNaza MCPIP1 dzięki swojemu szerokiemu spektrum działania uczestniczy w wielu procesach biologicznych. Jego główną funkcją jest regulacja stanów zapalnych przez degradację transkryptów wielu cytokin prozapalnych tj IL-1β oraz IL-6. Stan zapalny może również regulować poprzez hamowanie aktywacji czynnika transkrypcyjnego NFκB- kluczowego aktywatora stanu zapalnego. Rolę Regnzazy-1 potwierdzono także w różnicowaniu komórek, rozwoju nowotworów, adipogenezie, angiogenezie oraz w odpowiedzi przeciwwirusowej. W niniejszej pracy przeprowadzono ewaluację wyników analiz transkryptomicznych za pomocą metody qRT-PCR oraz analizowano wpływ białka MCPIP1 na poziom ekspresji wybranych genów w skórze u myszy w różnym wieku z warunkowym nokautem genu Zc3h12a w keratynocytach.
    Dostawca treści:
    Repozytorium Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Inne
      Wyświetlanie 1-8 z 8

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies